Разгрому подполья также способствовала политическая пассивность и малочисленность пролетариата Сибири. В первой половине 1919 г. рабочие, несмотря на некоторый революционный настрой, редко участвовали в поднятых большевиками восстаниях. Свое недовольство существовавшими порядками они выражали забастовками, в которых выдвигали экономические требования. К 1917 г., по подсчетам М.И. Стишова, в огромном регионе насчитывалось всего около 200 тыс. рабочих. Ученый поясняет, что это количество «буквально растворялось в общей массе восьмимиллионного крестьянского и полуторамиллионного городского, в основном мелкобуржуазного населения. Значительное количество рабочих было рассеяно по многочисленным мелким предприятиям кустарного типа (слесарные мастерские, пимокатные заведения, типографии, булочные и т.п.). Большинство рабочих этой категории имело тесные связи с деревней.

Их пролетарское самосознание было развито еще очень слабо».

Можно сказать, что в первой половине 1919 г. большевистское подполье функционировало лишь благодаря поддержке из Советской России — подпитке кадрами, снабжению деньгами, агитационной литературой. По заданию ЦК и Сиббюро в феврале — марте 1919 г. на Дальнем Востоке побывал связной Д.Д. Киселев, установивший контакты с подпольными организациями Благовещенска, Владивостока, Хабаровска и Харбина и передавший им директивы Центра о необходимости организации партизанского движения и проведения диверсий на железной дороге. В июне он докладывал В.И. Ленину о состоянии дел в Сибири и на Дальнем Востоке. Исследователь Н.Ф. Катков приводит данные, что в 1919 г. Сиббюро подготовило для организаторской работы и направило за линию фронта более 200 человек, для разложения белогвардейского тыла ЦК партии отпускал миллионные денежные средства. Летом 1919 г. контрразведке были известны 17 человек, направленных из Советской России в Сибирь. На некоторых были указаны приметы. 9 июля 1919 г. директор Департамента милиции докладывал министру внутренних дел: «Для осуществления задач партии коммунисты пользуются материальными средствами, отпускаемыми в неограниченном количестве. Энергия, с которой ведется большевистская организационная работа у нас в тылу… объясняется широким подкупом неимущего класса населения».

Целенаправленная работа колчаковских спецслужб воспрепятствовала установлению прочной связи по обе стороны фронта. Посылаемые из центра в Сибирь денежные средства иногда попадали в руки белогвардейцев при арестах курьеров при переходе линии фронта или во время провалов нелегальных организаций.

П.А. Новиков в своей монографии пишет, что, по неполным данным, с октября 1918 г. по 1 марта 1919 г. из Москвы для сибирских подпольщиков было направлено 484 250 руб., но между организациями успели распределить только 220 000 руб..

И все же, несмотря на значительные успехи в борьбе с подпольем, колчаковские спецслужбы не смогли полностью обеспечить безопасность тыла, оградить его от разведывательно-подрывной деятельности противника. Потерпев поражение в городе, большевики были вынуждены перенести свою деятельность в сельскую местность, где находились партизанские отряды различной политической ориентации.

Применение против подполья карательных отрядов не давало существенных результатов, поскольку они вылавливали только лиц, выступавших с оружием в руках. Агитаторы и пропагандисты оставались безнаказанными. Местная милиция в силу некомпетентности и перегруженности работой личного состава, отсутствия специальных средств оказалась бессильна. Для розыска большевистских деятелей в ряде случаев вместе с карательными отрядами следовали сотрудники контрразведки. Но подобные меры не смогли воспрепятствовать росту крестьянских волнений, поскольку выступления в деревнях провоцировались в первую очередь действиями властей, которые оказались не в состоянии решить важнейшие социально-экономические проблемы. Не вызывали у крестьян симпатий к режиму грабежи, насильственные мобилизации, карательные экспедиции отдельных белогвардейских отрядов.

Во второй половине 1919 г. обстановка на Восточном фронте стала изменяться в пользу красных. Войска белых потерпели поражение на Урале. Реввоенсовет Восточного фронта и Сиббюро ЦК уделяли особое внимание подполью и партизанским отрядам, направляя их деятельность на дезорганизацию тыла противника. Начавшееся 2 августа 1919 г. восстание на Алтае сорвало планы колчаковских войск, намеревавшихся нанести фланговый удар по частям Красной армии. К осени развернулось партизанское движение в Иркутской губернии. В Енисейской губернии власти контролировали лишь Красноярск и несколько других населенных пунктов, где стояли крупные гарнизоны. По подсчетам исследователей, к концу 1919 г. численность партизан в Сибири, по советским источникам, достигала почти 140 тысяч человек.

Красноречивую характеристику массового партизанского движения оставил в своем октябрьском докладе министру внутренних дел управляющий Алтайской губернией: «Деятельность банд, еще в начале августа представлявших небольшие разбойничьи шайки числом 2–3 десятка людей, занимавшихся исключительно грабежами, насилиями и убийствами, к настоящему моменту выливается уже в другие формы… Они сливаются в крупные отряды (числом до 5000 человек), местами сформированы даже в полки… хорошо вооружены, снабжены пулеметами и достаточным количеством патронов. Отряды эти уже не разбегаются от первых выстрелов, но принимают бои с солидными воинскими частями и в некоторых случаях выигрывают эти бои… Руководители банд начинают создавать подобие гражданской власти, учреждая местные советы, созывая собрания и съезды; делают попытки нормировать гражданские взаимоотношения… Короче: анархически-разбойничьи выступления начинают принимать характер политического движения». Наиболее крупными и активными соединениями партизан в Сибири были отряды (а по существу, банды) Щетинкина — Кравченко на юге Енисейской губернии и отряд Лубкова — в Томской губернии. О масштабах деятельности партизан в Енисейской губернии, служившей главным очагом восстаний, говорят правительственные сводки: по далеко не полным данным с мест, в период с 15 июня по 30 сентября 1919 г. в губернии партизанами было убито 9 гражданских должностных лиц, 12 милиционеров и дружинников, 26 военных, 530 частных лиц, изнасиловано 13 женщин, сожжено 25 железнодорожных мостов, устроено 1 крушение поезда. По Транссибирской магистрали самым опасным участком считался отрезок пути от Красноярска до Нижнеудинска.

Анализ ситуации показывает, что в Сибири, где спецслужбы обладали наиболее совершенной для того времени организацией, профессионально подготовленными кадрами, относительно хорошо финансировались, белогвардейцам удалось парализовать работу подполья. Однако большевистские организации восстанавливались, в основном благодаря активной закордонной работе партийно-государственных структур Советской России. Колчаковской контрразведке и госохране так и не удалось перекрыть каналы связи между РСФСР и нелегальными организациями на своей территории по следующим причинам. Во-первых, из-за отсутствия сплошной линии фронта, которая бы явилась серьезной преградой для перемещения людей с одной стороны на другую. Во-вторых, между контрразведкой и разведкой, имевшей свою агентуру в соответствующих учреждениях Советской России, не существовало тесного взаимодействия. Документально не подтверждается наличие у белогвардейской контрразведки собственной агентуры в советских партийно-государственных структурах, занимавшихся разведывательно-подрывной деятельностью в тылу белых армий. В-третьих, из-за недостатка сил и средств спецслужбы не смогли осуществить на подконтрольных территориях жесткий контрразведывательный режим.