Во время своего пребывания в Вилкабамба Манко научил­ся у испанцев игре в шары, похожей на кегли, и увлекался ею настолько, что входил в азарт. Во время одной их таких игр между ним и его испанскими партнерами возник жаркий спор, переросший в потасовку, в результате которой Манко получил сильный удар шаром по голове. После этого испан­цы попытались сразу же скрыться и уйти в Куско, но были схвачены и казнены. Через три дня Манко умер, назначив перед смертью своим наследником старшего сына Сайри Тупака, который был еще несовершеннолетним. Все вылазки против испанцев теперь прекратились, а когда Сайри вырос, то совершенно не проявлял интереса к ведению военных действий. Благодаря этому в течение многих лет данная часть Перу оставалась относительно спокойной.

В 1555 году вице-король Перу направил к Сайри Тупаку своих послов с дружеским визитом. В ходе этой встречи, которая состоялась на большом подвесном мосту на под­ступах к Вилкабамба, приехавшие разожгли воображение молодого правителя, который совершенно никуда на вы­езжал за пределы своей вотчины, красочными рассказами о внешнем мире и предложили ему посетить Лиму, Куско и другие места страны его предков. Несмотря на возражения и протесты своего окружения, Сайри Тупак согласился на это предложение и был доставлен в Лиму на носилках со всей имперской помпой как подлинный правитель империи. За­тем он провел некоторое время в одном из императорских дворцов Куско, женился и поселился в памятной долине реки Юкай. Несколько лет спустя он был отравлен своими же людьми, наследником стал младший брат Титу Суси, который в детстве был свидетелем убийства своего отца испанцами.

В отличие от своего брата Титу Суси возобновил военные вылазки против испанцев из своей неприступной горной вотчины и в течение нескольких лет продолжал безнаказанно досаждать им своими нападениями. Наконец вице-король Перу Франсиско де Толедо решил применить метод, кото­рый срабатывал с индейцами в других случаях: направить к правителю инков одного человека, который мог бы попы­таться уговорить его выйти из своей недоступной вотчины. С этой целью в 1565 году в Вилькабамбу был направлен мо­нах отец Диего Родригес После длительных приготовлений путем обмена письмами монаху удалось получить согласие Титу Суси принять его в своем лагере, где он провел много дней, пытаясь соблазнить предводителя инков поселиться в Куско со всеми его вельможами и почестями при очень высоком ежегодном денежном содержании. Титу Суси выдвигал немало своих условий, в том числе относительно предоставления ему и его людям больших земельных уго­дий и сохранения определенной части войска, что вызывало между собеседниками ожесточенные споры. Условия пред­водителя были переданы в Куско для рассмотрения, а затем и глава администрации города встретился с ним для уточнения положений соглашения на одном из висячих мостов в горах. Но сделка не состоялась, и отец Диего вернулся в Куско.

На следующий год испанцы направили в Вилкабамбу другого монаха — отца Диего Ортиса — с той же целью, но ему туда попасть не удалось, так как Титу Сису умер во время религиозного празднества, по версии испанцев, от сильного алкогольного отравления. Посольство испанцев с отцом Диего, ничего не знавшеее о смерти Титу, попало в засаду индейцев и было перебито. Место умершего теперь занял третий сын Манко по имени Тупак Амару, который, узнав о приготовлениях в Куско к походу прошв него за убийство отца Диего и его сопровождения, стал готовиться к предстоявшей схватке. На этот раз благодаря информации, собранной отцом Диего Родригесом во время его пребы­вания в лагере инков, испанцы знали неведомые им ранее подступы к нему и выходы из него. Разделив свое войско на три крупных отряда, они незаметно прошли по известным им проходам, отрезав пути отступления для оборонявшихся, и обнаружили Тупака Амару на висячем мосту, после того как он только вышел из храма. После короткой, но острой стычки Тупаку Амару удалось исчезнуть в джунглях, но через некоторое время шедшим по его следам испанцам удалось его обнаружить с группой своих воинов на плотах, спускавшихся вниз по местной реке. Он был арестован и до­ставлен для встречи с вице-королем Перу. Это произошло в 1572 году. Последний правитель империи инков был казнен с группой своих сторонников в ее старой столице Куско. На этом завоевание его империи было завершено.

Фернандо Писарро, который после казни главного со­перника приобретал исключительные полномочия, решил отправиться в Испанию с большим запасом награбленного золота, предназначавшегося королю. Этот привоз золота, по мнению Писарро, должен был подправить несколько пошат­нувшееся положение при дворе, вызванное его действиями в Перу и в первую очередь расправой с вождем «чилийцев».

Фернандо Писарро отбыл в Кастилию в начале 1539 года, но по пути в Панаму ему стало известно, что король было настолько возмущен его поведением по узурпации полно­мочий короны, что отдал приказ о его аресте. Чтобы избежать ареста, Фернандо проплыл в небольшой порт в Мексике, откуда вместе с золотом переправился в Веракрус, ставший бойким торговым портом на карибском побережье, Хотя он прибыл в Испанию в июле 1539 года, аудиенцию у короля он смог вымолить лишь в 1541 году, и она стала для него по­следней. Хотя формального суда в связи со смертью Альмагро над ним не проводили, после короткого рассмотрения дела он был посажен в тюрьму, где провел 21 год и 3 дня, 19 из которых прожил там со своей женой, которая была дочерью его брата-губернатора, внучкой последнего императора объединеной страны и дочерью Атауальпы. У них родилось пять детей. При выходе из заключения Фернандо вернули все его колоссальное богатство, (на которое сначала был на­ложен арест), и благодаря этому он просто купил себе титул маркиза де ла Конкиста, то есть маркиза Покорения, и за­тем передал его своим трем сыновьям. Он умер в роскоши и почете в возрасте 80 лет.

Смерть Альмагро была отомщена. Перед отплытием в Испанию Фернандо предупредил брата быть начеку в от­ношении «чилийцев». После гибели их вождя оставшиеся в живых участники его походов в наказание за принадлеж­ность к его лагерю и его действия потеряли в Перу все и остались озлобленными и униженными нищенствовать на улицах городов, в первую очередь Лимы, не имея возможно­сти даже выехать из страны. Там же оставался жить в своем доме сын Альмагро и его панамской спутницы-индианки, носивший отцовское имя Диего, которого верные памя­ти их вождя «чилийцы» называли «Мальчик Альмагро». 26 июня 1541 года около 20 «чилийцев» собрались в доме сына Альмагро и приняли решение убить Писарро прямо в его губернаторской резиденции, где маркиз дон Франсиско ожидал прибытия посланника короля, который должен был подтвердить все предоставленные ему титулы и полно­мочия. В тот воскресный день охрана дворца маркиза был по обыкновению уменьшена, и ворвавшиеся в него голово­резы довольно легко расправились с первыми охранниками и проникли в комнату Писарро. Все произошло настолько быстро, что у губернатора не было времени даже накинуть на себя защитную кольчугу. Хотя ему было уже 69 лет, он ловко отбивался мечом от шести насевших на него «чилий­цев», когда руководитель группы нападавших решил по­жертвовать одним из своих сообщников, толкнув его прямо на поднятое оружие губернатора Пока Писарро вынимал меч из пронзенного тела «чилийца», остальные бросились на него все вместе и вонзили ему кинжалы в горло. Маркиз дон Франсиско Писарро, главный организатор и исполнитель невероятно успешного завоевания самой большой и богатой империи Нового Света, замертво рухнул.