Вследствие этого в начале февраля 1945 года было принято решение, что при каждом штабе дивизий, воевавших на Восточном фронте, будет находиться хотя бы один офицер из состава «Вервольфа». В его задачи входило координировать деятельность «вервольфов» и армейских разведчиков, обмениваться информацией о дислокации частей противника. 6 февраля немецкое Верховное командование выпустило приказ, который предписывал офицерам разведки помогать отрядам «Вервольфа» в Северо-Восточной Германии. Кроме этого этим приказом регламентировались отношения армейских частей и отрядов СС, которые действовали в тылу противника. В то же время возникла потребность в том, чтобы подобный порядок существовал и на Западном фронте. В конце февраля на совещании представителей Верховного командования и руководства СС было достигнуто соглашение, что подобное сотрудничество будет распространено на западные территории Германии. Особые уполномоченные «Вервольфа» должны были входить в тесный контакт с армейской разведкой, как только та или иная территория становилась театром военных действий. Так, например, в военном округе XIII были созданы специальные подразделения, которые должны были облегчить действия «вервольфов». Они занимались в основном транспортировкой и оказанием медицинской помощи. При штабе военного округа VII был сформирован отдел, который получил название «Специальный абвер».

Мало того, что военные начали вполне определенно влиять на развитие партизанского движения, так они заполучили в свои руки еще и важнейшие функции по вербовке и подготовке будущих «вервольфов». В Верховном командовании всегда проявляли повышенный интерес к этим вопросам. В начале 1945-го военные предложили создать новый канал вербовки в «Вервольф», который бы находился в исключительной компетенции вермахта. «Бюро Прюцмана», остро нуждавшееся в массовом притоке людей, вынуждено было согласиться с этим предложением. Теперь добровольцы, найденные военными, проходили специальное обучение в специальных армейских школах. Подобные «вервольфы» усиливали влияние вермахта на СС вообще и «Вервольф» в частности. Любые добровольцы, которые изъявили желание воевать в составе «Вервольфа», должны были сначала пройти специальную подготовку в так называемой «Второй армейской школе», которая располагалась в карпатском городке Туркенбург (Западная Словакия). Обучением там заведовал достаточно жесткий офицер Пауль Крюгер. Он предъявлял к рекрутам весьма высокие требования. Таковыми, в частности, было обладание Железным крестом. Путь в эту школу был закрыт любым военным, которые исповедовали католицизм. Кроме этого, новички должны были происходить только из тех областей на восточных и западных окраинах рейха, которые были уже заняты противником. Как показывают документы, особый акцент делался на восточные территории. По крайней мере один отряд был целиком сформирован из военных, которые происходили из городов, уже занятых Красной Армией. Итоги подобного обучения не имели каких-то впечатляющих итогов. Часть людей вообще не попала в «Вервольф». Всего через «Вторую армейскую школу» прошло около 300 человек, прежде чем Красная Армия заняла Западную Словакию. Не исключено, что некоторые из добровольцев проходили подготовку в армейской школе близ Висмара под началом полковника Нобиса. Но выпускники этих курсов возвращались в свои армейские части, а отнюдь не в партизанские отряды. В «Бюро Прюцмана» они оказывались лишь в том случае, если их часть уже прекращала свое существование.

Поскольку партизанская война почти всегда неразрывно связана с уничтожением различных коммуникаций, то армейские саперы и военные инженеры проявляли повышенный интерес к «Вервольфу». Из документации следовало, что в 1944 году возможность ведения партизанской войны обсуждалась на занятиях в армейской школе в Дессау-Росслау. Итогом этих обсуждений стало появление документа, который назывался «Партизанская война на территории собственной страны». Этот меморандум был негласно распространен среди старших офицеров вермахта. После того как было заявлено о создании «Вервольфа», один из авторов этого документа — полковник инженерных войск Кеммерих предложил, чтобы армейские чины также подключились к планированию операций нацистских партизан. В частности, речь шла о военных инженерах и саперах, подготовленных в специальном учреждении в Хокстере. Большинство из них было передано в распоряжение «Бюро Прюцмана». Те же, кто не попал в состав «Вервольфа», использовались в качестве специалистов в «патрульных отрядах».

Хотя специальные саперные команды предназначались преимущественно для борьбы против Красной Армии, в последние недели войны с ними столкнулись и Союзники. В Летцлингерском лесу американские отряды столкнулись с «Особыми саперно-инженерными отрядами», которые должны были провести серию диверсий. В Гарце американцам удалось захватить в плен пятерых партизан. Четверо из них были облачены в армейскую униформу, хотя формально числились в составе «Вервольфа». При задержании в руки военнослужащих США попал специальный «дневник», в котором фиксировались все осуществленные диверсии. Из него следовало, что этот небольшой отряд был ответственен за взрывы, произошедшие в местных гостиницах, где останавливались на постой американские солдаты.

В Тюрингии американский отряд смог завладеть документами, из которых следовало, что военные готовились в определенный момент превратить остатки вермахта в партизанские отряды:

«Если враг смог прорвать нашу линию фронта, то тут же будет распространен кодовый сигнал «Вервольф». После его получения все военнослужащие должны облачиться в гражданскую одежду и продолжать борьбу, действуя в небольших группах либо поодиночке. В последнем случае должна поддерживаться связь с командиром группы, что сделает возможным координацию действий отрядов, которые в данной ситуации являются «вервольфами».

Вы должны руководствоваться следующими принципами.

Превратите день в ночь, ночь в день. Бейте врага везде, где только встречаете его. Будьте хитроумными! Похищайте оружие, боеприпасы и провиант! Везде, где только возможно, находите добровольных помощников из числа женщин! Примите меры, чтобы рассеять маленькие отряды «помощниц» по округе, где они должны замаскироваться под беженок».

Возможно, наиболее «интересным» формированием армейских «вервольфов» был отряд «Михаэль», который действовал в Каринтии в последние дни войны. Примечателен факт, что большинство членов этого отряда были радистами. В «Михаэле» не было характерной для вермахта приверженности служебной субординации. Члены отряда никогда не носили униформу. Между командирами и подчиненными существовали вполне дружеские отношения. Командир отряда полковник Кротебергер имел уже определенный опыт партизанских действий — в свое время он поддерживал тесные связи с греческими националистами, координируя их вылазки. Сам он не собирался сражаться против западных держав, намереваясь воевать только против Красной Арии. Часть его подчиненных позже активно использовалась для антисоветской работы.

В последние месяцы войны небольшие воинские отряды буквально потоком стали вступать в состав «Вервольфа». При этом, как правило, не происходило никакого обучения. В конце марта 1945 года среди «вервольфов» оказалось значительное количество австрийских связистов, которые быстро были переквалифицированы в радистов партизанских групп. Их обучение проводилось в местечке Лейтаберг, находившемся юго-восточнее Вены. В то же время в Магдебурге несколько армейских офицеров были переданы в подчинение «Вервольфу». Все они были экспертами-связистами, прекрасно ориентировавшимися на местности, до войны большинство из них было лесниками. Новые армейские «вервольфы» тут же стали использоваться для подготовки тайных складов оружия. В окрестностях Гамбурга британские солдаты захватили в плен двух немецких офицеров, которые на допросе показали, что являлись «вервольфами», входившими в специальный гамбургский партизанский отряд.