В результате убийства Франсиско Писарро положение в Лиме и во всей стране неожиданно изменилось. «Чилийцы» во главе с Альмагро-младшим захватили все властные пози­ции в столице и направили своих представителей в основные города с объявлением о перемене власти и с требованиями признать сына Альмагро губернатором Перу. Поскольку Фернандо Писарро находился под арестом в Испании, а его брат Гонсало совершал поход в бассейне Амазонки, в стране не нашлось достойной организованной оппозиции действи­ям буйствовавших «чилийцев». Даже обиженный Фернандо Писарро де Кандиа предложил свои недюжинные таланты на службу новой власти. В итоге большинство перуанских испанцев приняли теперь сторону победившей фракции.

Однако прибывший в Перу королевский посланник Вака де Кастро, встречи с которым губернатор ждал в день своего убийства, получив сообщение об этом событии, после вы­садки на берег в соседнем с Лимой порту сразу направился в Кито, рассчитывая на помощь Гонсало Писарро как есте­ственного союзника. Губернатор Кито тогда еще находился в длительной экспедиции, но правитель Гуаякиля Беналькасар выехал на встречу с де Кастро и, объявив, что он выступает за дело короля и его представителя, стал готовить свое войско. В ответ на его действия все противники Альмагро-младшего стали прибывать в противоборствующую армию в Кито.

Альмагро располагал большим количеством золота, по­скольку он не собирался передавать королю его долю, что позволило ему потратить огромные суммы на оружие и боевые доспехи, производство которых успешно организовал в Куско талантливый де Кандиа. Предводитель инков Манко прислал ему из своего укрепленного района в Вилкабамба немалое количество оружия, взятого его армией у испанцев при осаде Куско, и обещал прислать собственные военные подкрепления. Армия повстанцев продолжала укрепляться, готовясь к уже наметившейся битве около поселения Чупас на высоте 9500 футов над уровнем моря в районе города Айякучо.

Кровавое сражение произошло там 16 сентября 1542 года. Армию короля возглавлял старый ветеран европейских и пе­руанских войн талантливый полководец Франсиско де Кар- вахаль, но повстанцами командовал сам Альмагро-младший, а его главную силу составляла артиллерия де Кандиа. Сначала фортуна была на стороне «чилийцев» благодаря смертонос­ным пушкам их командира, которые успешно косили ряды противника При таком повороте дела даже войско индейцев Манко бросилось на отряд Карвахаля, но тому удалось его разогнать. На поле битвы началось настоящее месиво схлест­нувшихся в ближнем бою сторон. Желая помочь союзникам и остановить угрожавшего ему Карвахаля, де Кандиа перенес свой огонь на новые точки, но на этот раз снаряды разрыва­лись мимо целей. Взбешенный этим промахом артиллерии Альмагро-младший подскакал к де Кандиа и с криком «За что ты меня продал, предатель!?» пронзил его смертельным ударом копья. После этого главное силовое преимущество повстанцев замолкло, а без поддержки пушек они ока­зались почти беспомощными жертвами боевого таланта Карвахаля и мощи его армии. Войско Альмагро-младшего было разгромлено, сам он и его военачальники казнены, а большинство раненых и оставшихся в живых «чилийцев» было уничтожено индейцами, собиравших их лошадей и добычу с их трупов.

Восстание наследника Альмагро было ликвидировано, и одержавший победу Вака де Кастро победоносно вошел в Лиму, где стал готовиться к приезду первого назначенного вице-короля Перу Бласко Нуньеса Вела. Новый верховный представитель монарха привез с собой «Новые Законы» для Индий, которые были подготовлены по приказу Карла V в связи с его большим беспокойством по поводу быстрого со­кращена индейского населения в колониях, вызванного его безжалостной эксплуатацией и безнаказанным уничтожени­ем со стороны конкистадоров и поселенцев. Эти законы, по крайней мере на бумаге, запрещали превращение индейцев в рабов, лишение их элементарных прав, отменяли их передачу в собственность испанцам с землей по системе энкомьенда и вводили целый ряд других мер по их защите. Их провоз­глашение вызвало бурю недовольства всех испанцев в Новом Свете, считавших это ущемлением их естественных прав, но в Перу оно вызвало самые настоящие боевые сражения.

