Война закончилась со смертью шведского короля в 1660 году. Финансы датского королевства пришли в полный упадок. Кризис был усугублен позицией дворянства, самой богатой частью населения страны. Дворяне цеплялись за свои традиционные привилегии и отказались платить подати. В Хольмене в это время Нильсу Юэлю приходилось туго. В ходе борьбы против шведов флот понес ощутимые потери, и имеющихся денег не хватало, чтобы востановить его прежнюю силу. И тем не менее, Нильс Юэль выкроил время, чтобы в 1661 году жениться на Мергрете Ульфельдт. Ей исполнилось 20 лет, и она была на 12 лет моложе мужа.

Финансовый кризис выковал прочный союз между королем и состоятельными гражданами, что позволило установить в Дании абсолютную монархию. В результате дворянство было вынуждено платить подати и потеряло большую часть своего влияния. Введение абсолютной монархии привело к изменениям в системе управления государством. Каждой сферой деятельности ведал правительственный совет, который нес коллективную ответственность перед королем. Для управления военно-морским флотом было создано адмиралтейство. Оно состояло из всех имеющихся на флоте адмиралов. Адмирал флота Хенрик Бельке стал председателем совета адмиралтейства, но поскольку он принадлежал к офицерам старой школы, требовался молодой командующий. Самым удачным выбором стал бы Нильс Юэль, однако его обошли. Вместо него король выбрал Корта Аделера, норвежца по происхождению, проживавшего в Голландии. Корт Аделер родился в 1622 году и поступил на службу в голландский флот в качестве adelbors в 1647 году, как это через несколько лет сделал и Нильс Юэль. Потом Аделер послужил во флоте Венецианской республики и отличился в войне с турками. Когда он вернулся в Голландию, то приобрел европейскую известность. Поэтому вполне понятно, что именно такому человеку король предложил пост командующего датским флотом. Аделер прибыл в Копенгаген в начале 1660-х годов и был назначен генерал-адмиралом.

Корт Аделер оказался способным администратором. В качестве генерал-адмирала он начал возрождать датский флот. Нильс Юэль оказывал ему всемерную поддержку при решении этой задачи. После 1670 года развитие флота пошло еще более быстрыми темпами, так как им очень заинтересовался новых король Христиан V (1670 — 99 года).

После смерти отца Нильс Юэль унаследовал все семейные владения, но управление поместьями его не интересовало, и он распродал их в начале 1660-х годов. Однако в 1666 году он приобрел и начал обустраивать усадьбу Собигард в северной Ютландии. Он также стал судовладельцем, как обычно поступали почти все морские офицеры в то время. После того как его жена унаследовала несколько имений, Нильс Юэль оказался очень загружен как военными, так и частными делами.

Вскоре после восшествия на трон Христиан V заинтересовался состоянием флота. По его инициативе были выпущены несколько новых законов. Была налажена подготовка офицеров по методам, которые использовал голландский флот, и сила датского флота постепенно начала расти. В 1673 году король создал специальную комиссию для исследования флота как государственного инструмента и всех связанных с ним вопросов. Комиссия работала быстро, но тщательно. По ее рекомендациям во флоте был проведен ряд радикальных изменений. Например, Нильс Юэль передал ряд административных обязанностей другим офицерам. Однако он все еще оставался третьим по старшинству после Генрика Бельке и Корта Аделера. В 1674 году он был награжден только что учрежденным орденом Даннеброг.

В том же году Скандинавия оказалась вовлеченной в борьбу за гегемонию в Европе. Учитывая давние противоречия между Данией и Швецией, не приходится удивляться тому, что эти страны оказались в разных лагерях. Швеция заключила союз с Францией, а Дания примкнула к коалиции, состоящей из Голландии, Испании, герцогства Бранденбургского и Священной Римской Империи. Обязательства Дании по договору носили пассивный характер. Эта страна должна была играть активную роль в войне, только если Швеция открыто выступит на стороне Франции. Этот момент наступил, когда в конце 1674 года шведские войска вторглись в Бранденбург. Христиан V обрадовался началу войны, так как он надеялся вернуть бывшие датские владения в юго-западной Швеции. Война официально началась летом 1675 года. Она получила название Сконская война — по названию шведской провинции Сконе, где велись сухопутные операции.

Датский флот был готов выйти в море в мае 1675 года. В соответствии с союзным договором Голландия прислала в Копенгаген эскадру из 8 кораблей. Ею командовал капитан 1 ранга Бинкес, который с самого начала приносил датчанам одни неприятности. Датское адмиралтейство решило отправить на Балтику вместе с голландской эскадрой флот из 12 кораблей. Главной задачей соединенного флота был перехват транспортов с войсками, которые шли из Швеции в северную Германию. Но сначала адмиралтейству пришлось решать проблемы, возникшие из-за требований Бинкеса, который настаивал на привилегированном положении. Хотя Бинкес соглашался признать старшинство Корта Аделера, он настаивал, что в качестве командира отдельной эскадры больше никому подчиняться не должен. В конце концов, ему это разрешили, хотя ради этого пришлось оставить дома датского адмирала вместе с его эскадрой, что было грубой ошибкой.

Эти трудности были характерными, так как между датчанами и голландцами в датском флоте постоянно существовали трения. Сближение между Голландией и Данией в 1660 — 70 годах привело к тому, что много голландских офицеров поступили на службу в датский флот. В целом голландцы были более образованными и опытными, чем их датские коллеги, и не упускали случая об этом напомнить.

Очевидно, Нильс Юэль не смог предотвратить столкновение интересов, несмотря на то, что ранее служил в голландском флоте. Он был слишком большим патриотом, чтобы поддаться зачастую неразумным требованиям амбициозных голландцев. Но с другой стороны, он отказался участвовать в интригах против них. Он открыто заявил об этом, и все знали, что могут положиться на его слово. Трения между голландцами и датчанами во многом объясняют причудливые пути развития датского флота в конце XVII века. Нильс Юэль играл во всем этом одну из самых важных ролей.

Датско-голландский флот вышел из Копенгагена под командованием Корта Аделера в августе 1675 года, но с самого начала столкнулся со значительными трудностями. Погода была плохой, и четверть экипажей слегла. На Балтике шведский флот столкнулся с теми же проблемами. Именно поэтому шведский командующий предпочел занять пассивную позицию и держать флот в районе Готланда, действуя лишь как «fleet-in-being». Союзные флоты не нашли противника и после плавания по Балтике стали на якоря у берегов Зеландии в бухте Кьёге.

В октябре Аделер заболел. Он съехал на берег 2 ноября и через несколько дней умер. Командование флотом было передано Нильсу Юэлю, но лишь временно. Считалось, что он имеет недостаточно опыта, чтобы занимать этот пост постоянно. Король полагал, что необходимо иметь иностранного специалиста в качестве главнокомандующего датским флотом. Эту точку зрения охотно поддерживало голландское правительство. Зимой датское правительство затеяло переговоры с голландским адмиралом Корнелисом Тромпом, сыном Маартена Тромпа. В конце концов он принял предложение возглавить датский флот и в мае 1676 года прибыл в Копенгаген. Хотя Нильс Юэль снова был обойден, он безропотно починился решению короля.