10 сентября начался последний этап манёвров, теперь уже с участием вспомогательных кораблей «Фрейя», «Нептун» (бывший броненосный фрегат «Фридрих Карл») и минного транспорта «Пеликан». Центральной частью этого этапа была имитация блокады и разрушения укреплений Киля. Во время проведения всех этапов этих манёвров решающее значение имело опробывание тактики германского флота в свете её дальнейшего развития. Командующий флотом адмирал фон Кёстер был согласен с исходящими от вице-адмирала принца Генриха Прусского положениями, согласно которым, в начале лета 1-я эскадра должна была проделать предложенные им тактические приёмы, выполнил их в большем объёме и в дальнейшем продолжил и развил их.

12 сентября флот закончил проведение последнего этапа манёвров, и корабли вернулись в места своего постоянного базирования. Учения прошли без особых происшествий.

После манёвров 1903 г. 22 сентября произошли существенные перемены в организации всего флота. Согласно «высочайшему указанию» от 29 июня, вышло распоряжение после окончания манёвров образовать вторую действующую эскадру, которая вместе с 1-й эскадрой и разведывательной группой смогли бы образовать «действующий линейный флот».

22 сентября 1903 г. является знаменательной датой в истории развития германского военно-морского флота. С этого дня началось выполнение объявленного ещё 29 июня распоряжения морского кабинета, которое должно было представлять собой основу организационной структуры кайзеровского флота до конца 1918 г.. Все последующие изменения явились лишь его корректировкой.

Согласно этому распоряжению, был образован находящийся в строю в течение всего года «действующий линейный флот» (с 1907 г. «флот Открытого моря»), состоящий из двух действующих эскадр и соединения разведывательных кораблей. Важнейшими пунк тами этого распоряжения морского кабинета были:

1. После рассредоточения флота осенних учений 1903 г. резервные дивизии временно распустить. Из базовых кораблей этих дивизий в дальнейшем должна быть сформирована 2-я действующая эскадра.

2. Обе действующие эскадры и соединение разведывательных кораблей образуют действующий линейный флот. Командующий 1 -й эскадрой одновременно является командующим действующим линейным флотом.

Тем самым были созданы условия, по которым в дальнейшем, согласно закону 1898 г. о флоте и дополнениям (новелл) к нему, без особых трудностей можно было ввести в строй подготовленные к службе корабли.

Но самой интересной была закулисная сторона этих организационных изменений. В них отразилась длящаяся годами внутренняя борьба между генеральным инспектором военно-морских сил (он же командующий флотом) адмиралом фон Кёстером и командующим 1-й эскадрой вице-адмиралом принцом Генрихом Прусским с одной стороны (по существу их поддерживал начальник морского кабинета вице-адмирал князь фон Сенден-Бибран) и статс-секретарём имперского морского министерства адмиралом фон Тирпицем с другой. Первые хотели сохранения и усиления влияния «строевых» на дальнейшую текущую деятельность и развитие флота и полагали, что этого можно достигнуть только при помощи постоянно находящегося на своём посту в течение многих лет одного и того же командующего флотом.

С другой стороны, перед Тирпицем постоянно возникал один и тот же вопрос: как при такой постановке проблемы и при постоянном составе верховного командования не опасаться возникновения в системе командования флотом определённой косности и рутины. Статс-секретарь скорее предпочёл бы частую смену командующего флотом, назначать которого можно было не обращая внимания ни на ранг, ни на старшинство по службе.

Между тем командующего 1-й эскадрой адмирала принца Генриха Прусского назначили главным командиром портов Балтийского моря, которые до него возглавлял ставший теперь постоянным командующим флотом адмирал фон Кёстер. Поскольку одновременно вышел приказ, чтобы новый командующий флотом адмирал фон Кёстер, в то же время являющийся командующий 1-й эскадрой, должен был держать свой флаг на борту линкора «Кайзер Вильгельм II», со спуском флага адмирала принца Генриха Прусского «Кайзер Фридрих III» утратил своё положение флагманского корабля эскадры.

22 сентября адмирал фон Кёстер поднял свой флаг на борту ставшего отныне постоянным флагманским кораблём командующего флотом линкора «Кайзер Вильгельм II».

Практическая деятельность флота в 1903 г. после подготовки по программе одиночного корабля закончилась двумя непродолжительными учебными походами, первым с 23 ноября в среднюю часть Балтийского моря, вторым с 1 декабря в пролив Скагеррак с одним днем стоянки на якоре у Фредериксхафена. 12 декабря «Кайзер Барбаросса» вывели из состава соединения флота в ремонт. Окончательное устранение повреждений продолжалось до января 1905 г. После этого на нем первом из кораблей серии, начали давно запланированную модернизацию.

«Кайзер Барбаросса» модернизировали в два этапа. Первый этап закончили в 1904 г, второй этап осенью 1907 г.

На баке во время отдыха

1904 г.

Как и прежде, в 1904 г. «Кайзер Фридрих III» нёс свою обычную службу в составе 1-й эскадры. Соединение разведывательных кораблей первым приступило к практической деятельности. Уже 11 января оно вышло из Киля в свой 10- дневный поход в Скагеррак и 21 января вернулось назад, причём из-за начавшегося большого пожара на флагманском броненосном крейсере «Принц Генрих» пришлось зайти в норвежскую гавань Альзунд. Второе учение разведывательное соединение предприняло с 8 по 17 марта.

Если 1903 г. для линкора «Кайзер Вильгельм дер Г россе» проходил по обычному плану, то осенью 1904 г. эти планы были прерваны временной передачей корабля до весны 1905 г. в состав 2-й эскадры.

После весенней смены мест базирования для кораблей действующего линейного флота начался новый учебный год. В мае в Северном море провели крупное учение всего флота совместно с двумя флотилиями миноносцев.

Этот год был примечателен тем, что сразу после учений в северной части Северного моря, проходящих вплоть до берегов Норвегии, состоялся вызвавший много толков поход к берегам Англии и Шотландии. Во время этого похода линкоры посетили порты Плимут, Флиссинген, Лервик (Шетландские острова) и Мольде. Часть учебного похода на борту флагманского корабля провёл начальник морского генерального штаба адмирал Бюксель.

Июнь прошёл под знаком «Кильской недели» 1904 г., при этом Киль посетил британский король Эдуард VII со своей свитой. В её состав входили Первый лорд Адмиралтейства Селборн и начальник департамента морской разведки принц Луи Баттенбегский (по национальности немец).

Это посещение представителей британского королевского дома и Адмиралтейства и последовавший показ всего корабельного состава кайзеровского военно-морского флота, произведённый по приказу Вильгельма II, дало повод немецкой прессе начать резкую критику действий кайзера. При этом не забыли припомнить, что британский король посетил также германский флагманский корабль.