Возможно, сравнительно милостивое решение Мануэла — предоставление евреям для исхода трех портов (Лиссабон, Порту и Сетубал) и продолжительный срок до начала выхода из страны — было вызвано желанием, чтобы евреи, приняв христианство, остались в Португалии и не вывезли из нее свои богатства. Если так, то расчеты короля не оправдались, и когда стало ясно, что стремления креститься у евреев не наблюдается, он в феврале 1497 года внес в государственный совет предложение немедленно насильно окрестить всех евреев. Совет, возглавляемый епископом Фернандо Котинью, выступил против этого, но король продолжил гнуть свою линию. По совету крещеного еврея Леви бен-Шем Това он распорядился закрыть все синагоги и еврейские школы и, более того, запретил евреям молиться; ослушавшимся грозило строгое наказание. Когда и это не заставило евреев в большом числе перейти в христианство, король, по совету все того же Леви бен-Шем Това, издал в начале марта 1497 года тайный приказ в определенный день насильно отнять у евреев всех детей в возрасте от четырех до двадцати лет (по другим сведениям, до четырнадцати лет), обратить их в христианство и, распределив по разным городам, отдать за счет короля на воспитание в христианские дома. Государственный совет опять попытался предостеречь короля от совершения насилия над малолетними и жестокости по отношению к их матерям и отцам. Заседания совета, как и сам приказ, носили тайный характер, но слух о готовящейся мере все-таки просочился наружу; во всяком случае, 17 марта евреи уже знали о том, что их ждет.

Об этом сообщили Мануэлу, и он, опасаясь, как бы евреи не спрятали где-либо или не отправили за пределы Португалии своих детей, 19 марта, в первый день праздника Пасхи, велел привести приказ в исполнение. Местные власти не считались с возрастом подлежащих отнятию молодых людей, и среди захваченных оказались даже 25-летние женщины и мужчины.

Происходившие при этом сцены не поддаются описанию: отцы и матери бросали детей в колодцы, чтобы не отдавать их в руки врагов, и сами кончали жизнь самоубийством; крики и стоны наполняли города ужасом, и христиане из сострадания к несчастным евреям скрывали многих у себя, не желая, чтобы дети лишались родителей.

При таких обстоятельствах евреи, в большинстве случаев принявшие в эти грустные дни христианство, решили обратиться за помощью к Римской курии. Папой в это время был знаменитый своей распущенностью Александр VI, который менее всего был склонен внимать голосу справедливости, но зато был крайне чувствителен к деньгам, — евреи хотели купить у него для себя защиту, тем более что Александр VI, торговавший кардинальскими шапками, из всего готов был делать предмет купли и продажи.

Однако отправленная в Рим депутация встретила отпор со стороны испанского представителя при папском дворе; депутаты были даже арестованы как еретики. Впрочем, Мануэл понимал, что ради мира в государстве следует смягчить политику, и 30 мая 1497 года был издан закон, в силу которого новообращенным была гарантирована спокойная жизнь в течение двадцати лет, в продолжение которых власти не имели права привлекать их по обвинению в ереси. Этим законом крещеным врачам и хирургам, не владевшим латинским языком, разрешалось читать еврейские медицинские книги; наконец, закон говорил о предстоящей амнистии для всех крещеных евреев и обещал, что по отношению к ним никогда не будут издаваться какие-либо особые распоряжения.

Мануэл все откладывал день отъезда евреев, не пожелавших креститься, и когда они, ввиду наступления осени, стали просить его приготовить для них в обещанных трех портах нужное количество судов, он заявил, что решил отправить всех евреев из одного Лиссабона, куда они все должны немедленно собраться. «Несчастные евреи, — пишет испанский историк Хосе Амадор де Лос-Риос, — не могли даже подозревать, что под новым королевским предложением скрывается самое ужасное вероломство, а между тем Мануэл так распорядился, что в Лиссабоне не только не было достаточного количества судов, но не хватало и запасов первой необходимости. Когда евреи должны были, в силу эдикта об изгнании, покинуть португальскую землю, этот недостаток в судах послужил причиной объявления всех евреев королевскими рабами». Обычно количество евреев, очутившихся в Лиссабоне, определяют в 20 000. Тех, кто не успел уехать, загнали, точно овец, в обширный дворец Эстаус, где их, вместо хлеба и воды, кормили проповедями двух крещеных евреев; запертым евреям были обещаны золотые горы, если они примут христианскую веру. Когда эти меры убеждения не привели к желанным результатам, король отдал приказ действовать силой: полицейские чины должны были загнать в церковь всех евреев, дабы священники совершили над ними скопом обряд крещения.

