По большей части судопроизводство было формальное, так как инквизитор мог представить всякое дело так, как он сам понимал его; детальное изучение многих дел в короткий срок, пока проходило совещание, было совершенно невозможно. Форму при этом инквизиторы соблюдали строго. Так как невозможно было собирать всех судей для каждого отдельного случая, дела соединялись, и поэтому в приговорах часто встречаются имена осужденных, о которых на самом суде не было и речи.

В первую эпоху инквизиции еретиков судили и казнили ежедневно — поодиночке или группами в два-три человека. С течением времени церемония становится более внушительной, и происходит она только по воскресеньям. С высоты всех кафедр священники приглашали народ присутствовать на торжестве и заслужить, таким образом, сорокадневное отпущение грехов. В центре церкви воздвигалось нечто вроде сцены; там помещались кающиеся, окруженные духовными и светскими чиновниками. Инквизитор произносил речь, после которой представители светской власти приносили присягу в повиновении, и торжественно провозглашалось отлучение от церкви всех, кто так или иначе помешает действиям святого трибунала. Затем нотариус прочитывал на народном языке показания, спрашивая после каждого из них у обвиненного, чистосердечно ли оно дано им; впрочем, с этим вопросом обращались только к тем, кто был действительно «кающимся» и не мог произвести скандала, уличив судей во лжи. На утвердительный ответ обвиненного его спрашивали, хочет ли он раскаяться или, упорствуя в ереси, желает погубить и тело и душу? Человек выражал желание принести покаяние, и тогда читалось отречение, которое он повторял слово за словом; после этого инквизитор объявлял, что с него снимается отлучение от церкви, и обещал ему снисхождение, если он будет впредь вести себя согласно с тем решением, которое будет ему объявлено. Кающиеся следовали один за другим, начиная с менее виновных; к концу приберегались те, кого нужно было «освободить», то есть предать в руки светской власти.

Торжественное объявление приговора над приговоренными к смерти происходило на площади, где для этого воздвигался особый помост; вызывалось это заботой, чтобы храм Божий не был осквернен объявлением приговора, влекущего за собой пролитие крови; из того же побуждения эта церемония откладывалась на будни. Но казнь всегда происходила на другой день; сутки отводились на то, чтобы осужденный мог покаяться и душа его не попала из огня временного в огонь вечный. Тщательно заботились о том, чтобы осужденные не могли обратиться к народу, боясь, что заявления их о своей невинности вызовут нежелательные проявления сочувствия.

Большое аутодафе, совершенное в апреле 1310 года Бернаром Ги в Тулузе, тянулось с воскресенья пятого числа по четверг девятое. Сначала смягчили епитимии, наложенные на некоторых достойных прощения кающихся; затем двадцать лиц были присуждены носить кресты и совершить паломничества; шестьдесят пять лиц было приговорено к пожизненному заключению в тюрьму, из них трое в оковах; и, наконец, восемнадцать человек были переданы в руки светской власти и сожжены живыми. На аутодафе в апреле 1312 года пятьдесят одного человека присудили носить кресты и восемьдесят шесть заключили в тюрьму; конфисковали имущество десяти покойников; вырыли и сожгли тридцать шесть трупов; пятерых человек передали светской власти и сожгли живыми и пять человек осудили заочно. Вера, проявлявшая себя подобными жертвоприношениями, понятно, могла возбуждать не любовь, а только один ужас. Иногда случалось, что какой-нибудь упорный еретик нарушал порядок торжества. Так, например, в 1309 году знаменитый ученый катар Амиель де Перль громко исповедовал свое неправоверие, а когда его осудили, он отказался от пищи и питья. Боясь, что жертва умрет раньше сожжения и тем самым ускользнет из рук, сократили процедуру и устроили для него специальное аутодафе. В 1313 году катар Петр Раймунд, отрекшийся за три года до этого от ереси и осужденный на тюремное заключение, сидя в одиночной камере, раскаялся в своей слабости. Он заявил, что желает жить и умереть катаром, и перестал есть и пить. После шести дней поста он видел уже желанный конец; но ревностные служители Бога поторопились осудить его, чтобы не лишать костра добычи.

Инквизиция совершала свое дело с неукротимой энергией. Арно Изарн, пятнадцатилетний юноша, был приговорен в 1309 году в Тулузе, после двухлетнего тюремного заключения, носить кресты и совершить известные паломничества; вся вина его состояла лишь в том, что раз, по приказанию отца, он поклонился еретику. Более года носил он видимые знаки своего позора, но потом, так как они мешали ему искать пропитание, он снял их и получил место перевозчика на Гаронне между Муасаком и Бордо. В своем невежестве он считал себя в безопасности, но полиция инквизиции его разыскала. Его вызвали на суд, но он побоялся явиться, несмотря на убедительные просьбы отца, который обнадеживал его возможностью снисхождения. В 1315 году его отлучили заочно от церкви; на следующий год он был объявлен еретиком и осужден на аутодафе в 1319 году. В 1321 году Бернар Ги распорядился заключить его в тюрьму в Муасаке, но по дороге он бежал, был пойман и приведен в Тулузу. Хотя за все это время он не был уличен ни в чем еретическом, тем не менее его неповиновение инквизиции было признано достойным смертной казни; но ему оказали снисхождение, осудив в 1322 году на пожизненное заключение в тюрьме на хлебе и воде.

Инквизиция не только повсюду закидывала свои сети, но и не брезговала самой скромной добычей.

Судопроизводство епископских судов подчинялось определенным правилам. С инквизицией это исчезло. В качестве судьи инквизитор охранял веру и карал оскорбления, нанесенные ересью Богу, а кроме того, он был еще и духовник, боровшийся за спасение душ от вечной гибели. Он стремился выполнить свою миссию, не стесняясь выбором средств. Когда обвиняемый являлся перед судилищем, от него требовали присяги, что он будет повиноваться церкви, правдиво ответит на все вопросы, выдаст всех известных ему еретиков и выполнит всякую епитимию, которую могут наложить на него. Если он отказывался дать подобную присягу, то уже этим сам себя объявлял изобличенным и закоснелым еретиком.

Инквизитор, в отличие от обыкновенного судьи, должен был не только установить факты, но и выведать самые сокровенные мысли своего пленника. Преступление, которое преследовал инквизитор, было духовным, уголовные действия виновных не подлежали его юрисдикции. Простое сомнение считалось ересью, и инквизитор должен был убедиться в том, что, внешне будучи верным католиком, подсудимый не был еретиком в глубине своего сердца. Но инквизиторы полагали, что лучше принести в жертву сто невинных, чем упустить одного виновного. В 1278 году один опытный инквизитор принимает за правило, что в областях, где ересь особенно сильна, нужно вызывать на суд каждого жителя, требовать от него отречения от ереси и подробно его допросить о нем самом и о других; малейшее подозрение в скрытности должно было привести к наказанию.

Никто, достигший возраста, в котором, по мнению церкви, он был ответственен за свои поступки, не мог отказаться от обязанности давать показания перед инквизитором. Соборы Тулузы, Безье и Альби, предписывая требовать клятву отречения от всего населения, определили этот возраст в четырнадцать лет для мужчин и в двенадцать для женщин; другие считали детей ответственными за свои поступки начиная с семилетнего возраста; некоторые определяли предельный возраст в девять с половиной лет для девочек и в десять с половиной для мальчиков. Правда, в латинских землях, где законное совершеннолетие наступало только в двадцать пять лет, никто моложе этого возраста не мог быть вызван на суд; но это препятствие обходили легко: назначали опекуна, под прикрытием которого несовершеннолетнего пытали и казнили уже с четырнадцати лет.