Методы действия и задачи у этих специальных отрядов были самыми различными. В Верхней Силезии отряды из состава батальонов ландвера пересекали линию фронта в гражданской одежде и, в основном, занимались сбором данных, которые передавали по рации. В Восточном Бранденбурге отряд, состоявший из шести человек, был переправлен в тыл Красной Армии в камуфляжной форме. Члены этой группы должны были осуществлять самые разнообразные диверсии. Они были обнаружены и ликвидированы частями НКВД близ восточнопрусского города Алленштайн. Один из оставшихся в живых диверсантов позже вспоминал, что при проведении операции рассчитывал на значительную поддержку местного населения, но такого не произошло. Более того, именно местное население выдало местоположение отряда советской стороне. Национал-социалистические лидеры (нацистские «комиссары», действовавшие в армии) также сетовали на то, что было очень сложно достигнуть координации действий между армейскими партизанами и гражданским населением. Тем не менее различные немецкие источники в феврале 1945 года сообщали, что в Восточной Германии возникло массовое партизанское движение, сражавшиеся против Красной Армии. В качестве причин успешности зимнего наступления приводились такие де-факторы, как неблагоприятная погода, которая не позволяла люфтваффе полностью реализовать свои боевые возможности. Если говорить о реальных масштабах партизанского движения, то надо привести один факт. Полк НКВД, осуществлявший свою деятельность в окрестности Познани, за первые три месяца «обработал» более 8 тысяч немцев, подозревавшихся в пособничестве нацистам. Из них был выявлен 281 человек, которые действительно являлись агентами. В ходе стычек с партизанскими отрядами было убито 225 немцев. Когда в марте 1945 года зимнее наступление Красной Армии было фактически завершено, то в вермахте стали разрабатывать новые планы относительно работы в советском тылу. Теперь главной задачей являлся срыв наступления на Берлин. В начале апреля 1945 года командование 65-й советской армии, только что занявшей Данциг и развернувшейся на Одерском плацдарме, решило послать к себе в тыл специальные подразделения, которые должны были ликвидировать мелкие немецкие группы. Примечательно, что речь шла о территории, освобожденной более месяца назад.

Оставшиеся в тылу немецкие воинские формирования стали большой проблемой для Красной Армии, особенно после того, как советское Верховное командование применило новую тактику ведения боевых действий, фактически отказавшись от двойной линии фронта. Использование подобного ведения войны исходило из предпосылки, что советское наступление будет развиваться достаточно быстро. В этихусловиях не предполагалось наличие в тылу крупных немецких воинских частей, которые бы могли представлять серьезную угрозу. При всех достоинствах подобной доктрины наблюдались и отдельные недостатки. В частности, части вермахта, попавшие в окружение, получили определенную отсрочку, которую использовали для собственной реорганизации. Более того, они в большинстве случаев сумели сохранить связь с командованием, так как при стремительных наступлениях Красная Армия не всегда успевала демонтировать немецкую систему коммуникаций. В Штенберге НКВД удалось захватить в плен немецкого разведчика, который имел задание установить связь с немецкими отрядами, оставшимися в окружении, а попутно собирать оперативную информацию и находить безопасные пути пересечения линии фронта. Согласно сведениям, полученным от крайсляйтера Штаргарда, немецкое контрнаступление в феврале 1945 года стало возможным в том числе благодаря координации действий немецких частей, располагавшихся по обе линии фронта. Советское военное коммюнике сообщало 12 марта о ликвидации одного из таких отрядов в окрестностях Кольберга. В нем числилось более сорока человек. Среди убитых было обнаружено тело генерал-лейтенанта Рубеля, командующего 163-й пехотной дивизией. В одном из докладов Армии Людовы приводились схожие оценки: территория Польши не могла считаться полностью освобожденной, пока на ней действовало множество немецких партизанских формирований. Отмечалось, что они регулярно нападают на советские транспортные колонны и грабят деревни.

Кроме формирования отрядов, занимавшихся непосредственно партизанской войной, военное командование также создавало специальные группы, которые должны были специализироваться в тылу противника исключительно на борьбе с танками. Их деятельность координировалась с воздуха, для чего выделялись специальные самолеты-разведчики. Официальный печатный орган нацистской партии, газета «Фелькише беобахтер», утверждал, что действия таких групп в глубоком тылу противника подразумевали, что немецкая оборона существенно отличалась от того плачевного состояния, которое можно было наблюдать у французов и англичан весной 1940 года, когда их армии были буквально сметены немецким наступлением. Наиболее эффективным из всех таких подразделений был отряд диверсантов, набранных лично Отто Скорцени. Одна из таких групп, «Дора II», уничтожила за время своего рейда более 120 советских танков. Как действовали подобные группы, не уточнялось. Но в условиях партизанской войны было затруднительно использовать противотанковые орудия. Скорее всего, уничтожение советских танков было возложено на новую модель гранатомета, которая называлась «панцерфаустом». При помощи этого гранатомета один пехотинец мог без проблем вывести из строя танк. Во Второй мировой войне это была принципиально новая тактика, результатами которой нацистам так и не было суждено насладиться.

Самым интересным аспектом в этом новом оружии был взрывчатый состав боеголовки («фауста» — кулака). Это была мощная взрывчатка «циклонит». Это вещество было нестабильным, а потому использовалось в небольших количествах. Но даже его хватало, чтобы представлять серьезную угрозу для бронированных машин. Но, с другой стороны, у «панцерфауста» было множество минусов. Нестабильный «циклонит» рисковал взорваться прямо в руках атакующего. Дым и столб пламени, сопровождавшие выстрел из «панцерфауста», моментально указывали местоположение нападающего. Несмотря на эти недостатки, немецкое военное командование и нацистское руководство полагали, что этот гранатомет станет эффективным оружием для ведения партизанской войны. Один ветеран вермахта вспоминал после войны: «Казалось, что была поставлена цель вооружить каждого немецкого солдата этим смертельным оружием».

Большая часть партизанских инициатив немецкого Верховного командования согласовывалась лично с Отто Скорцени и его боевиками. Подобное сотрудничество предопределило тесные контакты между военными и «Вервольфом». Подобные отношения базировались главным образом на системе «обмена», которая с определенного времени развивалась между вермахтом и «Вервольфом». Руководство «Вервольфа» отказывалось от своей полной независимости в обмен на материальные ресурсы, предоставляемые военным командованием. На высшем уровне такое сотрудничество привело к созданию в 1944 году тандема: Верховное командование вооруженных сил — Личный штаб рейхсфюрера СС. Высшее командование, по понятным причинам, весьма скептически относилось к «новомодной» организации. Военные вообще презрительно относились к любым новшествам и инициативам, поступавшим со стороны СС. Однако в начале 1945 года потребность в тесном сотрудничестве была очевидна для всех. «Вервольф», несмотря на все организационные и материальные проблемы, мог добывать важную тактическую информацию. По мере того как сами военные стали прибегать к тактике партизанских действий, в военной среде было решено поручить «Вервольфу» выполнение весьма специфических функций. В обмен на это армия могла предложить плохо вооруженным эсэсовским партизанам все необходимое. В вермахте еще надеялись, что можно избежать краха на Восточном фронте.