После войны возникнут, правда, серьёзные разногласия между маршалом и генерал-полковником по одному принципиальному вопросу. Но об этом речь предстоит ещё впереди.

События тех трудных дней Маршал Советского Союза Жуков Г.К. впоследствии описывал так: «Противник, хотя и нёс значительные потери, по-прежнему на решающих направлениях имел трёх-четырёх кратное превосходство, не говоря уже о танках. Железнодорожные перевозки наших войск по ряду причин осуществлялись с перебоями. Прибывающие войска зачастую вводились в дело без полного сосредоточения, что отрицательно сказывалось на политико‑моральном состоянии частей и их боевой устойчивости. Слабость нашей оперативно-тактической обороны состояла главным образом в том, что из-за отсутствия сил и средств нельзя было создать её глубокое эшелонирование. Оборона частей и соединений, по существу, носила линейный характер. Из-за отсутствия быстроходных и вездеходных тягачей войска не имели возможности широко маневрировать артиллерией, чтобы в нужный момент оказать помощь в отражении танковых атак противника. Во фронтах и армиях осталось очень мало танковых частей и соединений» [55]. Действительно, за несколько месяцев боев Красная армия потеряла более 25 тысяч танков! К началу битвы за Москву в распоряжении командования оставалось лишь 1700 боевых машин, которые по фронтам распределял лично Сталин [56].

Несмотря на то, что Круглов С.Н. находился в войсках, руководство Наркомата внутренних дел не забывало о нём, и в столь горячее время приказом от 7 августа 1941 года опытный в кадровых делах заместитель наркома был назначен председателем Центральной аттестационной комиссии НКВД СССР. Очевидно, вопрос о кадрах был крайне важен в связи со сложившейся фронтовой обстановкой и неожиданной сдачей в плен значительной части армии во главе с восемью десятками генералов и почти двумястами тысячами командиров. Видимо, эти, не известные нам ранее, чрезвычайные обстоятельства вынудили Сталина И.В. сделать заявление о том, что «у нас нет военнопленных, у нас есть изменники Родины». Наркомату внутренних дел поручили создать фильтрационные лагеря для проверки военнослужащих, возвращавшихся из плена или побывавших на территории, занятой противником. Приказом Верховного Главнокомандующего до сведения всех находившихся на фронте красноармейцев и командиров доводилось, что их семьи в тылу становились заложниками их поведения на фронте. В случае сдачи в плен родственники могли подвергнуться репрессиям. За отказ от выполнения боевого приказа военнослужащий мог жестоко караться, вплоть до расстрела на месте [52].

В связи с неудержимым продвижением армии вермахта по нашей территории 12 августа 1941 года было принято совместное постановление СНК СССР и ЦК ВКП(б) «О расселении немцев Поволжья в Казахстане», которое несколько позднее узаконил указ Президиума Верховного Совета СССР. Несмотря на сложную обстановку, для реализации этой акции были выделены десятки тысяч сотрудников НКВД. С 3 по 20 сентября 1941 года были организованы многочисленные эшелоны, в которые погрузили 438700 мужчин, женщин и детей и отправили в Казахстан, а частично также в Красноярскую, Новосибирскую, Омскую области и на Алтай.

Одновременно с этим начались операции по высылке советских немцев, а заодно и финнов, из Ленинграда и области. В сентябре депортации подверглись советские немцы из Москвы и Московской области, затем из Ростовской, Тульской, Запорожской, Сталинградской и Ворошиловградской областей и с Северного Кавказа. К 1942 году на спецпоселениях числилось более одного миллиона советских немцев, причем 800 тысяч из них составляли репатрианты из Европейской части СССР, а остальные ранее проживали на востоке страны, но их без переселения тоже зачислили в «спецконтингент». Десятки тысяч депортированных взрослых немцев, включая женщин, затем мобилизовали в строительные колонны НКВД, в так называемую «трудармию», сочетавшую в себе элементы военных формирований, трудовой деятельности и лагерного режима содержания [45].

На основании постановления ГКО от 22 августа 1941 года для руководства возложенным на НКВД строительством оборонительных сооружений было образовано Главное управление оборонительных работ (ГУОБР) НКВД СССР. Приказом наркома начальником ГУОБРа назначили комиссара госбезопасности III ранга Павлова К.А., первым его заместителем стал старший майор госбезопасности Рапопорт Я.Д., а заместителем и главным инженером — Жук С.Я. (с оставлением двух последних на своих должностях в Главгидрострое). Возведение оборонительных сооружений развернулось по всей линии от Чёрного до Балтийского и Белого морей. В качестве рабочей силы использовались как заключённые, так и местное население непризывных возрастов из числа школьников, студентов и пенсионеров [5].

Главной задачей Резервного фронта в сложившейся стратегической обстановке являлось нанесение контрудара под Ельней с целью ликвидации плацдарма, который немцы могли использовать для наступления на Москву. Ставкой Верховного Главнокомандования эту операцию предложено было провести Жукову Г.К., являвшемуся её инициатором. В двадцатых числах августа основной контрудар наносила 24‑я армия, которой командовал генерал Ракутин К.И., ранее занимавший командный пост в пограничных войсках НКВД. Сражение на всех участках было ожесточённым и тяжёлым для обеих сторон. Боевые действия не прекращались ни днём, ни ночью. 6 сентября 1941 года, воспользовавшись темнотой, разбитый противник оставил свои позиции, и наши войска заняли Ельню. Опасный плацдарм был ликвидирован.

Однако в это время тяжёлое положение сложилось на Юго-Западном фронте и под Ленинградом. Решением Ставки 10 сентября 1941 года Жуков Г.К. вступил в командование Ленинградским фронтом, а Резервный фронт принял Будённый С.М.

Если к концу сентября оборону Невской твердыни удалось укрепить, то на других фронтах положение значительно ухудшилось. После крупного разгрома нашего Юго-Западного фронта, немецкое командование перенесло основные усилия на Западное направление, чтобы продолжить наступление на Москву. На подступах к столице оборонялись три наших фронта: Западный (командующий генерал-полковник Конев И.С.), Резервный (командующий Маршал Советского Союза Будённый С.М.) и Брянский (командующий генерал-лейтенант Ерёменко А.И.). По плану операции «Тайфун» наступление немецких войск началось 30 сентября ударом танковой группы Гудериана и 2‑й пехотной армии. 2 октября противник нанёс мощные удары по войскам Западного и Резервного фронтов и прорвал нашу оборону. Ударные силы врага стремительно продвигались вперед, охватывая с юга и с севера всю дислокацию этих фронтов. В этих боях практически полностью погибли 9‑я и 17‑я дивизии народного ополчения, формировавшиеся в Москве. По приказу командующего Западным фронтом был нанесён контрудар по северной группировке войск противника, но успеха эти боевые действия не принесли. К исходу 6 октября значительная часть войск Западного и Резервного фронтов оказалась в окружении западнее и северо-западнее Вязьмы.

В этой критической обстановке член Военного совета фронта Круглов С.Н. чудом не попал в окружение и не погиб. Как позднее вспоминал Сергей Никифорович, он вместе с ещё одним генералом находился в блиндаже, где они анализировали сложившееся положение и прекрасно представляли себе, что скоро кольцо окружения Резервного фронта замкнется. В это время по пока ещё работавшей связи Круглову С.Н. было приказано срочно прибыть в Москву, в Наркомат внутренних дел. Комиссар госбезопасности и генерал распрощались, не зная, какая судьба ждёт каждого из них. Сергей Никифорович благополучно добрался до своего наркомата, а через какое-то время узнал, что после его ухода снаряд попал в блиндаж, и тот генерал погиб.