Видимо, обвинения в «измене» были подкреплены настолько вескими доказательствами, что те, кто еще недавно ратовал за отречение государя, испугались. В Александровскую слободу отправились челобитчики, взывавшие к царю «гнев свой отложить» и владеть государством по-прежнему. Боярская дума и Собор выразили готовность выдать головой всех изменников, «хто будет государские лиходеи». Вопрос об отречении Ивана IV и о правах князя Старицкого на регентство отпал сам собой.

Царь вернулся в столицу «в день Сретения Господня (2 февраля 1565 г. — Л.Т.) с таким извращенным и быстрым изменением своего прежнего облика, что многие не могли узнать его. Большое изменение, между прочим, внесло то, что у него не сохранилось совершенно волос на голове и в бороде, которых сожрала и уничтожила его злоба и тиранская душа». Ошеломленным подданным государь объявил о введении опричнины.

Пискаревский летописец винит в разделении земли на опричнину и земщину советников царя — «Василия Михайлова Юрьева да Олексея Басманова» — и говорит, что недовольные опричниной «стали уклонятися [к] князю Володимеру Андреевичю». Клан Юрьевых-Захарьиных-Романовых употребил немало усилий, чтобы оттеснить Старицких от царского трона. Борьба за власть носила смертельный характер и продолжалась в последующие пять лет с переменным успехом. Конец ей положила казнь княгини Старицкой, ее сына, золовки и внучки.

Синодик опальных Ивана Грозного дает сведения о 31-м изменном деле, по которым состоялись массовые казни в 1564–1575 гг. Наибольшее количество дел приходилось на 1568–1570 гг. — девятнадцать, на прочие года — по одному-два. При этом в источнике не упомянуто ни одной казни за 1566 г. Этот год знаменателен также тем, что царь наконец передал князю Старицкому Дмитровский удел вместе со Звенигородом. Передача была оформлена меной. Сделка носила неравноценный характер, государева казна понесла убытки.

В январе 1566 г. Дмитровский удел перешел к князю Владимиру, практически со всеми станами и дворцовыми селами, в обмен на Старицу. В феврале он получил Боровск и некоторые села в Московском уезде, вернув царю Алексин из Дмитровского уезда. В марте Иван IV отдал двоюродному брату, его жене «княгине Овдотье, и его сыну, князю Василью и их детем» Звенигородский уезд со всеми волостями, селами и доходами в обмен на небогатый город Верею с прилегающими пустошами и починками. При обмене Старицкий удел вошел в опричное ведомство, однако не позднее ноября 1566 г. в опричнину был также взят Горицкий монастырь, где находилась княгиня-инокиня Евдокия (Ефросинья) Старицкая. Вся остальная территория Белозерского уезда осталась в земщине. Таким образом, Дмитровский и Звенигородский уделы отошли князю Владимиру, при этом земли Старицкого удела были выведены из-под его юрисдикции, но оказались в одном ведомстве с Горицким монастырем. Возможно, подобно другим князьям, взятым в опричнину, княгиня-инокиня продолжала управлять Старицким уделом.

В июле 1566 г. по «понужению» государя митрополичий посох принял Филипп Колычев, непримиримый противник опричных порядков и сторонник князей Старицких. Поскольку представители духовенства освобождались от крестного целования, то с митрополита была взята расписка с обещанием не вступаться «в опричину и царской домовой обиход». Напрашивается вывод, что в 1566 г. Иван IV действовал вопреки собственной воле, в угоду Старицким, под давлением обстоятельств. Такими обстоятельствами могла стать опасная болезнь царевичей.

