В конце февраля осведомительный отдел Главного штаба располагал сведениями о намерении большевиков, потерпевших неудачи в организации массовых выступлений, перейти к единичным террористическими актам в отношении наиболее активных деятелей колчаковского правительства, а также к диверсионной деятельности — уничтожению складов военного имущества и боеприпасов, фабрик и заводов.

В марте в отдел контрразведки и военного контроля стали поступать данные о происходивших в большевистских кругах крупных разногласиях, результатом которых стало образование самостоятельной группы, состоявшей из лиц латышской национальности. Ее основной задачей являлась активная борьба с существующей властью, для чего ими усиленно скупалось оружие, организовывались боевые отряды в уездах и т.д. К выявлению участников подрывной группы были приняты соответствующие меры, но ввиду особой конспирации и осторожности, контрразведке никого обнаружить не удалось.

Несмотря на провалы, большевики в режиме строжайшей конспирации 20–21 марта 1919 г. провели в Омске III партийную конференцию, в работе которой принимали участие около 20 представителей различных городов Сибири и Дальнего Востока. Однако колчаковским спецслужбам через внедренного агента удалось установить руководителей и партийных работников организации, хозяев явочных квартир, пароли, инструкции парткомам, штабам, партизанским отрядам, а главное — о принятой резолюции, согласно которой большевики планировали направить разворачивавшуюся партизанскую войну в Сибири на отвлечение максимального количества белогвардейских вооруженных сил от фронта.

Поскольку решения конференции представляли серьезную угрозу безопасности тыла, контрразведка приступила к ликвидации подполья. Со 2 на 3 апреля было арестовано 6 человек. В ходе дальнейшей разработки белые схватили П.Ф. Парнякова и Никифорова, курьеров ЦК Борисова-Цветкова, Л.М. Годисову, А. Валек. Один из подпольщиков так характеризовал ситуацию в Сибири: «В последнее время страшно трудно стало работать, ибо контрразведка действовала более жестоко, чем при царизме. Даже нельзя было учесть, сколько членов имела подпольная организация. Главным образом старались укрывать тех товарищей, которые могли быть каждую минуту расстреляны».

Несмотря на жесткий режим, омское подполье неоднократно пыталось возобновить свою деятельность, но безрезультатно. В апреле руководитель разведотделения штаба Оренбургской армии предупредил начальника КРО штаба ВГК о командированных из Оренбурга в Омск трех большевиках — Здобнове, Кравченко и Титове — с целью организации переворота и покушения на Верховного правителя. В этом же месяце контрразведка арестовала более 20 человек, разгромила областной и городской нелегальные комитеты. Тем самым спецслужбы лишили сибирское подполье руководящего центра, существование которого в связи с развертыванием борьбы было особенно необходимо. После ряда неудачных попыток поднять восстание в городе омские большевики перенесли свою работу в окрестности, где сформировали мелкие отряды по 10–15 человек, состоявшие преимущественно из бродяг, дезертиров и беглых военнопленных. Однако и там их деятельность находилась под негласным надзором контрразведки.

Свой вклад в разгром большевистского подполья внесла и государственная охрана. Как явствует из сводки особого отдела Департамента милиции, уже в начале февраля 1919 г. (в первые недели своей деятельности) она раскрыла связи профсоюзов Омска с большевистским подпольем.

В апреле 1919 г. органами госохраны в Омске был арестован один из личных шоферов А.В. Колчака — большевик Стефанович, готовивший по заданию партии покушение на Верховного правителя.

Как явствует из рапорта начальника Акмолинского областного управления государственной охраны (в состав которого входил и Омск), только за июль — август 1919 г. чинами управления было расследовано 137 дел, из которых по 83 была доказана виновность подозреваемых.

Не менее эффективно колчаковские спецслужбы действовали и в других городах Сибири и Дальнего Востока. 18 июня 1919 г. и. д. начальника КРО штаба ВГК докладывал начальнику отдела контрразведки и военного контроля управления 2-го генерал-квартирмейстера, что в течение трех месяцев в Томске были разгромлены все большевистские организации. После чего, по данным агентуры, оставшиеся партийные работники перенесли свою деятельность в Мариинский уезд, где в ближайших к городу деревнях занялись формированием боевых ячеек.

Согласно памятной записке генерал-майора С.А. Романова управляющему Томской губернией об итогах работы губернского управления госохраны от 18 октября 1919 г., всего за несколько месяцев с момента организации госохраны в Томской губернии были арестованы бывший председатель эсеровско-областнического «Временного правительства автономной Сибири» П.Я. Дербер (нелегально приехавший в Томск из Владивостока, куда он бежал при большевиках), скрывавшиеся в Томске и окрестностях бывшие большевистские комиссары Семашко (из Красноярска), Решетников (из Никольск-Уссурийска), Яворский (из Славгорода), Крупин (помощник томского комиссара Кривоносенко, убитого в день антибольшевистского восстания 31 мая 1918 г.), человек, готовивший покушение на премьер-министра П.В. Вологодского, подпольная эсеровская организация в Томске в составе 3 человек, хозяин большевистской конспиративной квартиры в Томске и 6 скрывавшихся у него дезертиров, проживавшие в Томске братья цареубийцы Я. Юровского, свыше 150 подозреваемых в большевизме по Томскому уезду, 12 подозреваемых в подготовке восстания в Каинском уезде, подпольная большевистская организация в Мариинском уезде в составе 4 человек, конфисковано при обысках в Томске свыше 35 пудов нелегальной большевистской литературы, 26 винтовок и ружей, до 50 револьверов, 5 гранат, 2200 патронов и 2 пуда пороха.

Представляет интерес дело об аресте братьев Я. Юровского, непосредственно руководившего уничтожением царской семьи в Екатеринбурге в ночь на 17 июля 1918 г. Юровский и его братья были родом из Каинска и до революции все проживали в Томске (сам Янкель жил в Протопоповском переулке). 21 августа 1919 г. помощник начальника губернского управления госохраны Бейгель, живший ранее по соседству с Юровским, опознал на улице его брата, первоначально приняв его за самого Янкеля по причине внешнего сходства. Бейгель незаметно проследовал за ним до дома, а затем установил за ним наблюдение с помощью своих агентов и доложил начальнику губернского управления госохраны генерал-майору С.А. Романову. Было установлено, что предполагаемый Юровский прибыл в Томск накануне. Через два дня подозреваемый был арестован. Были допрошены свидетели, лично знавшие Я. Юровского: служивший с ним до Октября в Екатеринбургском лазарете писарь М. Еземский, встречавшийся с Юровским после Октября в Екатеринбурге врач М. Соколов, бывший личный врач наследника престола цесаревича Алексея профессор В. Деревянко, мещанин-поляк М. Хайдук, брат Юровского Лейба (Лев), его жена Эстер и тобольская мещанка-еврейка X. Фридман. Арестованный оказался не тем, за кого его принимали, а его родным братом Эле (Ильей). Несмотря на это, по требованию из Омска оба задержанных брата Юровского — Эле и Лейба по завершении предварительного дознания 12 сентября 1919 г. были вывезены особоуполномоченным госохраны штабс-капитаном Сычевым в отдельном вагоне в Омск в контрразведку Ставки Верховного главнокомандующего.