Деятельность японских диверсионных групп, слухи, распространяемые японскими агентами, об угрозе КВЖД со стороны Монголии заставили российское командование дополнительно выделить для охраны тыловых коммуникаций бригаду 41-й дивизии, казачий полк и 15 тыс. человек из прибывшего пополнения. Это ослабило русские войска под Мукденом на 25 тыс. человек и 36 орудий. Эти силы стали дополнением к тем 25 тыс., которые уже находились на охране армейского тыла. Основания для этого были, потому что в середине февраля 1905 г. по каналам военной разведки поступили сведения о движении значительного воинского отряда через Монголию на Цицикар.

В действительности японский командующий маршал Ивао Ояима приказал отправить в русский тыл для совершения диверсионных действий два кавалерийских эскадрона. Одному из них, под командованием офицера Наганумы, удалось в ночном бою в пяти километрах от станции Фуецзятунь успешно атаковать команду из 42 пограничных стражников, охранявших железнодорожный мост. Японским диверсантам удалось оттеснить пограничную охрану от моста и на время захватить его. Однако японские подрывники не справились с поставленной задачей и сумели взорвать только мостовой настил. Русские специалисты отремонтировали его через 17 часов, и движение войсковых эшелонов было восстановлено.

Контрразведывательным органам русской армии приходилось уделять много внимания пресечению появления и деятельности в расположении армейских частей всевозможных «нежелательных» гражданских лиц. Как правило, это были искатели легкой наживы или просто приключений. Жандармско-полицейский надзор в Маньчжурской армии, возглавляемый подполковником Шершовым, уделял вопросам очистки тыла повышенное внимание. В годовом отчете о его деятельности среди вопросов по пресечению шпионско-диверсионной деятельности японской разведки говорилось следующее: «…Ежедневно удалялись из района армии десятками лица, не могущие доказать своей полезности или причастности к армии.

Особенно много хлопот доставляли кавказцы, большую часть которых (около 150 человек) привез с собой подрядчик Громов, от которого они по прибытии в Маньчжурию вскоре все разбежались и занялись по китайским деревням и поселкам грабежами: большей частью грабили скот, арбы, лошадей и мулов.

Скот продавали подрядчикам и даже прямо в разные части, а арбы, мулов и лошадей доставляли в Управление транспортов. Затем была введена регистрация всех частных лиц, проживающих в районе армии, стеснен допуск непричастных к армии лиц, и приезд таковых разрешался только тем, которые для нее могли быть чем-нибудь полезны. Лица, заподозренные в неблагонадежности или не исполняющие требования военно-полицейского начальства, немедленно удалялись из армии…»

Одновременно русские контрразведчики проводили большую работу по пресечению распространения слухов в тылу войск. Особое внимание было уделено территории соседней Монголии, где активно действовала японская агентура. В конце 1904 г. штабом Заамурского округа отдельного корпуса пограничной стражи в Монголию была направлена специальная экспедиция подполковника Хитрово. Центром ее пребывания была выбрана ставка монгольского князя хошуна Джаспу Ван Удая, откуда посылались разведчики и разъезды во всех направлениях. Они собирали сведения о противнике, заводили дружеские отношения с монгольскими чиновниками и местным населением, составляли топографические карты местности и собирали статистические данные о крае. В общении с местным населением русские разведчики неизменно подчеркивали агрессивный характер японской армии, ее жестокость в отношении мирного населения Монголии и Китая.

Тогда же в ходе Русско-японской войны русское командование помимо организации работы разведки и контрразведки стало активно проводить мероприятия по усилению русского влияния в Китае, Маньчжурии и Монголии. Японцы еще до начала войны и особенно с ее началом прибегали к негласной финансовой поддержке иностранной печати для привлечения на свою сторону в целях распространения своего влияния, сообщения благоприятных для них сведений и освещения текущих событий в выгодном для них виде, не говоря уже о распространении ложных слухов в целях демонстративных.

Приказом наместника императора на Дальнем Востоке адмирала Е. И. Алексеева с 10 сентября 1904 г. начала издаваться за счет России газета «Китайское обозрение». Она издавалась под руководством военного агента в Китае полковника Ф. Е. Огородникова и обходилась около 1200 долларов в месяц. Главная цель этого издания заключалась в том, чтобы на основании сведений, получаемых от штаба Главнокомандующего, русского посольства в Пекине, консулов и других источников, передавать события войны «в правдивом виде, так как англо-японская пресса на Дальнем Востоке была всегда склонна изображать наши неудачи в преувеличенных размерах и в самых мрачных тонах, при этом с большим отклонением от истины».

Одновременно с этим в Маньчжурии, в городе Мукден на китайском языке в частной типографии начала издаваться газета «Шенцзинбао». Ее негласным руководителем был полковник Генерального штаба М. Ф. Квецинский, а личный состав редакции был из китайцев. Газета была единственным печатным органом на китайском языке и поэтому приобрела большую популярность и получила широкое распространение среди местного населения. Это вызвало соответствующую реакцию со стороны японской агентуры. В редакцию газеты и ее сотрудникам из числа китайцев начали поступать угрожающие письма. Это не помогало, тогда японцы прибегли к более действенным мерам: подкупу и шантажу местной китайской администрации. Китайские чиновники, озабоченные утратой своих рычагов влияния и давления на настроение общества, приняли все меры для прекращения выпуска газеты. В конце 1904 г. издание «Шенцзинбао» было прекращено. Личный состав редакции был разогнан, а хозяин типографии отказался печатать газету.

В начале 1905 г. генерал Куропаткин приказал возобновить издание «Шенцзинбао» и даже приобрести собственную типографию, чтобы не зависеть от частных предпринимателей. С этой целью в Шанхае была куплена типография и укомплектован штат редакции. Однако события на Маньчжурском фронте, в частности занятие японцами города Синминтина в феврале 1905 г., задержали монтаж оборудования и переезд персонала. После Мукденского сражения новый Главнокомандующий генерал Линевич тоже нашел необходимым безотлагательное издание китайской газеты. Им было принято решение перевезти оборудование и личный состав редакции через Монголию в Харбин. Для этого были выделены необходимые средства, однако до конца войны планируемый переезд и возобновление издания газеты не состоялись. В мае 1905 г. редактор газеты попытался создать на ее базе школу для подготовки русских разведчиков. Однако из-за некомпетентности ее руководителя она не оправдала надежд командования и была через два месяца закрыта.

Главными проводниками русского влияния в Маньчжурии были представители русской администрации — военные комиссары Мукденской, Гиринской и Цицикарской провинций. В их задачу входило урегулирование отношений между войсками и местным населением, защита от обид и притеснений со стороны войск, всемерное укрепление авторитета русской власти перед китайцами. В отчете о деятельности Разведывательного отделения Маньчжурчской армии так говорилось об этом: «Что касается настроения последних по отношению к нам, то нельзя не отметить, что китайцы относились к воюющим странам в общем безразлично, осторожно выжидая результатов борьбы и на чью сторону склонится успех, перед которым китайцы, как все азиаты, преклоняются беспрекословно.