Хотя в процессе работы Малер и проявлял крайнюю строгость, доходящую до тирании, к сослуживцам он относился как к равным себе и не упускал возможности выразить свою признательность за их преданность искусству. В 1903 году во время срочной подготовки театром постановки «Луизы» Шарпантье кларнетист Франц Бартоломеи показал небывалый образец самопожертвования — будучи абсолютно незаменимым в оркестре, он работал на репетиции и премьере, хотя его ребенок был смертельно болен и вскоре умер. Малер случайно узнал об этой трагедии и тотчас отправил кларнетисту соболезнования со следующим текстом: «От всего сердца благодарю Вас за то, что Вы принесли нам такую большую жертву и приняли участие в репетиции, несмотря на Ваше огромное горе… Я никогда этого не забуду!»

При всей своей крайней требовательности Малер своим человеческим отношением заслужил особую признательность коллег. Оркестр Придворного театра, состоявший из превосходных музыкантов, к 40-м годам XIX века сформировал внутри себя небольшую автономию, известную как филармонический оркестр. По сей день этот коллектив считается одним из лучших оркестров мира, а желающим в него попасть, по установившимся правилам, необходимо проработать в оркестре Венской оперы минимум три года. Этот коллектив уникален тем, что его музыканты сами выбирают себе дирижера на ежегодном голосовании, участвуют в решении финансовых и прочих вопросов. Благодаря Гансу Рихтеру, на протяжении более чем двадцати лет работавшему с этим коллективом, ежегодная серия концертов этого оркестра в Европе к концу века стала истинной вершиной исполнительского мастерства. Престижность работы в коллективе означала мировое признание.

Двадцать третьего сентября произошло весьма важное событие: Рихтер заявил о своей отставке с поста директора Венской филармонии, мотивируя это решение состоянием здоровья. В тот же день оркестр, нуждавшийся в руководителе на текущий сезон, попросил Малера возложить на себя эти обязанности, и тот незамедлительно согласился. Днем позже совет Венской филармонии официально объявил Густава дирижером филармонических концертов на основании единодушного одобрения коллектива.

Хотя флегматичный и добродушный Рихтер считался любимцем музыкантов, а тиранический характер Малера не вызывал у них подобных настроений, в течение короткого времени всё поменялось: восхищенный трепет, который внушил Густав оркестрантам, компенсировал его недостатки. 6 ноября состоялся первый концерт, программу которого Малер составил весьма продуманно: помимо увертюры «Кориолан» Бетховена и Сороковой симфонии Моцарта была заявлена бетховенская Третья — сочинение, которым Рихтер прощался с венской публикой. Тем самым новый дирижер показал свою преемственность. Критик Теодор Хельм писал о том вечере, что при появлении Густава в зале стояла тревожная тишина, однако с каждым новым сочинением реакция аудитории менялась и от скупых аплодисментов дошла до полного восхищения. 4 декабря прозвучала поэма Антонина Дворжака «Героическая песня», а 26 февраля следующего года Малер впервые исполнил Шестую симфонию своего друга Брукнера. Реакция публики была традиционно восторженной.

На каждом концерте нового дирижера зал был полностью заполнен, билеты распродавались задолго до симфонических вечеров, повышенный спрос не могли удовлетворить даже дневные воскресные концерты, назначенные дополнительно. Аудитория однозначно голосовала «за», критика же, всегда двойственно относившаяся к Малеру, искала поводы для придирок. Тем не менее все признавали, что Малер находился в мейнстриме. Более того, он создавал всеобщий мейнстрим. Однако Густав неоднократно жаловался, что его побочная работа стала основным занятием: «У меня уже нет времени на то, чтобы заняться самым важным делом, которое мне поручил Господь. Я нахожу чудовищным жить во всей этой роскоши. Как люди мной восхищаются и унижаются передо мной! Мне так хотелось бы объяснить им, что мне ужасно неловко и что на этой моей службе я не хочу ничего, кроме выполнения профессионального долга!»

