Одними из важных характеристик раннего режима Камакура были простота и аскетизм. Его основатель Ёритомо обосновался в Камакуре, вдали от Киото, поскольку полагал, что роскошная жизнь и дорогие культурные изыски столицы — пустая трата ресурсов. Вассалам Минамото полагалось быть экономными и трудолюбивыми. Марионеточные сёгуны назначались из членов придворных семейств и переезжали в Камакуру, привозя с собой придворные привычки, которые, однако, никак не вязались с аскетизмом воинских добродетелей, воспеваемых Ёритомо. Но, поскольку культура и искусства высоко ценились в доме сёгуна, с него начали брать пример семьи высокопоставленных военных.

Императорский двор, видя, как мало-помалу власть и богатство уплывают из рук, переходя к воинскому сословию, сделал несколько попыток вернуть себе былое могущество. В 1221 году Готоба, император в отставке, привлек на свою сторону воинов и объявил Ходзё изменниками, но был вскоре разбит и сослан на отдаленный остров. Эта победа еще более усилила позиции Ходзё при дворе: теперь они могли наказывать и даже изгонять не только вельмож, но и самих императоров, и именно им принадлежало теперь решение вопросов престолонаследования. У бывшего императора и его последователей Ходзё конфисковали более 3000 поместий, что позволило им наградить своих вассалов официальными должностями.

В середине XIII века монголы владели империей, простиравшейся от Кореи до Европы. Они захватили Китай, а их вождь хан Хубилай, внук Чингисхана, потребовал себе титул императора, основав династию Юань (1280–1368) — первую династию чужеземцев на китайском престоле, подчинившую весь Китай. Корея приняла верховенство монголов со смирением, поэтому хан ожидал подобного же поведения от Японии. В 1268 году он послал письмо «королю Японии», которое доставили и Ходзё в Камакуру, и императору в Киото. В письме хан угрожал войной, если Япония не покорится монголам. Сёгунат не ответил в первый раз и далее игнорировал послания со все возрастающими угрозами в течение еще пяти лет. В 1274 году монгольский флот из примерно 450 кораблей отправился от берегов Кореи с монгольскими и корейскими войсками на борту. Они добрались до Кюсю, захватив по дороге острова Цусиму и Ики. Местные воины пытались защитить свои побережья, но были жестоко разбиты. К счастью для Японии, большую часть монгольского флота разметал огромный тайфун, а остатки его возвратились в Корею. Однако Хубилай не оставлял идеи захватить Японию. Он снова обратился к японцам, дабы они отдали ему почести у него же при дворе. В ответ сёгун обезглавил ханских посланцев. Несколько следующих лет монголы были заняты собственными делами в Китае, и сёгунат воспользовался этой передышкой для подготовки к следующему нашествию: построил крепости в удобных для высадки местах, учредил прибрежный дозор, поднял боевой дух своих вассалов, обещая награды всем, кто будет сражаться, и угрожая жестокими карами дезертирам.

Второй монгольский поход начался весной 1281 года, когда две отдельные армии общей численностью 140 000 человек высадились в Японии с флотом в более 4000 кораблей. Войск обороны было несопоставимо меньше, однако интенсивная подготовка позволила им сражаться с монгольскими захватчиками около двух месяцев. На этот раз природа снова оказалась в союзниках у японцев: в августе на Кюсю зародился очередной огромный двухдневный тайфун, уничтоживший большую часть монгольского флота. Бури, спасшие японцев, сочли даром богов — камикадзе, то есть «божественным ветром». Во Вторую мировую войну так будут называть летчиков-смертников, погибавших ради спасения нации в самоубийственных атаках против вражеских кораблей.

Война с монголами разорила сёгунат. Для строительства и поддержания укреплений требовались огромные расходы. Вассалы и военные союзники, сражавшиеся против монголов, ожидали вознаграждения, но у сёгуна не было добычи или новых источников дохода, поскольку война была оборонительной. Когда Ходзё оказались не в состоянии выполнить свои обещания, многие семейства воинов были возмущены. У придворных вельмож появилась возможность устроить заговор против Камакуры с помощью этих недовольных.

В 1318 году на императорский трон взошел Годайго (1288–1339), который сразу дал понять, что намерен сбросить власть сёгуната и вернуть императорские права себе. Он заручился поддержкой нескольких западных и восточных воинских семейств, недовольных сёгуном, включая клан Асикага. В 1333 году союзники Годайго захватили и сожгли Камакуру. Регент Ходзё Такатоки и более 200 его вассалов предпочли самоубийство капитуляции. В результате этих событий, известных под названием реставрации Кэмму (Кэмму — девиз правления), Япония вернулась к прямому императорскому правлению и Киото снова оказался единственной штаб-квартирой правительства. Однако длилось это недолго: всего через три года те же самые воины повернули оружие против императора, который не сумел достойно заплатить им за службу. В 1338 году Асикага Такаудзи (1305–1358) получил титул сёгуна и вынудил Годайго бежать из Киото, поставив на его место императора Комё из другой ветви императорского рода. Годайго со своими последователями основал Южный двор в горах Ёсино близ Нары, положив этим начало полувековой идеологической борьбе между Южным двором Годайго и Северным двором, поддерживаемым кланом Асикага, за легитимность их прав на императорскую власть.

Новый сёгунат Асикага (1336–1573) расположился в Киото, а не в Камакуре. Он также известен как сёгунат Муромати (Муромати бакуфу), получивший название в честь района, в котором третий сёгун Асикага, Ёсимицу (1358–1408), построил свой дворец, поэтически именуемый Дворцом цветов. В отличие от сёгуната Камакура, который мастерски удерживал баланс между воинами на востоке страны и вельможами двора на западе, Асикага предпочли пользоваться преимуществами придворной жизни непосредственно в Киото. Столица была буквально битком набита воинами, а военачальники сами окунулись в придворную культуру, пытаясь воспринять ее изящество. Правда, к самим придворным они относились с презрением. Таким образом, сёгуны Асикага вели роскошную жизнь, посвящая себя искусствам и хитросплетениям придворной иерархии, а не государственным делам. Сёгунам Камакура было достаточно невысоких придворных чинов, тогда как Асикага заняли самые высокие придворные должности и не собирались их покидать. Когда в 1394 году Ёсимицу уступил пост сёгуна сыну, он вернулся в свою роскошную усадьбу Китаяма, известную ныне Золотым павильоном (Кинкаку-дзи), откуда и продолжил управлять в качестве серого кардинала, так же как ушедшие в монастырь императоры предыдущих эпох.

После падения монгольской династии Ёсимицу возобновил традицию регулярных посольств в Китай к новой династии Мин. Китай вновь стал культурным образцом, а также источником дохода для Асикага, которые держали под своим контролем торговлю с империей Мин. Сёгунат построил массу новых портов для поддержания торговли с Китаем. Тем не менее власть Асикага над страной никогда не достигала уровня их предшественников Камакура: у них не было ни обширных земельных угодий, ни собственной значимой военной силы. Вместо этого им приходилось полагаться на помощь и верность сюго — военных губернаторов, которых Асикага назначили управлять провинциями. Многие из этих сюго начали властвовать в порученных им землях совершенно независимо. «Тайхэйки» («Повесть о великом мире», XIV в.) говорит о губернаторах следующее: «Теперь все дела — и большие и малые — решаются сюго, который властвовал над всеми судьбами в своей провинции, обращался с наместниками и вассалами (сёгуната) как со слугами и силой отбирал поместья у святилищ и монастырей, используя их для пополнения военных припасов»[29].