Вступивший на папский престол Павел III не был связан с маранами никакими обещаниями и относился к ним с гораздо меньшим сочувствием, но в целом продолжил политику своего предшественника. При нем между маранами и папским нунцием Ровере было заключено соглашение, по которому мараны обязались заплатить Римской курии 30 000 дукатов, если инквизиция в Португалии будет окончательно отменена. Курия старалась честно заработать свои деньги и представила Жуану ряд предложений в пользу маранов, но португальский король упорно не желал их одобрить. Тогда 2 ноября 1535 года Павел III опубликовал буллу, которой даровалось прощение всем маранам, начатые против них вероисповедные процессы прекращались, конфискованное имущество возвращалось, а все находящиеся в тюрьмах немедленно обретали свободу; были также восстановлены в правах дети осужденных и бежавших маранов. Таким образом, Павел исполнил, как он говорил, свой долг по отношению к маранам. Но тут оплошали мараны, не сдержав своего слова, — вместо 30000 дукатов Марко делла Ровере доставил от их имени в курию только 5000. Папа был взбешен.

Тем временем Жуан III нашел энергичного сторонника в лице императора Карла V. Раздраженный обманом папа уступил давлению императора и 23 мая 1536 года весьма неожиданно для маранов издал бреве, коим ввел в Португалии инквизицию, — с тем, однако, условием, что в течение первых трех лет ее судопроизводство будет вестись согласно существующему в Португалии законодательству и первые десять лет конфискованное у еретиков имущество станет поступать в пользу ближайших их наследников, а не португальской казны. Великим инквизитором был опять назначен уже знакомый нам Диого да Сильва.

Мараны поняли свою ошибку и уже более не жалели денег, что не замедлило сказаться на их положении. В начале 1537 года папа известил недавно назначенного в Лиссабон нунция Джироламо Реканати Каподиферро, что присваивает ему право отпускать маранам грехи; также маранам отныне разрешалось свободно оставлять Португалию, и никто — под угрозой отлучения от церкви — не мог препятствовать им приносить жалобы Риму на отношение к ним инквизиторов. С этого момента Лиссабон превратился в оживленный центр купли-продажи отпущения грехов. На это горько жалуется Жуан III в письме папе от 4 августа 1539 года — он говорит, что иудействующие грешат открыто, бросая всем вызов, так как они уверены, что им удастся купить прощение за содеянное. В этом письме король просит папу назначить вторым великим инквизитором своего брата — молодого принца Энрике.

Каподиферро стал уговаривать Павла не санкционировать назначения Энрике, которому было всего 27 лет, но папа склонился на сторону Жуана, а Каподиферро пришлось покинуть Португалию. Правда, уступив королю в вопросе назначения нового великого инквизитора, Павел в то же время подписал 11 октября 1539 года буллу, которая, вступи она в силу, сильно сузила бы сферу деятельности инквизиции. Но булла эта так и не была опубликована, поскольку мараны, как утверждал португальский посланник в Риме Маскарениас, опять не заплатили папе ту сумму, которую обещали. После этого Павел III сделал вид, что мараны его больше не интересуют, и Жуан III восторжествовал.

20 сентября 1540 года в Лиссабоне прошло первое аутодафе.

За ним вскоре последовали другие — не только в Лиссабоне, но и в Эворе и Коимбре. До поры до времени обходилось без приговоренных к смерти. Но вот 23 октября 1541 года инквизитор Иоанн де Мелло предал огню пятерых маранов, в числе которых был Гонсало Каннес Бандара — сапожник, объявивший себя пророком. Через несколько месяцев были сожжены в Эворе четыре марана, в том числе еще один мнимый пророк Луис Диас, у которого были приверженцы даже в аристократических кругах, и Давид Реубени, восемь лет до этого проведший в инквизиционной тюрьме.

Деятельность трибуналов навела страх на португальских маранов, и они поспешили снова заключить денежную сделку с Павлом III. Во всяком случае, об этом говорится в донесении от 2 декабря 1541 года португальского посла в Риме Христобана де Сусы, который обвиняет курию в ведении переговоров с маранами; в результате этих переговоров папа должен был будто бы получить сумму, близкую к 10000 крузадо, а новый нунций вообще мог оказаться у маранов на постоянном жалованье в 250 крузадо в месяц. Жуан III принялся в резких выражениях упрекать за это папу, а тот в ответ на оскорбления, пусть даже и заслуженные, отомстил португальскому королю назначением на пост кардинала в Лиссабоне его личного врага — бежавшего в Италию от преследования Жуана III епископа Висены Мигеля да Сильвы. Жуан не остался в долгу: объявил да Сильву вне закона и отозвал своего посланника в Риме. Дело выглядело так, будто Португалия окончательно порывает с папой. Для маранов это означало предоставление их в полную власть инквизиции. И действительно, великий инквизитор принц Энрике, обретя самостоятельность в своих решениях, учредил трибуналы помимо Лиссабона, Эворы и Коимбры еще в Ламего, Порту и Томаре, а число арестованных маранов резко увеличилось.

Павел, однако, не хотел доводить конфликт до крайности. Налаживать отношения было поручено новому нунцию епископу Луиджи Липпомано. Впрочем, у нунция были также тайные инструкции, согласно которым он должен был приложить усилия, чтобы удалить инфанта Энрике с должности великого инквизитора, а если это не получится, то под предлогом молодости отодвинуть его от дел.

Эти полномочия Липпомано получил с ведома новохристиан, которые писали в Рим, что ждут его как спасения; в подкрепление этих слов они отправили папе 2000 крузадо. Нунций, однако, застрял на границе, поскольку Жуан не дал ему разрешения на въезд. Инквизиция тем временем продолжала свирепствовать. 14 октября 1542 года в Лиссабоне прошло аутодафе, на которое вывели свыше сотни преступников, причем двадцать из них были выданы светской власти для совершения над ними смертной казни. Липпомано был впущен в Португалию только после того, как папа уведомил Жуана, что его миссия будет сведена к тому, чтобы поставить официально короля в известность о предстоящем Тридентском соборе; при этом папа обещал королю, что новый нунций ничего не станет предпринимать без его разрешения. И на этот раз папа не обманул.

Пример Англии, совершенно отпавшей от Рима, видимо, пугал Павла, и он, оставив попытки подчинить Жуана своей политике, начал вести с ним переговоры относительно дележа богатства, конфискуемого у маранов. Его предложение сводилось к тому, чтобы в течение определенного времени все делить поровну. Жуан ответил на это, что никогда не руководствовался в своих действиях материальными выгодами, но поровну делить богатства еретиков отказался, соглашаясь уступить папе лишь их четверть и на срок не более трех лет. Тогда, желая расположить к себе Жуана, папа предложил инфанту Энрике стать кардиналом, но король вместо благодарности с иронией заявил, что папа дает кардинальскую шапку тогда, когда об этом его не просят, и, наоборот, отказывает в ней, когда в этом нуждаются. Энрике, однако, быть кардиналом согласился. Он уже видел себя в этом качестве на большом аутодафе, но с этим вышла незадача: папа назначил вместо Липпомано нового нунция в лице Джованни Риччи да Монтепульчиано и распорядился, чтобы до его прибытия не предпринималось никаких процессов против новохристиан. Прибытие да Монтепульчиано все время что-то задерживало, и, таким образом, со второй половины 1544 по 1548 год в Португалии не было ни одного аутодафе.