В ответ на требования поселенцев изменить часть новых положений или ходайсгвовать перед королем об их отмене вице-король Перу занял непримиримую позицию, усилив опас­ность начала гражданской войны. Его главным оппонентом в начавшемся противоборстве стал последний из оставшихся в живых братьев Писарро Гонсало. Он вернулся из своей экспеди­ции, когда де Кастро собирал армию для подавления восстания «чилийцев», и сразу предложил ему свои услуги, но получил отказ и был вынужден уехать в свои оставшиеся имения в Чаркас в сегодняшней Боливии. При объявлении новых зако­нов он возглавил оппозиционные силы, в чем скоро приобрел мощного союзника в лице генерала Карвахаля. Под предлогом завершения борьбы с предводителем инков Манко Писарро стал собирать армию, в которую влилось много желающих в ожидаемом новом разделе перуанских богатств.

Однако Гонсало совсем не собирался воевать с Манко в Вилкабамбе, так как его настоящая цель была в захвате Лимы и объявлении себя губернатором Перу. 8 октября 1544 года войско Писарро вошло в Лиму, откуда спешно ретирова­лась армия вице-короля. Но вскоре вице-король попытался вернуться в столицу, однако, потерпев неудачу, решил уйти в Кито. Писарро пошел по его следам и неподалеку от этого города нанес ему сокрушительное положение, в ходе кото­рого один из его солдат отрубил наместнику короля голову, но сразу же по распоряжению Гонсало потерял свою.

После этой победы Гонсало Писарро стал неоспоримым правителем огромных пространств Перу от Кито до север­ных границ Чили. Его флоту удалось даже поставить под свой контроль Панаму, которая служила главным пунктом связи с Европой. Богатства страны, особенно работавшие в полную мощь серебряные рудники Потоси, позволяли ему содержать крупное обеспеченное войско и вести королевский образ жизни. Но продолжения этой наглой узурпации король позволить не мог, и вместо прямого военного решения про­блемы на этот раз он предпочел использовать редкостный дипломатический талант епископа Педро де Ла Гаска.

Епископ прибыл в Панаму в июле 1546 года, где его ди­пломатия стала довольно быстро давать результаты. Уже из Панамы Ла Гаска стал активно рассылать тайные письма в муниципалитеты Перу с объяснением намерений короля мирно уладить ситуацию в стране. Затем он послал в Лиму своего представителя, которого Писарро отказался принять, и он был отправлен обратно с ответом — не пытаться его уговаривать.

Перед лицом возможных силовых акций короля пра­витель Перу стал еще более активно укреплять армию. Но все эти меры были напрасными, поскольку епископу по­степенно удалось своей пропагандой перетянуть на сторону короля весь флот Писарро, а вслед за этим началось массовое дезертирство из его армии в северных районах. Изменение настроений в войсках несколько подорвало прежнюю твер­дость в действиях губернатора, и он решил принять посланца епископа, который был к тому же братом архиепископа Лимы. Писарро разговаривал с монахом грубо, отказался обсуждать предложенные им условия и в ответ на его вопрос, чего бы он хотел со своей стороны, сказал, что он хочет лишь утверждения его на посту.

Теперь Ла Гаска стал собирать мощную армию в порту Тумбес-Сан-Мигель, куда начали съезжаться со своими отря­дами военачальники из разных колоний Нового Света в под­держку короля. Чтобы сбить Писарро с толку относительно места предстоящего нападения, он разослал свои силы в три разных точки страны, но к концу ноября 1547 года они все сошлись в центральном районе Анд у города Хауха. К этому времени по совету Карвахаля Гонсало Писарро перебрался с основной армией в Куско, где им, казалось, будет лучше за­щищаться, чем в прибрежной Лиме. Вслед за этим союзник Ла Гаска командующий Сентено расположил свое крупное войско в тылу позиций Писарро у озера Титикака, чтобы отрезать его возможный уход в Чили. Противники сошлись на поле битвы у болотистых южных берегов этого озера в местечке Уарина, где благодаря великолепному командова­нию Карвахаля губернатор одержал внушительную победу, которая унесла у Сентено половину его людей и в большой успех которой с трудом верил он сам. Его уверенность в даль­нейших успехах поднялась так высоко, что он недооценил силу ждавших его сил противника.