После гибели Макарова в Порт-Артур прибыл адмирал Е. И. Алексеев для личного руководства флотом. Однако, оценив обстановку, он заявил о бесперспективности борьбы с японцами на море, ибо «она приведет к окончательной гибели эскадры». Поэтому 22 апреля он уехал в Мукден, оставив за себя своего начальника штаба контр-адмирала В. К. Витгефта. Как начальник штаба тот безусловно был на месте, являясь талантливым администратором и безукоризненно выполняя приказ наместника «флоту не рисковать».

Однако В. К. Витгефт не был флотоводцем и отменил все выходы в море крупных судов, кроме легких крейсеров, канонерских лодок и миноносцев для поддержки отступающей армии. Даже 2 мая, когда были потоплены два первоклассных японских броненосца «Хатсусе» и «Ясима», Витгефт продолжал бездействовать и упустил возможность закрепить успех. Это бездействие дорого обошлось российскому флоту. 25 июля японцы оборудовали осадные батареи и начали обстрел порт-артурского рейда. Выполняя приказ наместника «прорываться во Владивосток», во время второй попытки 28 июля Витгефт был разорван на куски прямым попаданием крупнокалиберного снаряда в командную рубку броненосца «Цесаревич». Его тело не было найдено. После этого руководство российским флотом было дезорганизовано и расстроено. Только отдельным кораблям удалось прорваться во Владивосток, а остатки эскадры вернулись в Порт-Артур. Таким образом, российский флот не выполнил главную задачу — воспрепятствовать высадке японского десанта на материке. Японская разведка сумела установить планы русского морского командования и его местонахождение в составе кораблей Тихоокеанской эскадры. Поэтому огонь японских кораблей был сосредоточен на «Цесаревиче», где находился В. К. Витгефт. Российская же контрразведка оказалась явно не на высоте положения и не смогла квалифицированно обеспечить охрану Командующего флотом.

С началом военных действий в Маньчжурии выяснилось, что большое число китайцев и переодетых китайцами японцев занимаются шпионажем, следя с сопок за передвижением русских войск, расположением батарей, сигнализируя с помощью флагов, зеркал и т. д. Во время военных действий к разведывательной деятельности стали активно подключаться нижние чины и офицеры японской армии. Чаще всего они переодевались в китайские костюмы и с привязанными косами пробирались в места дислокации русских войск под видом местных жителей. В частности, так поступил поручик 13-го кавалерийского полка Комаяси. 12 марта 1905 г. он был послан из Кайюаня на разведку к Гирину. После первой попытки он доложил командиру полка, что дальше деревни Шеншену пробраться нет возможности. Командир полка ответил по-японски кратко: «Данная вам задача должна быть выполнена». Тогда Комаяси и унтер-офицер Кого переоделись китайцами и в сопровождении нанятого проводника прошли через русскую сторожевую цепь и добрались до деревни Тайсухе, в 20 верстах южнее Гирина. Там один из русских солдат в шутку дернул Кого за косу, которая осталась у него в руках. Так случайно были разоблачены японские шпионы, действовавшие в ближнем тылу русской армии. По приговору военно-полевого суда поручик Комаяси, унтер-офицер Кого и проводник китаец были расстреляны в Гунчжулине.

К началу Русско-японской войны в русской армии не было специальной службы, которая занималась контрразведкой и, прежде всего, борьбой со шпионажем. Борьба с ним должна была осуществляться за счет организации жандармско-полицейского надзора. Это было поручено штаб-офицеру Отдельного корпуса жандармов подполковнику Шершову. В его распоряжении имелась жандармская команда, состоявшая из 25 унтер-офицеров. Однако малочисленность личного состава и отсутствие опытных сыскных агентов делали борьбу с японским шпионажем во фронтовых условиях малоэффективной. Особенно отрицательно сказывалось незнание японского и китайского, корейского и монгольского языков, а также отсутствие специальных навыков сыскной работы.

С самого начала войны Командующий Маньчжурской армией генерал Линевич возбудил ходатайство перед адмиралом Алексеевым о привлечении в армию в качестве переводчиков студентов и слушателей-офицеров Восточного института. Переводчиков с восточных языков, в особенности с японского, не хватало даже в малочисленной Маньчжурской армии. В конце мая 1904 г. на театр военных действий были командированы Главным штабом пятеро корейцев — учеников Казанской учительской семинарии. Из них к 1905 г. в армии остался только один. В качестве официального переводчика при разведотделении штаба Маньчжурской армии состоял служащий Пекинского отделения Русско-китайского банка Р. И. Барбье, который занимался переводом статей из английских и французских газет.

В самый разгар военных действий, летом и осенью 1905 г., на всю армию имелось всего 11 переводчиков с японского языка. Из них только двое могли разбирать японскую рукопись и разбирать письма, дневники и другие документы. Несколько проще обстояло дело с переводчиками с китайского языка, поскольку офицеры-выпускники Восточного института хорошо знали этот язык. В строевых частях переводчиками выступали простые китайцы, которые, как правило, были очень малонадежным элементом и нередко передавали японцам сведения о русских войсках. Лучше всего дело обстояло с переводчиками с корейского языка. Этому способствовало два обстоятельства. Первое, в Корее действовало небольшое число русских войск. Второе, в Уссурийском крае проживало много корейцев, которые являлись русскими подданными и охотно поступали в войска переводчиками. Переводчиков с монгольского языка было всего двое: студент Санкт-Петербургского университета В. Шангин и выпускник Восточного института Хиония. Они могли разбирать монгольскую письменность. Этот недостаток особенно не ощущался в войсках, поскольку иметь дело с монголами приходилось мало. Серьезным недостатком оказалось также плохое качество словарей.

По мере развития военных действий Разведывательное отделение Маньчжурской армии оказалось явно перегруженным контрразведывательной работой. Сюда стали доставляться лица различных национальностей, преимущественно китайцы и корейцы, подозреваемые в шпионаже, воровстве, сигнализации, порче телеграфов, мостов и т. п. Как правило, эти лица доставлялись без сопроводительных записок, где, когда и кем они арестованы, и приходилось непроизводительно тратить ежедневно массу времени на опрос этих лиц в целях установления их личности и выяснения виновности. Это было явно ненормальное положение, и сотрудники Разведывательного отделения отвлекались от прямых обязанностей и занимались несвойственной им деятельностью военно-полицейского характера. Командование войсками Маньчжурской армии пыталось исправить положение дел, и приказом по армии от 6 сентября 1904 г. всех задержанных лиц предлагалось доставлять в органы военно-полицейского надзора, а «в разведывательное же отделение препровождать вместе с протоколами опросов лишь тех лиц, кои могут дать сведения о противнике».

После Мукденского сражения к розыску неприятельских агентов был привлечен рядовой 4-го Заамурского железнодорожного батальона Исаак (Иван) Федорович Персиц. До войны он служил в сыскной полиции и знал несколько иностранных языков и поэтому представлялся фигурой вполне подготовленной для выполнения контрразведывательных задач. Одной из его основных функций стала слежка за лицами, подозреваемыми в шпионаже. В частности, именно И. Ф. Персиц осуществлял наблюдение за деятельностью капитана австрийской армии Станислава Шептицкого, прикомандированного к кавалерийскому корпусу генерала Ренненкампфа. По свидетельству начальника австрийской разведки генерала Макса Ронге, «граф Шептицкий… хорошо ознакомился с русской конницей. Попутно с этим обогатились наши сведения о разведывательной службе во время войны, причем оказалось, что японская разведка далеко обогнала русскую».