Вена продолжала оставаться консервативной и не проявляла интереса не только к сочинениям Густава, но и к его непривычным интерпретациям музыки прошлого. Для ежегодного зимнего концерта, традиционно устраиваемого в помощь благотворительному фонду филармонии, Малер выбрал свою интерпретацию Девятой симфонии Бетховена, которую он исполнял еще в Гамбурге. Спрос на билеты оказался настолько высоким, что пришлось организовывать два выступления — 18 и 22 февраля, Густав готовил сюрприз столичным любителям музыки. Венские знатные особы, по обыкновению посетившие столь знаменательный вечер, испытали большое недовольство. Критики долго не могли успокоиться, дав пищу для разного рода сплетен в обществе. Разочарованы оказались даже те, кто относился к Малеру с уважением и почтением. Князь Рудольф после концерта поздравил Густава словами: «Очень хорошее исполнение… однако мне доводилось слышать это в других темпах». На это дирижер ответил: «Неужели Ваше Высочество слышали это произведение раньше?»

Наделав немало шума и желая ответить беспощадным противникам, Малер предварил второе выступление программкой, распространявшейся перед входом в зал. Однако это лишь усилило полемику. Тем не менее слова, написанные Густавом, заставили многих музыкантов и меломанов задуматься: «На основании некоторых опубликованных материалов у определенной части публики могло сложиться мнение, что произведения Бетховена, и в особенности его Девятая симфония, подверглись произвольным изменениям в том, что касается деталей. Поэтому, видимо, будет уместным сделать пояснительное замечание… строение медных духовых инструментов того времени не позволяло исполнять определенные последовательности звуков, необходимые для ведения мелодической линии. Именно этот недостаток в конечном итоге и привел к тому, что инструменты были усовершенствованы; и не воспользоваться этим ради достижения совершенства в исполнении произведений Бетховена было бы неправильным и заслуживало порицания. Рихард Вагнер, который всю свою жизнь словом и делом стремился поправить бедственное положение в исполнении бетховенского наследия, пришедшего почти в безнадежно запущенное состояние, в своей статье “Об исполнении Девятой симфонии Бетховена” показал, как исполнять эту симфонию, сохраняя верность концепции ее создателя и по возможности точнее выявляя его замысел. Последнее время все дирижеры следуют примеру Вагнера; возглавляющий оркестр дирижер, который выступает в сегодняшнем концерте, руководствуется теми же принципами, полагаясь на собственный опыт в исполнении сочинения, но в основном не переступая границ, намеченных Вагнером. О новой оркестровке, изменении или “внесении поправок” в произведение Бетховена, разумеется, не может идти и речи».

Как и раньше, кипучая деятельность Малера никого не могла оставить в покое. На фоне невероятного одобрения его деятельности большей частью общества круг малеровских недругов, сопровождающий жизнь любой выдающейся личности, всё же постепенно расширялся. Недоброжелатели Густава толком не могли представить ни одного вразумительного довода и, как в таких случаях бывает, «извергались» подлыми «приемами ниже пояса». Впервые открыто они заявили о себе 18 марта 1900 года, когда антисемитская венская газета опубликовала статью с нападками на его дирижерство.

В том же году в Париже состоялась знаменитая Всемирная выставка, символизировавшая начало XX века. Одной из ее изюминок являлась летняя серия из пяти выступлений Венского филармонического оркестра, ранее не выезжавшего с концертами из столицы ни в один из городов мира. Несмотря на всеобщее внимание, расширившее мировую известность коллектива и его руководителя Малера, мероприятие оказалось обескураживающе дорогим для австро-венгерской стороны, из-за чего подобные поездки в ближайшие годы более не предпринимались.

Во время летнего отпуска в новом пристанище на берегу Вёртер-Зе Густав окончил свою Четвертую симфонию, хотя Третья пока еще не прозвучала полностью. Его безумно увлекла идея одной из песен «Волшебного рога мальчика», «Das himmlische Leben», повествующая о Царствии Небесном, увиденном глазами невинного дитя. В противовес Третьей симфонии, раскрывающей иерархию бытия, Четвертая описывает некий конечный пункт, сверхмир божественной любви и райской жизни. С этой короткой относительно характерных для него широт партитурой композитор подошел к концу своего метацикла, состоящего из первых четырех симфоний. Концептуально «тетралогия космоса человеческого духа» в Первой симфонии экспонирует героя, ищущего веру, а затем умирающего и воскресающего во Второй. Третья — восхваляет всеобщую любовь и чудо природы, а Четвертая — поет о радости небесного существования. Как и в двух предыдущих симфониях, здесь не обошлось без введения в нотный текст вокальной строки.

Высоты духа мира абсолютных идей в жизни Малера продолжали соседствовать с прозой директорских будней. Дирижеры «старого порядка» медленно уходили: Ганс Рихтер перебрался в Лондон, Иоганн Непомук Фукс скончался в октябре 1899 года, а через полгода не стало Вильгельма Яна. На смену им приходили молодые, активные и амбициозные, которые могли стать последователями малеровского метода руководства постановками. Одним из них являлся ученик Брукнера Франц Шальк, приглашенный Густавом на пост первого дирижера после ухода Рихтера. Ассистентом Малера на ближайший сезон стал протеже Бузони Густав Брехер. Чуть позже к герру директору присоединились итальянец Франческо Спетрино и ученик Цемлинского Артур Боданцки.

Творческое содружество Малера с Рихардом Штраусом активно продолжалось. Когда в 1901 году Штраус возглавил Всегерманское музыкальное общество, он первым делом включил малеровскую Третью симфонию в программу ближайшего фестиваля. Впоследствии сочинения Густава стали появлялись в программах концертов так часто, что некоторые критики нарекли это общество «Всемалеровским».

Густав продолжал отдавать всего себя работе, не щадя сил, которых с каждым годом становилось всё меньше. В директорские обязанности входило решение огромного количества текущих вопросов. Неимоверной самоотдачи требовали ежедневные репетиции, на которых Малер метался между пультом и сценой, по нескольку раз запрыгивая через контрабасы на помост. За это злобные оркестранты прозвали его «еврейской обезьяной». Немалых сил стоили руководство филармонией и управление ежевечерними спектаклями. Бывало, Густав лично обегал трактиры в поисках выпивавшего Эрика Шмедеса, чтобы оторвать его от стойки и притащить на репетицию.

Двадцать четвертого февраля 1901 года во время вечернего спектакля «Волшебная флейта» у Малера началось сильное кровотечение. Тем не менее он героически простоял всё представление, после чего его госпитализировали. Знаменитому венскому врачу Юлиусу фон Хохенэггу, учителю всемирно известного хирурга Ганса Финстерера, удалось купировать болезнь. Он прямо заявил пациенту: «Через полчаса было бы слишком поздно». Смерть, окружавшая композитора на протяжении всей жизни, унося родных и близких, впервые так близко подошла к нему самому. 4 марта в Вене состоялась третья, на этот раз успешная операция по излечению «подземного недуга», потребовавшая длительной реабилитации в городке Опатия, что на побережье Адриатики.

Последние события изменили Малера. Он осознал, что уже не молод, и если хочет успеть реализовать планы, то должен учитывать физические возможности своего организма. 1 апреля он отказался от управления филармоническим оркестром, а также стал просить администрацию оперы назначить ему помощника, которому смог бы передать часть своей нагрузки.