В силу особенностей исторического развития Петербурга в управление городом вовлекались также и другие органы центральной власти. В первые десятилетия его существования несколько государственных учреждений, нуждавшихся в рабочей силе, заложили на окраинах свои собственные слободы, в том числе Адмиралтейство, Контора от строений её императорского величества домов и садов, а также Почтовое ведомство. Ко времени Екатерины II эти учреждения продолжали сохранять полную власть над своими слободами, несмотря на то что город разросся им навстречу, а некоторые даже совсем поглотил. Слободы напоминали большие деревни внутри города, а так как управление ими было не главной заботой создавших их организаций, то и дела в них, конечно, обстояли не лучшим образом, и особенно потому, что существование слобод как источника рабочей силы, которой в своё время не хватало на рынке, уже потеряло смысл.

Различные коллегии и канцелярии, сверх своих прямых обязанностей, решали ещё и конкретные задачи в сфере городского управления и контроля. Так, Коммерц-коллегии полагалось следить за тем, чтобы на рынках не обманывали покупателей и соблюдали чистоту. На Адмиралтейство после разрушительного наводнения 1777 г. возложили обязанность предупреждать город об угрозе подъёма воды и инспектировать частные мосты через Неву. Военная коллегия содержала будки для часовых на перекрёстках по всем центральным районам города. Мануфактур-коллегия до своей ликвидации в 1779 г. силами Мануфактур-конторы контролировала все виды промышленной деятельности (хотя и не все предприятия) в городе[208]. Даже у Медицинской коллегии в столице имелись определённые обязанности, в том числе надзор над аптеками, фабрикой по изготовлению хирургических инструментов, госпиталями и медицинскими училищами, а также проведение прививок и предотвращение инфекционных болезней. Многие из этих задач, наряду с другими, не приведёнными здесь в качестве примеров, совпадали с обязанностями местных административных органов, усугубляя царивший в делах хаос.

Военный губернатор Петербурга командовал многочисленным гарнизоном, постоянно находившимся в городе. Как военному коменданту ему полагалась резиденция в Петропавловской крепости, и там же размещалось его ведомство. Этому воинскому начальнику подчинялись некоторые важнейшие промышленные предприятия в городе – Монетный двор, Литейный завод. Он также ведал продовольственным снабжением значительной части столичного населения и командовал войсками, которые исполняли церемониальные обязанности и несли караульную службу в столице и её окрестностях.

Ещё более важную роль в надзоре за работой городских органов местного управления играли гражданский губернатор и губернская канцелярия. До губернской реформы 1775 г. санкт-петербургский губернатор и его штат редко занимались повседневными проблемами столицы, хотя их конторы размещались именно здесь, а кроме Петербурга во всей губернии не имелось ни одного сколько-нибудь крупного города. Однако их присутствие всё же ощущалось. В 1765 г., определяя обязанности санкт-петербургского и московского губернаторов, Екатерина напомнила им, что, хотя столичные города и не находятся под их прямым контролем, они вправе судить о том, насколько хорошо и справедливо поставлено управление столицами, и вмешиваться, если оно кажется им неудовлетворительным. Она также предписала губернаторам постоянно координировать свою деятельность с полицмейстерами, стараясь при этом не вторгаться в сферу прав и обязанностей полиции[209]. Губернатор, впрочем, имел полномочия арестовывать членов городского магистрата в случае налоговых недоимок с этого органа и, в сущности, мог отменить буквально любой его приказ.

Реформы 1775 г. не оставили никаких сомнений в том, что отныне губернатору принадлежал решающий голос во всех делах города. Его новые полномочия охватывали все функции местного городского управления, не исключая и полицейских. Губернатор вместе с губернской канцелярией решительно взялся за административные дела в Санкт-Петербурге. После 1780 г., когда, согласно положению 1775 г., была организована новая Санкт-Петербургская губерния, именно губернская канцелярия стала тем органом, который представлял сторону государства в строительных контрактах и в проектах общественных работ. Заново выстраивая отношения с магистратом, губернские власти требовали от него пунктуальности, тщательности и ответственности и вообще проявляли упорство, редкое для административных органов в России XVIII в.[210].

Ещё одна задача выпала на долю губернской администрации после учреждения полицейского управления (Управы благочиния) в 1782 г. Третий департамент Сената, отвечавший за общественный порядок и благопристойность, был не в состоянии разрешать все неизбежные споры между горожанами и полицией. Когда его портфель переполняли подобные дела, он передавал их на рассмотрение в губернскую судебную систему[211]. Таким образом, губернская администрация помогала поддерживать отношения между населением и полицией в рамках закона.

Комиссия о каменном строении Санкт-Петербурга была органом центрального подчинения, стоявшим вне административной иерархии. Созданная через несколько месяцев после прихода Екатерины к власти, эта комиссия ведала исключительно планировкой столицы и её будущей застройкой[212]. Она просуществовала с 1762 по 1796 г., причём основная её деятельность пришлась на период до 1785 г. По сути дела, больше всего планировкой города занимались в Петербурге в середине 1760-х гг.[213]. После 1768 г. комиссию расширили, чтобы она могла охватывать своей деятельностью все города России. В неё дополнительно набрали архитекторов, землемеров, чертежников и других специалистов по городской планировке. Комиссия разработала и получила утверждение свыше четырехсот планов[214]. Лишь небольшая часть этих документов относилась к Санкт-Петербургу, но так как от комиссии исходили и генеральные планы развития, и конкретные решения о величине зданий, о правилах строительства, об использовании земли и прокладке улиц, на неё также следует обратить внимание как на ещё одно центральное учреждение, стремившееся распоряжаться в столичном городе.