С течением времени инквизиция собрала огромный запас справок, которые не только увеличивали ее могущество, но и вызывали ужас людей. Имущество потомков еретиков подлежало конфискации, и тайны семейств, столь тщательно хранимые в архивах инквизиции, давали ей возможность, когда она это находила нужным, увеличивать свои доходы. Особенно ловко инквизиторы раскрывали предосудительные деяния предков тех людей, кто имел несчастье возбудить против себя их недовольство.

Когда нужно было поразить врага, списки нередко подделывали; при этом всякое постороннее лицо, имевшее у себя документы, относящиеся к судопроизводству инквизиции или к преследованию еретиков, подлежало отлучению от церкви. С другой стороны, люди, спокойствию которых эти документы угрожали, стремились их уничтожить. Около 1285 года в Каркассоне консулами города был раскрыт заговор, в котором участвовало несколько высокопоставленных духовных лиц, с целью уничтожения архивов инквизиции. Заговорщики подкупили одного из слуг инквизиции, Бернара Гаррика, который согласился сжечь архивы, но их разоблачили и примерно наказали. Один из них, адвокат по имени Гильем Гаррик, около тридцати лет томился без суда в тюрьме и был судим только в 1321 году.

Даже самые скромные служители инквизиции — сторожа, рассыльные, шпионы — наводили ужас на население. Эта служба была отвратительна честным горожанам, но она сулила выгоды и поэтому часто привлекала бродяг. Служители инквизиции не только были неподсудны светским судам, как и все служители церкви, но благодаря предоставленному Иннокентием IV в 1245 году инквизиторам праву отпускать своим слугам все грехи они были неподсудны даже и духовным судам. Всякое оскорбление, нанесенное служителям инквизиции, рассматривалось как действие, мешающее ее работе, и почти приравнивалось к ереси; если кто-нибудь осмеливался защищаться при нападении этих людей, его предавали суду, в котором они служили. Поставленные таким образом в исключительное положение, они могли делать с беззащитным народом все, что угодно; угрожая арестами и доносами, эти люди занимались откровенным вымогательством.

Этот общественный бич сделался еще страшнее, когда служителям инквизиции было разрешено носить оружие. И это при том, что ношение оружия было строго запрещено во всех мирных общинах. Уже с XI века оно было запрещено в Пистойе; в 1228 году его запретили в Вероне; в Болонье только рыцари и врачи имели право носить оружие и держать при себе одного вооруженного телохранителя. В Милане указ герцога Иоанна Галеаса в 1386 году запретил ношение оружия, но позволил епископам вооружать служителей, живущих под одной с ними кровлей. В Париже постановлением 1288 года было запрещено ношение отточенных ножей, шпаг и тому подобного оружия. В Бокере указ 1320 года грозит различными наказаниями, в том числе отнятием руки, всякому, кто будет носить оружие; исключение было сделано для путешественников: им разрешалось иметь шпаги и кортики. Эти законы принесли огромную пользу цивилизации, но они были сведены почти на нет, когда инквизитор получал право вооружать, кого хотел, и, кроме того, ограждать своих слуг привилегиями и неприкосновенностью.

Климент V пытался навести порядок в этом деле, но его благие усилия не увенчались успехом. В 1321 году Иоанн XXII упрекал ломбардских инквизиторов в том, что они вызвали беспорядки и волнения в Болонье, так как вооруженными слугами были у них отъявленные висельники, которые совершали убийства и угнетали жителей. В 1337 году папский нунций архиепископ Эмбрена Бертран лично убедился, что разрешения, данные инквизитором на ношение оружия, были причиной волнений во Флоренции и угрожали безопасности горожан; он запретил местному инквизитору иметь при себе более двенадцати вооруженных слуг; тем не менее девять лет спустя новый инквизитор брат Пьеро ди Аквила был обвинен в продаже разрешений носить оружие более чем двумстам пятидесяти лицам, что дало ему около тысячи флоринов золотом.

Право отменять все местные статуты, неблагоприятные инквизиции, а также обязанность всех светских должностных лиц по первому требованию помогать инквизиции поставили ее выше государства. Инквизитор мог потребовать от любого должностного лица дать присягу в послушании и в случае отказа отлучить его от церкви, а то и обвинить в ереси. В 1329 году Генрих де Шамэ, инквизитор Каркассона, обратился к Филиппу Валуа с просьбой подтвердить привилегии инквизиции; король ответил указом, которым объявлял, что все герцоги, графы, бароны, сенешали, прево, уездные и земские судьи, кастеляны, приставы и другие судебные чины обязаны повиноваться инквизиторам и их комиссарам; они должны были арестовывать и содержать в тюрьме всех еретиков и подозреваемых в ереси и равным образом оказывать инквизиторам, их комиссарам и гонцам, в пределах своей судебной власти, помощь и покровительство во всем, что касается задач инквизиции. Когда общественный чиновник медлил оказать содействие, то тотчас же он подвергался наказанию. Так, в 1303 году вице-подестат, то есть заместитель главы городской администрации, Бонрико ди Буска отказался дать людей в помощь представителям миланской инквизиции, и его тотчас приговорили к штрафу в сто имперских су, которые он должен был уплатить в пять дней.

Инквизиция пользовалась услугами всего католического населения и, разумеется, всего духовенства. Всякий, под страхом быть объявленным покровителем ереси, должен был выдавать еретиков. Приходские священники были обязаны по требованию инквизитора посылать своих прихожан на суд, наблюдать за кающимися и ручаться, что наложенные на них епитимии выполнены. Собор 1246 года в Безье дал право инквизитору назначать в каждом приходе специальных людей, которые надзирали за исполнением епитимий и приговоров инквизиции.

Огромное значение в устройстве инквизиции имело совещание, на котором решалась участь обвиняемого. Инквизитор мог вынести приговор только с участием епископа. Климент V объявил не имеющими силы все приговоры, принятые одними инквизиторами, однако ради ускорения процессов папа разрешил епископам давать согласие письменно, и этой лазейкой пользовались беспрестанно. Часто инквизиторы штамповали приговоры без всякого участия епископов. Бывали также случаи давления инквизиторов на епископов, если епископ не соглашался с инквизитором. Поэтому довольно часто епископы просто предпочитали не связываться с инквизиторами.

Так как первое время при назначении инквизиторов более принималась во внимание их ревность к вере, чем их знания, и так как обыкновенно они были невежественны, то вскоре нашли нужным прибавить к ним для выработки приговора людей, изучивших сложные гражданские и церковные законы. Инквизиторам было дано право приглашать сведущих людей, как правило, уважаемых в городе, чтобы с ними вместе рассматривать показания и пользоваться их советами при вынесении приговора. Приглашенные не имели права отказаться от этого приглашения, причем работали они бесплатно, хотя инквизитор и мог, если находил нужным, оплачивать их труд. Присутствие почтенных граждан при обвинении важных еретиков имело целью скорее увеличить торжественность совещания, чем дать помощь судьям. Совещание обычно назначалось на пятницу; заседателями были юристы и нищенствующие монахи, назначенные инквизитором. Они клялись на Евангелии сохранять тайну и судить по совести, следуя внушениям Бога; затем инквизитор читал доклад по каждому делу, опуская иногда имена обвиняемых, и они произносили одно из следующих решений: «Епитимия по усмотрению инквизитора»; «Осужденный должен быть заключен в тюрьму» или «Осужденный должен быть выдан светской власти».