Грядущее лето Малер решил посвятить сочинению Четвертой симфонии и во время традиционного отпуска отправился в тихое горное местечко Альтаусзее. Однако снятая им вилла плохо отапливалась, а отдыхающие постоянно узнавали венского директора и, почтенно кланяясь, затевали никчемные беседы. Любивший покой и уединение Густав практически не мог работать и потому решил всецело отдаться отдыху.

Одиннадцатого июля Малер встретился с музыкантом Густавом Гейрингером возле местечка Гойзерн Мюль, что находилось в пяти километрах от его летнего пристанища. Друзья устроили небольшую прогулку на велосипедах, на которой присутствовала девятнадцатилетняя красавица Альма Шиндлер. Гейрингер собирался познакомить Альму с Густавом, но девушка покинула компанию со словами: «Я не чувствую абсолютно никакого желания знакомиться с ним. Я люблю и почитаю его как художника, но как человек он меня не интересует вообще. Я бы не хотела терять свои иллюзии». Ветреная красавица в скором времени изменила свои взгляды на противоположные.

Бауэр-Лехнер и Мильденбург тем временем подыскали новое место для летнего отдыха — в низине озера Вёртер-Зе в деревеньке Мария-Вёрт, где композитор плодотворно провел несколько отпусков.

К августу Ганс Рихтер, находившийся в Байройте, известил Венскую филармонию, что более не сможет работать главным дирижером оркестра. Его письмо официально распахнуло дверь перед Густавом в зал «Musikverein». 24 августа на ежегодном голосовании филармонического оркестра за Малера высказался 61 музыкант, за Йозефа Хельмесбергера, отец которого был директором Венской консерватории еще в годы студенчества Густава, проголосовали 19 человек, а за Феликса Моттля, тоже желавшего занять этот пост, — всего один. Из-за такого разделения голосов Малер, намеревавшийся работать со слаженным коллективом, отказался от поста, и 16 сентября состоялись повторные выборы. Второй раз из девяноста шести оркестрантов директора Придворной оперы поддержали 90 человек. В результате такой сокрушительной победы Малер стал, наконец, официальным и полномочным руководителем Венского филармонического оркестра.

В начале оперного сезона Козима Вагнер, пытавшаяся когда-то не допустить Густава до директорства в Императорском театре, стала добиваться того, чтобы он исполнял оперы ее сына Зигфрида, который, пойдя по стопам отца, тоже стал композитором. Малер понимал, что его отказы не остановят «пиковую даму» немецкого музыкального искусства и на него будут давить сверху. Первое сценическое произведение Зигфрида Вагнера «Медвежья шкура» Густав включил в репертуар текущего сезона, настояв на немалых сокращениях, так как в полном варианте сочинение воспринималось нудно и скучно. Больше Малер не работал с творениями Вагнера-сына, хотя некоторые исследователи ошибочно указывают, что он осуществил еще постановку оперы Зигфрида «Бездельник».

В 1899 году филармонический оркестр исполнил Вторую симфонию Малера. Реакция зала оказалась настолько эмоциональной, что четвертую часть пришлось повторить на бис. При этом венские критики оказались не более дружелюбными, чем берлинские. 14 и 15 января 1900 года состоялись премьеры вокальных произведений Густава. Малер часто задумывался, почему поверхностные сочинения других композиторов пользовались популярностью, когда его собственные оказывались почти полностью отверженными. Вена всегда принимала новую музыку странно. Моцарт, Шуберт, Брукнер и многие другие выдающиеся личности имели здесь дело с особым, столичным снобизмом. Быть может, Густав воспринимал это как неизбежный факт и сам не очень-то старался добиться признания как композитор. Известны случаи, когда у Малера просили разрешения на исполнение его сочинений, но он, хотя его музыка звучала нечасто, отказывал в просьбе.