Вездесущий Алмейда находил время, чтобы посетить ремонтные доки, строительные площадки, где возводились больницы, часовни, церкви и прочие сооружения колониальной администрации. В его штате состояли казначей, секретарь, юрисконсульт, опытные факторы, капитаны и служащие его собственного двора — капеллан, факельщики, музыканты, стражи, слуги. А еще коменданты крепостей и разнообразные клерки: кладовщики, писари, секретарь-распорядитель, начальник полиции, судейские, сборщики налогов, похоронный церемониймейстер и нотариус. Сотрудником администрации являлся и Лоуренсу Алмейда, который возглавлял службу береговой охраны.

Алмейда был отличный командир и ревностный защитник королевских интересов — неподкупный, скрупулезно честный, дисциплинированный. Суда, направляющиеся в Лиссабон, вместе с грузом везли королю подробные отчеты о том, как продвигаются работы по обустройству его колониальных владений. «Позвольте заверить Вас, Ваше Величество, что ни одно судно не смеет явиться в Кочин без моего ведома и дозволения, — сообщал Алмейда, возможно слегка преувеличивая, — и ни единого реала под моим надзором не было украдено. Я забочусь о том, чтобы все делалось надежно и четко, как в Португалии».

Алмейда вел неустанную борьбу со стяжательством среди своих подчиненных и самолично служил образцом скромности. Так, из трофеев, что захватили португальцы после падения Килвы, богатой золотом и серебром, он взял себе лишь одну стрелу как память о победе. Королю он написал, что служить португальской короне, делами подтверждая свою честность и преданность, есть его единственная награда. По должности ему полагалось небольшое количество пряностей, и он ни разу не потребовал ничего сверх, но зато всегда принимал сторону простых служащих, которые страдали и гибли во имя империи и жалованье для которых часто поступало с опозданием.

Зимой 1505 года из Кочина в Португалию отправился первый груз пряностей — девять судов благополучно добрались до Лиссабона, а одно судно — огромный и старый «Морской цветок» — дало по пути течь и осталось зимовать на Мозамбике.

Успешное возвращение грузовых судов свидетельствовало о хорошей организации и коммерческой эффективности индийского проекта, в который Алмейда вкладывал сердце и душу. Шпион Массари, наблюдавший прибытие кораблей, сообщал в Венецию, что ему якобы удалось заглянуть в «бортовые бухгалтерские книги» с отчетами о характере и количестве пряностей. «На берегу же, — писал он, — существует весьма замысловатая система обработки грузов. Все везут в новое здание, так называемый Индийский дом, где теперь находится таможня. Для каждого судна отведено отдельное помещение, и таких помещений всего двадцать. Пряности сохраняются там по всем правилам». Массари оценивал грузы от Алмейды, прибывшие в Лиссабон зимой 1505/06 года, в очень крупную сумму. По его сведениям, португальцы привезли около 35 квинталов пряностей — беспрецедентное в мировой торговле количество, еще десять лет остававшееся непревзойденным.

В декабре 1505 года Алмейда отправил Мануэлу послание, имея за спиной солидный список достижений. Четыре месяца вице-король трудился не покладая рук и сумел заложить надежный фундамент постоянного португальского присутствия в Индии. Теперь он предлагал Мануэлу сменить его титул повелителя навигации на более громкий: «Мне представляется, Ваше Величество, что отныне подданные могут именовать Вас императором Индии… — писал он, — поскольку правители Килвы и Момбасы, Малинди и Могадишу приняли Ваше над собой главенство и признали свой вассалитет. А на другом берегу [Индии] Вашим именем возведены крепкие форты и никто из Ваших недругов не смеет бороздить море. И поскольку Батекала [Бхаткал] и Хонневар [Хоневар] также обязались принять Ваше покровительство и выплачивать дань, нет ничего более правильного и справедливого для Вашего Величества, чем новый титул».

Но в то же время Алмейда понимал, что не может выполнить все требования Руководства. Первым долгом он строил форты и отправлял в Португалию пряности, а прочее вынужден был откладывать на потом. «Я решил, Ваше Величество, — писал Алмейда Мануэлу, — повременить с походом в Красное море, хотя желаю этого более всего на свете». Далее он объяснял, что задержка имеет место в связи с необходимостью укрепить свои позиции в местах постройки фортов и обеспечить надзор за погрузкой.

Получив к середине следующего года это послание, Мануэл велел служить повсюду мессы и устраивать торжественные шествия. Он также заказал серию дорогих гобеленов, посвященных недавним событиям в Индии. Гобелены являли собой грандиозную форму пропаганды Индийского проекта. На них были изображены коронация правителя Килвы, штурм Момбасы, строительство фортов на Малабарском побережье. Папа обещал присвоить Мануэлу особый титул как наиболее значительному христианскому вероисповеднику среди монархов, что еще больше подхлестнуло его амбиции.

В марте 1506 года в городе Вальядолид умер Христофор Колумб, испанский соперник португальцев, до конца дней уверенный в том, что его экспедиция достигла Индии.

Пока Франсишку ди Алмейда трудился во благо укрепления Индийской империи, которая приносила его королю гигантские прибыли, Мануэл в Лиссабоне задумался о смене командующего и самой структуры управления заморской колонией. Не имея возможности лично руководить событиями в Индии и даже регулярно обмениваться корреспонденцией со своим заместителем, он был полон сомнений, хотя и составил для Алмейды подробнейшее руководство. Свою роль играла и завистливая придворная камарилья. Мануэл не умел отличать истинно достойных людей от лицемеров, взяточников и эгоистов. Так, Дуарте Пашеку Перейра, находчивость которого спасла всю португальскую эпопею зимой 1503 года в Кочине, по возвращении домой не был удостоен ни наград, ни почестей и впал в безвестность. Что до Алмейды, то не успел его первый отчет достичь Лиссабона, а Мануэл уже готовил ему смену. Выбор короля пал на Афонсу ди Албукерка, который разделял его взгляды и видел в нем мессию, что призван вытеснить мусульман из Индийского океана и вернуть Иерусалим христианам.

И вот 27 февраля 1506 года, вскоре после официального объявления Мануэла о полном доверии Алмейде, Афонсу ди Албукерк подписал секретный документ: «Я, Афонсу ди Албукерк, подтверждаю, что принес клятву лично государю хранить в секрете свое назначение на пост правителя Индии, который в данный момент занимает дом Франсишку ди Алмейда. Обязуюсь не разглашать сей факт до его возвращения в Португалию либо до случая его внезапной смерти и своего вступления в должность».

Однако должность Албукерка называлась губернатор — то есть правитель, обладающий меньшей властью, чем вице-король. Эти сведения также были государственной тайной. Алмейде король направил записку, уведомляя его, что он изымает из-под его начала некоторые регионы в западной части Индийского океана и передает их Албукерку. Возникшее таким образом двоевластие породило путаницу и антагонизм между двумя командующими на годы вперед. Тон Мануэла в переписке с Алмейдой изменился, стал более резким — очевидно, капитаны из тех, что были недовольны принципиальностью Алмейды, возвращаясь в Лиссабон с грузами, возводили на вице-короля поклепы, к радости его завистников при дворе.