К тому времени Англия вступила в крупномасштабную войну, которая началась в 1585 г. из-за поддержки, которую Елизавета оказывала нидерландским повстанцам (по большей части, протестантам), поднявшим восстание против ее бывшего зятя Филиппа II Испанского. Особенно раздражение у испанского короля вызвала отправка войск под началом графа Лестера, фаворита Елизаветы, по Нансачскому договору с восставшими (1585 г.), а также морские набеги на испанские колонии и корабли, совершавшиеся с ее молчаливого согласия.

Английские войска не сыграли заметной роли в голландском восстании, но их участие подтолкнуло Филиппа к решению напасть на Англию. Однако Филипп не сумел привести к единому знаменателю два различных плана: план морского вторжения в Англию из Испании (короли которой были также королями Португалии с 1580 по 1640 гг.), и план переправки через Па-де-Кале из Нидерландов испанской армии под началом Алессандро Фарнезе, герцога Пармского. Испанцев также сильно задержали необходимые приготовления и успешное нападение сэра Фрэнсиса Дрейка на главную испанскую морскую базу в Кадисе (апрель 1587 г.). В следующем году армада, состоявшая из 130 кораблей, перевозивших 19 000-ю армию, выступила из Лиссабона с целью войти в Ла-Манш и прикрыть переправку войск Алессандро Фарнезе. Из-за штормов флот был вынужден зайти на ремонт в Ла-Корунью, а в июле он появился у входа в Ла-Манш. Направляясь к Кале, испанские корабли, держа строй, подверглись английской бомбардировке, но она почти не нанесла им вреда, и на протяжении девятидневных стычек испанцы не нарушили строй. Однако преимущество англичан заключалось не только в лучших мореходных качествах, но и в том, что их пушки стояли на компактных четырехколесных лафетах и потому быстро перезаряжались, а у испанцев подобное снаряжение отсутствовало.

Когда испанский флот встал на якорь у Кале, оказалось, что у Фарнезе не хватает судов, чтобы посадить на них свою армию. Испанский строй был нарушен из-за ночной атаки англичан, применивших брандеры, а затем английский флот нанес испанцам значительные повреждения в битве у Гравелина. Сильный ветер отнес армаду в Северное море, и она вернулась в Испанию, обогнув северный берег Шотландии и западный берег Ирландии, понеся серьезный урон из-за штормов и кораблекрушений.

Такие потери обученных и опытных солдат и моряков нанесли Испании серьезный удар, однако флот был вновь отстроен, а сами англичане не видели возможности одержать решительную победу. В 1589 г. Фрэнсис Дрейк произвел успешное нападение на Ла-Корунью, но после этого его экспедицию ждали одни неудачи. Дрейк не был стратегом: он не сумел взять Лиссабон; а попытка перехватить у Азорских островов испанский флот, везущий сокровища из Нового Света, закончилась провалом. Английские корабли изрядно потрепал шторм. На примере армады и «ответной английской армады» очевидны недостатки военно-морских операций той эпохи, не в последнюю очередь проистекающие от уязвимости кораблей к штормам, сложности проведения совместных действий армии и флота, а также проблем со снабжением больших флотов.

Поражение армады вызвало к жизни национальную гордость, отразившуюся в политическом языке и драматургии той эпохи. Ветер, разбросавший испанский флот, был приписан воле Провидения. Впоследствии, наряду с раскрытием Порохового заговора (1605 г.) и Славной революцией (1688 г.), это событие послужило основой для создания образа хранимого Богом государства.

Однако большие военные расходы вызвали затруднения. Королевская фискальная политика, особенно продажа монополий на производство или торговлю определенными товарами, а также дополнительные налоги, навлекла на правительство острую критику со стороны Парламента в 1597 и 1601 гг. и не доставила государству средств, необходимых для одержания победы в войне. Пуританство также служило предметом для парламентских споров, особенно обострившихся в 1587 г., когда пуритане, члены парламента, попытались провести законы в пользу пресвитерианской церкви. Это был неудачный ход, который вызвал ожесточенные споры между Елизаветой, не желавшей никаких перемен в религиозной сфере, и некоторыми членами Парламента. Елизавета столкнулась с определенными сложностями в попытках сформировать стабильное правительство после смерти своих давних соратников — Уильяма Сесиля (лорда Беркли), Лестера и Уолсингема. Борьба с Филиппом II набирала обороты, и Елизавета между 1589 и 1597 гг. отправляла войска на помощь антииспанской партии во французской религиозной войне. Экспедиции в Бретань и Нормандию не имели особого успеха, но, тем не менее, помогли Генриху IV упрочить свое положение. В свою очередь, Филипп поддерживал заговорщиков на Британских островах, вел переговоры с аристократами-католиками в Шотландии и Ирландии.