Массовые крещения такого рода наводнили Португалию новохристианами. Мануэл с самого начала имел, вероятно, целью, с одной стороны, удовлетворить желание невесты об удалении из Португалии иудеев, а с другой — чтобы эти бывшие иудеи, но уже христиане, остались со своими капиталами на месте. Сам Мануэл, похоже, был доволен достигнутым результатом, но страна не разделяла его радости и с большим недоверием смотрела на новообращенных, тем более что они, защищенные законом от 30 мая 1497 года, позволяли себе едва ли не открыто выражать привязанность к своей старой религии. Стоит ли удивляться, что общественное мнение вскоре потребовало репрессий по отношению к поставленным в привилегированное положение маранам? По настоянию кортесов в 1498 году Мануэл издал закон, наказывавший денежным штрафом крещеных врачей, писавших рецепты не на португальском языке; еще строже наказывались аптекари, изготовлявшие лекарства по написанному на еврейском языке рецепту. 21 и 22 апреля 1499 года Мануэл издал два ордонанса, коими христианам запрещалось совершать ряд торговых сделок с новохристианами, а последним без специального королевского позволения нельзя было покупать землю и выезжать за пределы Португалии, в особенности в страны, находившиеся под господством мавров. Все это явно нарушало обещания, что в отношении новообращенных не будут приниматься какие-либо исключительные меры.

Тут же подоспела просьба Фердинанда Католика о выдаче испанским инквизиционным трибуналам всех новообращенных, бежавших от преследования инквизиции из Испании в Португалию. Мануэл, правда, на это не согласился, но обещал отныне требовать у всякого приезжего испанца свидетельство, что он не является беглецом-еретиком; кроме того, испанской инквизиции было разрешено иметь в Португалии своих агентов, дабы они доносили португальским властям о еретиках, которых Мануэл обещал судить согласно португальским законам о ереси.

В 1504 и 1505 годах в Лиссабоне и Эворе чернь пыталась устроить погромы маранов, причем в обоих случаях ею руководили доминиканцы. Беспорядки эти были незначительны, но они свидетельствовали о чувствах, которые могли вызвать взрыв при первом удобном случае. Во время Пасхи 1506 года такой случай представился: в Лиссабоне свирепствовала чума, еда вздорожала из-за отсутствия подвоза, народ был раздражен и пребывал в поисках виновников, из-за которых Бог наслал столь страшную кару, и тут выяснилось, что некоторые мараны режут овец и птицу по еврейскому закону. Толпа потребовала жестокой расправы с виновными, ставшими в ее глазах причиной бедствия. Мараны были арестованы, но на следующий день их выпустили на свободу. Это вызвало еще большее раздражение; достаточно было искры, чтобы разгорелся пожар, и в конце концов прямо в церкви толпа растерзала марана, который позволил себе насмехаться над верой собравшихся в чудеса. После этого доминиканские монахи стали ходить по улицам, призывая народ истреблять еретиков. Призывать долго не пришлось, и в первый же день были убиты 500 человек; людей хватали и тащили на костры, сжигая разом по 15—20 человек. На одной лишь площади Росиу сожгли 300 человек. На следующий день зверства возобновились с новой силой, причем в Лиссабон стеклись из окрестных мест подонки общества, увлеченные перспективой безнаказанных грабежей и убийств. Во второй день были убиты свыше 1000 человек; но и этим разъяренная толпа не хотела ограничиться, и убийства маранов продолжались еще некоторое время; как считается, всего погибло, как минимум около 2000 человек, а по иным подсчетам — свыше 4000.