Нортумберленд оказывал всемерную поддержку протестантизму. Континентальное радикальное протестантское влияние особенно наглядно сказалось во Втором Требнике (1552 г.) и в вероисповедании, содержащемся в 42 Статьях (1553 г.). Из первого были исключены последние остатки католического вероучения и обрядов: открыто отрицалось телесное пребывание Христа в причастии. Были отменены традиционные атрибуты католической религии — особые одеяния духовенства, убранство церквей, религиозные календарные праздники.

Положение Нортумберленда оказалось под угрозой в связи с ухудшением здоровья Эдуарда VI. Вопрос о престолонаследии приобрел важнейшее значение. Эдуард отказал в праве на наследство своим сводным сестрам Марии и Елизавете, поскольку они были объявлены незаконнорожденными еще при Генрихе VIII, и назвал своей наследницей леди Джейн Грей, внучку Генриха VII. Она состояла в браке с одним из сыновей Нортумберленда и после смерти Эдуарда была провозглашена королевой Англии (1553 г.). Однако Мария провозгласила себя королевой в Норфолке и начала собирать войска. Против нее выступил Нортумберленд, но так как сила была на стороне Марии, которую поддержали горожане Лондона и Тайный совет, Нортумберленд сдался и был казнен, как и леди Джейн. Если бы Нортумберленд пользовался такой же поддержкой, какую снискали шотландские вельможи, противостоявшие Марии, королеве Шотландии, в 1560-х гг., протестанты вполне могли бы одержать верх.

Мария, дочь Генриха VIII и Екатерины Арагонской, была убежденной католичкой. Она восстановила папскую власть и католические обряды, хотя потребовалось разрешение папы на удержание бывших церковных земель новыми владельцами: их отчуждение могло вызвать недовольство у могущественных и состоятельных аристократов. В 1554 г. Мария вышла замуж за своего младшего двоюродного брата Филиппа Испанского, представителя доминирующей в Европе католической династии, с условием, что ребенок любого пола, родившийся в этом браке, унаследует Англию и Нидерланды, а в случае смерти сына Филиппа от прежней жены — и всю Испанскую монархию: таким образом Англия оказалась бы тесно связана с континентом. Мария даровала Филиппу титул «короля-консорта».

Этот брак вызвал недовольство в стране и спровоцировал восстание в Кенте, во главе которого встал Томас Уайетт. Хотя его заявленной задачей было воспрепятствовать планируемой свадьбе, возможно, в цели восставших входило и воцарение Елизаветы. Однако Лондон отказал мятежникам в поддержке, и восстание было подавлено. Это вдохнуло новые силы в католическое движение. По меньшей мере 280 протестантов, в том числе Кранмер, Латимер и Ридли, были сожжены на костре, а прочие бежали на континент. Брак с Филиппом вынудил в 1557 г. Англию вступить в дорогостоящую и безуспешную войну с Францией, которая в 1558 г. привела к падению Кале, последнего французского владения Англии. Мария умерла от водянки, которую некоторые принимали за беременность. Филипп уехал от нее в Нидерланды. В целом, можно сказать, что она скорее была трагической фигурой, а не тираном.

У Марии не было детей, и поэтому на престол взошла ее сводная сестра, протестантка Елизавета. Католичество еще не успело набрать ход, чтобы восстановить свое прежнее влияние. Однако протестантизм также не имел серьезной опоры, и религиозные законы Марии почти не встретили сопротивления в Парламенте. Уничтожение реформаторами прежних обычаев существенно ограничивало возможности для успешного восстановления католичества, однако если бы Мария оставила после себя наследника-католика, который сумел бы удержаться на троне, контрреформация могла бы одержать в Англии решительную победу. Разрушенные при Эдуарде VI алтари и статуи было, конечно, трудно заменить, но, тем не менее, при Марии было восстановлено большинство каменных алтарей.

Проблема престолонаследия остро стояла и в Шотландии. У Якова V от второй жены, Марии де Гиз, на которой он женился в 1538 г., родилась дочь, Мария, ставшая королевой Шотландии в 1542 г. Смерть Якова развязала руки протестантам, и в 1546 г. они, во главе с Джоном Ноксом, убили кардинала Битона и захватили замок Сент-Эндрюса. Однако, вследствие войны с Англией, французского влияния и присутствия французских войск (отбивших у протестантов Сент-Эндрюс в 1547 г.), а с 1554 г. и регентства вдовствующей королевы Марии де Гиз значительно усилилась анти-протестантская оппозиция, а численность протестантов была очень невелика. Мария, королева Шотландии, в 1548 г. уехала во Францию, а в 1558 г. вышла замуж за дофина Франциска (наследника французского престола), ставшего в 1559 г. королем Франциском II. В результате Шотландия прочно заняла профранцузскую позицию. В 1560 г. положение изменилось. С приходом к власти в Англии Елизаветы (1558 г.) у шотландских протестантов, особенно у лордов Конгрегации, их знатных покровителей, появилась надежда на английскую поддержку. Выступая против французского влияния, они сместили правящую королеву-мать Марию де Гиз и связали протестантизм с патриотизмом. В 1560 г. английское военное вмешательство привело к изгнанию французских гарнизонов. Франциск II умер, оставив Марию бездетной вдовой. Парламент, возглавляемый протестантами, провозгласил отмену мессы и верховной власти папства, и принял протестантское вероисповедание.

Мария, вернувшаяся в Шотландию в 1561 г., была менее осторожна, чем Елизавета, и отказалась утвердить эти постановления, но ей недоставало политических способностей, чтобы исподволь изменить положение и создать себе прочную опору в сложной ситуации противоборства шотландских аристократических партий. Лорды Конгрегации и их преемники объединились против королевы-католички и ее французских союзников, а семейные проблемы Марии только увеличивали ее непопулярность. Ее второй брак с двоюродным братом лордом Дарнли (1565 г.) оказался неудачным, а 1566 г. он участвовал в убийстве ее фаворита Дэвида Риччио. Вероятно, после этого Мария вступила в сговор с жестоким Джеймсом, графом Босвеллом, который убил Дарнли и женился на ней (1567 г.). Это переполнило чашу терпения, и в 1567 г. Мария была вынуждена уступить требованиям аристократов-протестантов и отречься от престола в пользу младенца Якова VI, ее сына от лорда Дарнли. Положение протестантской церкви укрепилось. Королева-католичка лишилась короны протестантского королевства. В следующем году Мария бежала и собрала войско, но потерпела поражение при Лангсайде и укрылась в Англии, отдавшись на милость Елизаветы. Отречение Марии от престола служило выражением новых представлений, согласно которым король нес ответственность перед своим народом и которые значительно смягчали прежние воззрения, подчеркивавшие прежде всего обязанности подданных по отношению к правителям. Эта теория, предвосхищавшая концепцию общественного договора, лежащего в основе королевской власти, поддерживалась вождями церкви, в том числе и Джорджем Бьюкененом, ставшим воспитателем Якова VI.

Государственность также следовала новым путем развития. Благодаря картографированию складывались более четкие представления о границах и очертаниях разных стран, а это способствовало более глубокому пониманию важности данного уровня представления. Хотя составление карт в Шотландии XVI и XVII вв. уступало в интенсивности аналогичной деятельности в Англии, тем не менее, оно значительно продвинулось вперед. Например, было создано более точное описание береговой линии, хотя с картографированием Хайленда дела обстояли по-прежнему не лучшим образом. В середине XVI в. Джон Элдер и Лоренс Новелл выпустили свои карты Шотландии.