Дальнейшая судьба их в деле не изложена. Кроме того, на квартире Я. Юровского в Каинске был произведен обыск, который, впрочем, ничего не дал.

В челябинскую организацию, ставившую своей целью свержение существующей власти путем убийства Верховного правителя, отделение контрразведки Западной армии внедрило агента А. Барболина, который выявил имена некоторых руководителей, их адреса и главные явочные квартиры. 20 марта 1919 г. отделение приступило к ликвидации подпольного горкома. Были разгромлены общегородской комитет, военно-революционный штаб, некоторые райкомы и ячейки. Во время обысков контрразведчики обнаружили оружие, взрывчатые вещества, документы, арестовали 200 человек, 66 из которых были привлечены к военно-полевому суду. 3 апреля в городе снова прошли аресты и обыски, была найдена тайная типография, много оружия и около 700 000 рублей.

Из Челябинска ниточка потянулась в Екатеринбург, где контрразведка 31 марта 1919 г. арестовала 27 человек (6 апреля постановлением полевого суда 8 человек было приговорено к смертной казни через повешение).

В Бийске еще в декабре 1918 г. был раскрыт заговор большевиков, арестовано 9 человек представителей разных союзов рабочих, установивших связь с Барнаулом, Томском и Иркутском.

В Кустанайском уезде Тургайской области в начале апреля 1919 г. 19 человек было расстреляно по приговору военно-полевого суда после подавления восстания в пользу большевиков.

На Дальнем Востоке контрразведка также имела свою агентуру в подпольных организациях и информировала командование об их планах и действиях, сообщала о местонахождении большевистских партизанских отрядов, их вооружении, численности, руководителях, готовящихся вооруженных выступлениях и свершившихся нападениях.

Одной из первых была разгромлена большевистская организация, готовившая восстание в Благовещенске, вошедшее в историю как Мухинское (по фамилии его инициатора Ф.Н. Мухина). По одной из версий, планы и время восстания контрразведке выдал находившийся в окружении Мухина некто Сизов, позже перешедший на сторону белогвардейцев и убитый благовещенскими подпольщиками.

По версии историка А.Д. Показаньева, задержанный казачьим патрулем крестьянин И.В. Дымов, которому поручалось передать письма Ф.Н. Мухина партизанам, не выдержал пыток и дал контрразведчикам достоверные сведения о нахождении руководителя большевистского подполья в городе. А.Д. Показаньев считает, что с разоблачением Сизова спецслужбы не имели агентуры в ближайшем окружении Ф.Н. Мухина, поэтому использовали «жесткие приемы розыска». Однако первичные розыскные действия оказались безрезультатными. 3–4 марта белогвардейцы совместно с японцами расправились с первой группой подпольщиков. 6–7 марта продолжались облавы по задержанию лидеров подполья. 8 марта был арестован Ф.Н. Мухин. «Чины военной контрразведки совместно с японским отрядом оцепили школу и начали проводить обыск. Первый чин, встретивший Мухина, не узнал его, но затем следующим чином контрразведки он был узнан». По разным данным было арестовано от 66 до 100 человек.

Однако большевикам удалось быстро восполнить свои ряды. В апреле 1919 г. уже работал новый состав Амурского обкома, в который входило 6 человек.

В апреле 1919 г. контрразведка выявила во Владивостоке организацию большевиков численностью около 500 человек, которую руководством планировалось довести до 5000–6000 человек. С целью похищения грузов многие из членов организации устроились грузчиками на железную дорогу и в порт, похищали патроны, ручные гранаты. На острове Русский подпольщики раздобыли 500 винтовок, 50 ящиков патронов, ручные гранаты и снаряды. Однако место хранения арсенала скоро стало известно контрразведке.

В мае КРО при штабе Приамурского военного округа провело аресты членов хабаровской большевистской организации. Среди них оказались крупные деятели советской власти: Б.А. Болотин (Славин), бывший нарком финансов Центросибири; Н.А. Сидоренко (Гаврилов), бывший иркутский губернский комиссар; Кам (Гейцман), бывший комиссар иностранных дел Центросибири. Подпольная ячейка была провалена благодаря внедренному агенту Розенблату, считавшемуся членом большевистской организации. Позже подпольщики пытались его ликвидировать, но безуспешно. Прибывшему из Благовещенска агенту Струкову удалось выявить квартиры подпольщиков, что позволило контрразведке арестовать, а затем убить Г.Н. Аксенова, С. Номоконова, A.M. Криворучко и др., пытавшихся освободить из тюрьмы Н.А. Гаврилова и Б.А. Славина. Струков был разоблачен эсеркой-максималисткой Н. Лебедевой (Кияшко).

Таким образом, зимой — весной 1919 г. колчаковские спецслужбы нанесли серьезные удары по подпольным организациям в крупных городах Урала, Сибири и Дальнего Востока. Попытки большевиков организовать восстания ими пресекались. В июне 1919 г. контрразведка раскрыла организации в Перми, Челябинске, Екатеринбурге, Новониколаевске и Омске.

Разгромы подпольных организаций в ряде городов Сибири сорвали планы большевиков провести всеобщее восстание. Начальник КРО штаба Иркутского военного округа сообщал начальнику местного управления государственной охраны, что прибывший в Иркутск из Советской России делегат отменил намеченное на 15 июня 1919 г. выступление. Его сроки были перенесены на более благоприятный период для проведения всеобщего восстания. Ввиду провалов красноярской, новониколаевской и томской организаций было сорвано проведение намеченной на июль — август IV конференции РКП(б).

Иркутский комитет РКП(б) смог долго сохранять свой кадровый костяк благодаря тщательной конспирации. «По правилам конспирации мы не знали друг друга, не знали настоящих фамилий, не знали места работы друг друга… У нас были четко разграничены функции не только между членами комитета, но и между рядовыми членами партии. Даже члены комитета не знали отдельных связей и состояния отдельных районов», — вспоминал подпольщик И.М. Касаткин.

Однако активная деятельность иркутского подполья не осталась вне поля зрения колчаковских спецслужб. Согласно отчету Иркутского губернского управления госохраны в июле 1919 г., за несколько месяцев его существования госохрана напала на след подпольной большевистской организации в Иркутске, задержала 59 «причастных к большевизму» и возбудила 37 уголовных дел по ним, провела 93 обыска, в ходе которых изъяла много оружия, и арестовала в Черемхово 6 боевикованархистов.

В августе 1919 г. контрразведка штаба Иркутского военного округа для раскрытия нелегальной организации внедрила во 2-й Иркутский пехотный полк группу агентов во главе со штатным сотрудником КРО прапорщиком Юрковым. В результате проведенной агентурной разработки 18 сентября удалось арестовать начальника военного штаба городского районного комитета бывшего прапорщика М.Л. Пасютина и 42 солдат, а на следующий день — задержать в городе руководителя центральной организации В. Букатого.

Следует отметить, что сотрудники контрразведки штаба Иркутского военного округа действовали весьма профессионально. «Успеху содействовало то, что был налажен тесный контакт с руководством милиции и отрядов особого назначения, которым передавались координаты отрядов партизан для их уничтожения, кроме того, большую помощь контрразведчикам оказывали представители местного самоуправления», — пишет историк А.А. Рец.