Первоначально возвращение в отечественные воды предполагали начать 1 августа. Но затем, по приказу кайзера, его перенесли на 4 августа с тем, чтобы 3 августа встретить день рождения короля Норвегии Хаакона VII (к тому времени ему присвоили звание почётного адмирала германского военно-морского флота), а салютом и флагами расцвечивания поздравить его.

Возвращение флота в Германскую бухту происходило через Северное море, и у Гельголанда продолжились учения, в которых также принял участие новый броненосный крейсер «Роон». 15 августа флот снова был в Киле. Уже через несколько дней после возвращения из летнего похода, с 22 по 24 августа состоялись манёвры с высадкой десанта в Эккернфёрдской бухте совместно с учениями по блокаде укреплений Киля, в которых активное участие принял «Кайзер Карл дер Гроссе».

Затем действующий линейный флот начал подготовку к осенним манёврам 1906 г., которые длились с 26 августа по 14 сентября. Манёвры 1906 г. были непродолжительными, и «Кайзер Фридрих III» принимал в них активное участие.

На время осенних манёвров 1906 г. действующему линейному флоту дополнительно подчинили устаревшие броненосцы береговой обороны (теперь корабли-базы резервной эскадры) «Фритхоф» и «Аэгир», корабль защиты рыболовства «Цитен», учебный корабль «Грилле», минный транспорт «Пеликан» и госпитальное судно «Ганза».

Приданные линейному флоту миноносные силы (согласно «высочайшему распоряжению» от 27 августа 1906 г., дивизионы были переименованы в «полуфлотилии») в этот раз впервые состояли из трёх флотилий. В их состав передали ещё совсем недавно находящиеся в составе флота учебную флотилию миноносцев (начальник корветтен-капитан Нордман, флагманский миноносец S-102) в составе 4-й и 5-й полуфлотилий и манёвренную флотилию (начальник капитан-лейтенант Кётнер, флагманский миноносец D-5) в составе 1 -й и 6-й полуфлотилий.

Впервые в осенних манёврах принимал участие дивизион минных тральщиков (командир дивизиона капитан-лейтенант Мост, флагманский тральщик S-25). Сначала дивизион состоял из 9, затем 10 кораблей.

Во время короткой паузы с 31 августа по 3 сентября гостем германских моряков стала шведско-датская эскадра, на что все обратили особое внимание, так же как и на последовавшее вслед за этим (с 3 по 9 сентября) посещение русской эскадрой Киля.

Продолженные с 3 по 14 сентября маневры закончились без чрезвычайных происшествий. Вечером последнего дня учений все экипажи кораблей флота, проходящих в устье реки Эльба мимо флагманского линкора «Кайзер Вильгельм II», приветствовали троекратными криками «Ура!» уходящего в отставку командующего флотом гросс- адмирала фон Кёстера. 14 сентября в Брунсбюттеле на борту флагманского корабля состоялся разбор учений, а 15 сентября корабли разошлись по портам своего постоянного базирования, кто в Киль, кто в Вильгельмсхафен.

Сразу после окончания манёвров «Кайзер Фридрих III» перешёл на имперскую верфь в Вильгельмсхафене. где его начали готовить к выводу из состава флота. 30 сентября закончилась почти 7-легняя активная служба линкора «Кайзер Фридрих III» в составе флота. Его систершип «Кайзер Барбаросса» вступил на его место в составе 1-й эскадры.

“Кайзер Карл дер Гроссе” выходит в море

В осенний период обычная смена командного состава в персональном отношении вылилась в значительные изменения личного состава и командования. 26 сентября гросс-адмирал фон Кёстер спустил свой флаг, поступил сначала в распоряжение кайзера, но вскоре вышел в отставку. На его место назначили адмирала принца Генриха Прусского, являвшегося в то время главным командиром портов Балтийского моря.

Когда гросс-адмирал фон Кёстер спустил свой флаг с мачты линкора «Кайзер Вильгельм II», закончилось длящееся почти пять лет пребывание этого линкора в качестве флагманского корабля флота. Его сменил линкор четвёртой серии «Дёйчланд», который функционировал в качестве флагманского корабля флота следующие шесть лет. Только теперь линкор «Кайзер Вильгельм II» окончательно ввели в состав 1-й эскадры. На его борту поднял свой флаг новый младший флагман этой эскадры капитан 1 -го ранга, затем контр-адмирал Рольман.

На состоявшихся в 1906 г. стрельбах флота приз кайзера за лучшую артиллерийскую стрельбу среди кораблей 1-й эскадры завоевали артиллеристы линкора «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» (старший артиллерийский офицер капитан-лейтенант фон Мюллер), среди кораблей 2-й эскадры во второй раз взял приз экипаж линкора «Кайзер Фридрих III» (старший артиллерийский офицер капитан-лейтенант Гейне).

Произведённая непосредственно после этого осенняя смена мест базирования для линкора «Кайзер Фридрих III» обернулась изменением формы его службы. После изменений в составе командования флота линкор перестал быть флагманским кораблём младшего флагмана 1-й эскадры.

Поскольку новый командующий флотом адмирал принц Генрих Прусский поднял свой флаг на борту вновь построенного линкора четвёртой серии «Дёйчланд», прежний флагманский корабль «Кайзер Вильгельм II» освободили от этой функции. После этого на него перешёл младший флагман 1 -й эскадры капитан 1 -го ранга, затем коммодор Рольман. По другим данным, смена флагманского корабля между линкорами «Кайзер Фридрих III» и «Кайзер Вильгельм II» могла состояться лишь весной 1907 г. Но «Кайзер Фридрих III» и дальше продолжал оставаться в составе 1-й эскадры.

За оставшуюся часть 1906 г. (за исключением зимнего учебного похода с 8 по 16 декабря в Северное море и проливы Каттегат и Скагеррак) особых событий и происшествий не произошло. То же самое относилось к первой четверти 1907 г.

На полном ходу в совместном плавании

1907 г.

Нерациональное использование броневой защиты на линкорах типа «Кайзер» явилось причиной того, что в 1907-10 гг. пришлось произвести модернизацию четырёх из пяти кораблей этой серии. В виду необходимости обеспечения линкорам этого типа меньшей видимости (ограничения размеров цели), представляемой ими в бою, а также с целью уменьшения водоизмещения и, соответственно, осадки корабли подвергли существенной модернизации, значительно изменившей их внешний вид.

Заменой громоздких боевых мачт с массивными марсами лёгкими трубчатыми сигнальными мачтами, уменьшением высоты прежде башнеподобной надстройки, демонтажом четырёх 150-мм орудий нижних казематов, изменением формы и высоты дымовых труб, благодаря дополнительному снижению веса оборудования, достигли того, что главный броневой пояс стал существенно возвышаться над водой, значительно лучше выполняя своё назначение.

Благодаря всем этим переделкам, линкоры стали менее заметными, их водоизмещение сократилось на 450 т – с 11 150 т до 10700 т с уменьшением осадки на 0,23 м. Но, как отразилось более высокое положение главного броневого пояса на их боеспособности в ходе первой мировой войны, выяснить не удалось, так как линкорам типа «Кайзер» не довелось принимать активное участие в боевых действиях.