Летопись сообщает, что в 1566 г. царь вместе с семьей оставил Кремлевский дворец и «перевезся жити за Неглинну реку на Воздвиженскую улицу, на Арбат, на двор князь Михайловской Темрюковича, и изволил государь на том дворе хоромы себе строити царьские и ограду учинити, все новое ставити». Похожее переселение в новые хоромы совершилось в 1560 г., в день смерти царицы Анастасии: «Того же месяца августа в 7 день, царь и великий князь детем своим, царевичю Ивану и царевичю Федору, повелел делати двор особый на Взрубе, позади набережные большие полаты, повеле же у царевичев на дворе храм болшой поставити Стретение Господа нашего Исуса Христа, а придел теплую церковь святого преподобного мученика Никиты Столпника, Переславского чюдотворца, ‹…› повеле же делати церкви и хоромы спешно, чтобы детем своим в том дворе устроитися ранее».

К 1567 г. князю Владимиру были возвращены привилегии ближайшего советника и главнокомандующего. Осенью того же года он стоял на Коломне «с своим двором для приходу крымских людей, а со князь Володимером Ондреевичем государевы бояре и воеводы». Возможно, его имя было вновь введено в духовную грамоту Ивана IV как душеприказчика и наследника престола в случае смерти (отречения) царя и царевичей, а также составлена новая крестоцеловальная запись, согласно которой тот обязался доносить на тех, кто задумает «лихо» против государя. Из сообщений Шлихтинга и Штадена известно, что в конце 1567 г. князь Старицкий выдал царю боярина И. П. Федорова и других «заговорщиков».

Второй виток опричных казней, согласно данным Синодика, начинается с убийства дьяка Казарина Дубровского в декабре 1567 г. Жестокая расправа вызвала протест со стороны митрополита Филиппа. Государь расценил увещевания святителя как вмешательство в «опричные дела», а его обличительное выступление в Успенском соборе 22 марта 1568 г. привело к полному разрыву и вражде. В ноябре того же года состоялся церковный суд, святителя обвинили в измене и заточили в тверской Отрочь монастырь. Одновременно с процессом по делу митрополита Филиппа царь «положил великий гнев» на своего двоюродного брата и не позднее февраля следующего 1569 г. послал того в Нижний Новгород.

Около года мастерицы княгини трудились над изготовлением покрова с изображением святых Никона и Сергия Радонежских. Вкладная запись на кайме начиналась словами: «Повелением… царя Ивана Васильевича… и при его Богом дарованных чадех Благоверном царевиче князе Иване Ивановиче (,) Благоверном царевиче Феодоре Ивановиче лета 7077 (1569/1570) го и сий покров положил…». (Через двадцать три года конец вкладной записи был вырезан и заменен на имена царя Федора Ивановича и царицы Ирины с датой «7100» (1591/1592) — год зачатия и рождения царевны Феодосии: зачата в октябре 1591, родилась 29 мая 1592 г.)

Датировка вкладной записи позволяет высказать предположение, что покров был завершен между 1 сентября (начало 7077 г.) и 25 сентября (день памяти преподобного Сергия Радонежского). Шестого сентября скончалась царица Мария Темрюковна. Подозрение в злом умысле пало на Старицких. Прямых доказательств вины княгини-иноки или ее сына в подготовке покушения на государя и членов его семьи, видимо, не нашлось, и были использованы подложные улики. Таубе и Крузе рассказывают, что один из дворцовых поваров, ездивший в Нижний Новгород за рыбой, донес, будто князь Владимир дал ему ядовитый порошок и 50 рублей и велел отравить царя.

В начале октября 1569 г. князь Старицкий был вызван с семьей на Боган, ему было предъявлено обвинение в попытке убийства царя и царевичей. 9 октября состоялась казнь: князь Владимир, его жена и младшая дочь приняли яд. Два дня спустя настала очередь княгини и мастериц вышивального дела: 11 октября вместе с инокой Евдокией погибли в мучениях семь монахинь Горицкого монастыря, «которые с нею были». Синодик Опальных называет их поименно. Два имени — Анна и Ульяна — дополнены припиской: «немки». Вполне вероятно, что они были родом из Англии и приписку в Синодике следует понимать как «английской земли немки».