Во время Первого Международного полярного года произошло первое пересечение Южного острова, описанное в литературе, — ненцы подобные маршруты в связи с необходимостью (обычно в процессе охоты) совершали неоднократно. Врач с научной станции в Малых Кармакулах J1. Ф. Гриневецкий вместе с каюрами-ненцами на нескольких собачьих упряжках спустился на юг вплоть до полуострова Гусиная Земля, откуда, повернув в юго-восточном направлении, вышел на верховья реки Рогачева и, перевалив главный водораздел острова, в конце концов вышел к устью реки Савиной, где когда-то Пахтусов обнаружил поморский крест. Этот поход принес первые сведения о рельефе во внутренних районах Новой Земли, не описанных ни Крестининым, ни Свенске. Обладай Гриневецкий знаниями в области геологии, такой маршрут обогатил бы науку на десятилетия.

Тем временем ненецкое население на Новой Земле постепенно распространялось все далее к северу, продолжая вести в основном кочевой образ жизни, в связи с чем архангельская администрация продолжила в 1889 году пароходные рейсы вплоть до Поморской губы в устье реки Маточки. В связи с этим два года спустя шхуна «Бакан» под андреевским флагом провела необходимые работы между западным устьем Маточкина Шара и Малыми Кармакулами. В 1894 году было объявлено о создании становища в Поморской губе, которое посетил архангельский губернатор Александр Платонович Энгельгардт для ознакомления с условиями жизни на Новой Земле. В это же время у берегов Новой Земли, преимущественно у Южного острова, чаще стали появляться с демонстрационными целями наши крейсеры. В Петербурге вспомнили, что Новая Земля — это российская земля.

В 1887–1891 годах на Новой Земле несколько раз зимовал писатель Константин Дмитриевич Носилов, описавший свои поездки, условия жизни и быт новоземельских ненцев в книге «На Новой Земле», увидевшей свет в 1903 году. По жанру это нечто среднее между путевыми заметками и литературными очерками, ознаменовавшими вовлечение архипелага в литературную сферу деятельности. Во время своих зимовок Носилов провел метеорологические наблюдения, однако их результаты не публиковались.

По мере роста населения архипелага все острее вставал вопрос их обеспечения всем необходимым, в частности топливом (в первую очередь каменным углем). Для решения этой проблемы по запросу архангельского губернатора Академия наук в 1895 году отправила на Новую Землю отряд одного из ведущих специалистов Геологического комитета, будущего академика Феодосия Николаевича Чернышева для проведения необходимых разведок. Он обследовал участок Южного острова, примыкающий к Маточкину Шару вплоть до параллели устья реки Абросимова. Поскольку повсеместно он встречал породы, сформировавшиеся в морских условиях, Чернышев пришел к заключению об отсутствии перспектив на уголь в пределах обследованной территории. Другие его впечатления перекликаются с суждениями Бэра: «Глаз поражается почти полным отсутствием растительного слоя: везде мы встречали или скалистые выступы разнообразных пород, либо те же породы, раздробленные в острую щебенку; лед, снег и камень повсюду господствуют и придают ландшафту в высшей степени угрюмый характер» (1896, с. 23). Что касается прогноза развития природы Новой Земли в обозримом для геолога будущем, то он был сформулирован следующим образом: «Новая Земля подымается, идет нарастание глетчеров и фирновых полей, и если этот процесс достигнет известной стадии, то вся Новая Земля вновь окутается льдами и будет представлять ту же ледяную пустыню, какую мы видим к северу от Крестовой губы» (там же, с. 25). Отметим, что пересечение Южного острова от Малых Кармакул к устью реки Абросимова по заключению Чернышева прошло по сплошному пермскому полю слагающих пород.

1896 год на Новой Земле ознаменовался настоящим научным авралом в связи с наблюдениями полного солнечного затмения, когда на Малых Кармакулах базировалось несколько экспедиций — из Пулковской обсерватории во главе с академиками О. А. Баклундом и Б. Б. Голицыным, Казанского университета под руководством профессора Д. И. Дубяги. Поблизости на острове Большой Кармакульский расположился лагерь английской экспедиции. С учетом небольшой вероятности безоблачной погоды риск неудачи для всех участников этого беспримерного предприятия был очень велик, но тем не менее события развивались по самому успешному сценарию. С окончанием этих работ Голицын передал все метеорологические приборы в становище с условием продолжения метеонаблюдений. С тех пор, за исключением нескольких лет, наблюдения за погодой в Малых Кармакулах продолжались непрерывно — здесь получен самый продолжительный ряд наблюдений в Российской Арктике, что ставит здешнюю полярную станцию, действующую и поныне, в совершенно особое положение.

В 1890 году лейтенант Бухтеев на транспорте «Самоед» выполнил в связи с организацией становища в Белушьей губе необходимые гидрографические работы в этом заливе. На следующий год здесь было создано очередное становище на Новой Земле, третье по счету, тогда как Северный остров, посещаемый лишь отдельными промышленниками, оставался без постоянного населения.

В 1897 году на своей яхте с целью научного туризма Новую Землю посетили англичане Генри Пирсон и полковник Фейлден, обнаружившие на восточном побережье неизвестный залив, который они назвали в честь Цивольки. Англичане оставили описание Маточкина Шара с современным ледником Третьякова и обследовали остатки зимовья Розмыслова, выполнив там археологические раскопки. По сути таким же научным туризмом стало и посещение с рейсовым судном биологами С. А. Бутурлиным и Б. М. Житковым, основные наблюдения которых были выполнены в западном устье Маточкина Шара.

Увлекшись полярными пейзажами, известный художник Александр Алексеевич Борисов решил провести зиму на Новой Земле для работы на пленэре, совмещая ее с попутными научными работами. Для этого он выстроил в Поморской губе в устье реки Маточки дом-студию, откуда в конце лета 1900 года на собственной яхте «Мечта» попытался войти в Карское море для организации продовольственных складов на карском побережье. Однако его судно попало в вынужденный дрейф и было унесено льдом к югу к устью реки Савиной. В сложившейся ситуации Борисов со всем экипажем оставил судно и с помощью ненцев добрался до Малых Кармакул, откуда перешел в Поморскую губу. Весной 1901 года на собаках он посетил Карскую сторону на Северном острове, где его сотрудники положили на карту заливы Медвежий, Чекина и Незнаемый с окрестными ледниками.

Летом 1901 года создатель первого в мире арктического ледокола «Ермак» адмирал Степан Осипович Макаров решил испытать его в плавании в обход Новой Земли к острову Диксон вблизи устья Енисея. Однако уже на пути к полуострову Адмиралтейства (который стал таковым вскоре после наблюдений Пахтусова в 1835 году) ледокол оказался в таком положении, что Макаров записал в своем дневнике: «Мысли о предстоящей зимовке не выходят у меня из головы» (1943, с. 179). Не пробившись к Новой Земле, ледокол совершил два рейса к Земле Франца-Иосифа и, возвратившись второй раз к ней же, предпринял попытку пройти к Диксону вокруг мыса Желания с тем же неудачным результатом. При возвращении были выполнены некоторые наблюдения на побережье между полуостровом Адмиралтейства и губой Крестовая, причем было отмечено в Машигиной губе, как кут Машигиной Ледянки перегорожен стеной глетчерного льда. Хотя ледокол действовал в сложной ледовой обстановке, главной причиной неудачи этого похода следует считать отсутствие необходимого опыта в использовании нового технического средства — ледоколом не научились еще управлять… Воспользовавшись этой неудачей, противники Макарова отправили ледокол на Балтику, где ему пришлось дожидаться возвращения в высокие широты более тридцати лет.