В Момбасе, главном торговом порте побережья Суахили, было чем поживиться. Португальцы захватили большое количество дорогих тканей — шелка и золота, ковров, конских попон. Один роскошный ковер был среди прочих сокровищ тут же отправлен в дар королю. Заботясь о пополнении королевской казны и стремясь ограничить своих подчиненных в желании обогатиться, Алмейда систематизировал процесс охоты за трофеями. Каждому капитану отводился свой участок для сбора трофеев. Все трофеи сносили на корабль, где их сортировали и оценивали. Но, согласно Руководству, нашедший мог получить только двадцатую часть от цены своей находки, так что на практике нарушения происходили довольно часто. В Индию ехали, чтобы разбогатеть, а не приумножить богатства короля. Позднее Мануэлу объяснили, что если бы каждый, кто присваивал трофеи в Момбасе, был наказан, то Алмейда лишился бы большей части своих людей. Трения между вице-королем, верным своему долгу и королевскому мандату, и простыми солдатами и идальго сохранялись на протяжении всей португальской эпопеи. Суровый, неподкупный Алмейда негодовал, видя безобразные выходки подчиненных, но понимал, что он не в силах что-либо изменить.

Тем временем беглый султан и его приближенные, укрывшись в пальмовой роще неподалеку, наблюдали, как Момбаса горит и подвергается разграблению. Захватчики слишком устали, чтобы их преследовать. Потери сторон были несравнимы: пятеро убитых у португальцев против семи сотен у мусульман — и это не считая раненых. Двести человек были пленены, в том числе «красивые светлокожие женщины и девочки 15 лет и младше».

На следующий день султан, осознав, что сопротивление бесполезно, и страшась повторить судьбу правителя Килвы, отправил в город гонца с огромным серебряным блюдом — в знак капитуляции и согласия выполнить все условия. Тогда, в виде жеста доброй воли, Алмейда освободил многих пленников и обещал сохранить жизнь и возвратить имущество тем, кто вернется. Султан покорно заплатил большой выкуп, обязавшись повторять ежегодно, и подписал мирный договор на веки вечные — «пока на небе светит луна и солнце».

23 августа Алмейда отбыл в Индию, оставляя позади кровавый след. Система торговых отношений, которая существовала уже несколько столетий, была уничтожена.

В послании к правителю Малинди, своему давнему сопернику, султан писал о постигшей его катастрофе: «Да будет тебе известно, о Сайд Али, что у нас побывал великий господин, а с ним огненная буря. Ко всякому он был жесток и неумолим — не щадил ни мужчин, ни женщин, ни стариков, ни младенцев. Огонь поднялся до небес. Гибли не только люди, но даже птицы небесные падали на землю замертво. Я по сей день страшусь выйти на улицы, ибо смрад смерти там нестерпимый. Невозможно представить, скольких сокровищ мы лишились».

Как амбициозна ни была настоящая миссия, а планы Мануэла относительно Индии продолжали развиваться. Мессианское лобби при дворе приобрело значительный вес. Ближайшие советники твердили королю о его богоизбранности, о том, что судьбой ему уготовано вершить великие дела. На это указывали и само его имя, и удивительные обстоятельства, сопутствующие его вступлению на престол, а равно успешное расширение империи за счет заморских колоний и потоки сокровищ, текущие в Лиссабон по морю. Тот факт, что первая же экспедиция при Мануэле достигла Индии, тогда как ранее потребовалось 75 лет, чтобы обогнуть Африку, вызывал у современников чувства сродни религиозному экстазу. Говорили, что христианская цивилизация достигла своей вершины, что грядет конец света и Второе пришествие. Многие португальцы верили, что они новый избранный народ, наделенный особой миссией, ведь не случайно рисунок на гербе Португалии символизирует раны на теле Христовом. Репрессии против евреев — когда тех вынуждали либо креститься, либо уезжать — воспринимались как необходимая мера по укреплению нации. Каждый новый груз из Индии встречали с восторгом.

Тем временем исламский мир переживал упадок, и приближенные Мануэла не могли не усмотреть здесь библейских аналогий. В каирской династии мамлюков они видели воплощение образа блудницы вавилонской из Откровений Иоанна Богослова. Глубоко укоренившаяся в сознании португальцев идея священной войны против мусульман получила новое развитие, когда Мануэл вознамерился низвергнуть «блудницу вавилонскую», исполняя тем самым свой долг как избранника Божия и Божественное пророчество. В книге о португальских открытиях Дуарте Пашеку Перейра называет его не иначе, как цезарь Мануэл. Король был недалек от того, чтобы провозгласить себя императором.

В начале июня 1505 года Мануэл направил папе Юлию II послание, где прямо говорил о собственной миссии, амбициях и стратегии: «Христиане вправе надеяться, что вскоре исламская ересь и предательство будут уничтожены и Гроб Господень, который долгое время находился во власти этих псов, будет освобожден и возвращен поборникам веры истинной. Таким образом, христианская вера распространится по всему миру. Дабы ускорить приход этого благословенного времени, мы стараемся вступить в контакт с самым могущественным из всех христианских правителей (пресвитером Иоанном) и объединить наши силы».

Посланник Мануэла, зачитывавший письмо, настолько воодушевился, что в конце прибавил от себя цветистый риторический пассаж, пророчествуя, что папа «обнимет весь мир», то есть станет величайшим религиозным авторитетом на земле.

В отличие от Алмейды, который вынужден был во многих случаях действовать согласно Руководству, король Мануэл ничем себя не ограничивал. Так, отправив посланника в Рим, он наконец принял у себя брата Мауро, который поведал об опасности, грозящей Иерусалиму. Реакция его для султана была весьма неожиданной. Мануэл не поддался на шантаж, но пригрозил в ответ крестовым походом. Если христианские святыни пострадают, то он, имея мандат от самого Господа Бога, покарает неверных, как не раз делали в прошлом его славные предки. У Мануэла давно зрело решение уничтожить мамлюков, а заодно освободить священные для христиан места. С этим предложением он тайно отправлял гонцов к Генриху VII в Англию, к королю Фердинанду в Испанию, к папе Юлию II, к Луи XII во Францию, к Максимилиану, императору Священной Римской империи. Мануэл приглашал их объединить усилия и махнуть на ту сторону Средиземного моря. И хотя положительно ответил только Максимилиан, решимости у Мануэла не убавилось.

Затем в течение 15 лет этот проект занимал умы португальцев. Возник он, разумеется, при дворе, среди узкой группы людей, которые вначале держали свои планы в секрете, опасаясь бурной реакции со стороны коммерсантов, соседних монархов и самого султана. Идеологически, этот проект коренился в средневековой эсхатологии, с верой в Божественное провидение и конец света, но стратегически был основан на новейших знаниях о современном мире, и масштаб его охватывал всю планету. Некоторые из его положений были обозначены в Руководстве, которое король подготовил для Алмейды: сначала задушить экономику мамлюков, а затем атаковать их напрямую из Красного моря. А Мануэл тем временем планировал нанести удар с противоположной стороны, из Средиземного моря, беря султана в клещи, ну и заодно привычно пощипать Марокко.