Попыткам ассимилировать гэльскую Ирландию, предпринимавшимся при Генрихе VIII, при его преемниках пришла на смену политика «колонизации» областей, прилегающих к зоне английского влияния, и переселения туда английских поселенцев, «новых англичан». Это упрочило позиции английской короны в Ирландии, хотя, естественно, захват земли у гэльских землевладельцев не мог повысить ее популярность. Начатая при Эдуарде VI колонизация приобрела еще больший размах при Марии. С конца 1560-х гг. английское правление приобретало все более военный характер, который привел к возобновлению попыток силой расширить сферу влияния. Местные советы были созданы в Коннахте (1569 г.) и Мунстере (1571 г.), а для подавления восстаний англичане использовали войска. Английская власть распространилась на такие отдаленные области, как Слайго, Ферманаг и Монаган. Эти области не очень-то подходили для распространения протестантства, и, с возрождением католической активности при Контрреформации, религиозные различия приобрели важное значение для Ирландии, символизируя, отражая и укрепляя политический раскол и ненависть между теми, кто выступал фактически в роли завоевателей, и покоренным населением. «Новые англичане» занимали руководящие должности и пользовались правительственной поддержкой; «старые англичане», католики, чувствовали себя обделенными и отрезанными от управления; гэлы страдали от злоупотреблений и жестокости властей. Елизавета не уделяла ирландским делам достаточного внимания, так что в Ирландии проводилась жесткая политика, которой сама королева никогда не допустила бы в Англии. Протестантская церковь не могла успешно обслуживать местное население. Оказалось сложно найти квалифицированных протестантских церковнослужителей, желающих служить в обедневшей церкви. Один чиновник в 1607 г. сообщал, что духовенство Кашельского архиепископства «более пригодны, чтобы пасти свиней, чем служить в церкви».

Гэльское сопротивление привело к восстанию Десмонда в 1580-х гг. и достигло высшего пика в 1594 г., когда вспыхнуло крупное восстание под руководством Хью О'Нейлла, графа Тирона. О'Нейлл собрал весьма значительное по ирландским меркам войско в 10 000 человек, поднял против англичан не только северные области, но и Мунстер и стремился заручиться поддержкой католиков «старых англичан». В середине XVI в. в Ирландии в достаточно большом количестве появилось огнестрельное оружие — аркебузы, но в 1560-х гг., когда Шейн О'Нейлл пытался захватить власть над всем Ольстером, его войска все еще были вооружены традиционным оружием: топорами, луками, дротиками и мечами. Воины Хью О'Нейлла, напротив, использовали современное огнестрельное оружие — мушкеты и их разновидность аркебузы — и были вооружены так же хорошо, как и англичане. Многие до этого служили в высокопрофессиональной испанской армии, а О'Нейлл специально обучал всех своих солдат обращению с пиками и огнестрельным оружием. Лесистая и болотистая местность Ольстера как нельзя лучше подходила для ведения партизанской войны и нападениям из засад. В 1595 г. при Клонтибрете О'Нейллу удалось заманить английскую армию в ловушку. Через три года при Йеллоу-Форде другой английский отряд был разбит на марше. В 1599 г. гордый фаворит Елизаветы Роберт, граф Эссекс, не сумел нанести поражение О'Нейллу. Вследствие этого он утратил расположение королевы и впал в немилость. Обремененный долгами, потерявший свои монополии Эссекс в январе 1601 г. предпринял попытку государственного переворота с целью захватить Елизавету и уничтожить своего соперника, первого министра сэра Роберта Сесиля, сына лорда Беркли. Однако Сесиль разрушил планы заговорщиков, заговор провалился, а Эссекс был казнен. Не в последний раз ирландские события оказывали важнейшее влияние на британскую политику.