Греки не понимали странного диалекта, на котором говорили в Македонии, и вообще не считали македонцев эллинами. Последние для греков были неотесанными и полуцивилизованными варварами. Македонцы со своей стороны считали греков изнеженными и развращенными. И те, и другие не понимали, как фракийцы ходят в своих кожаных штанах.

Управлять воинами с ярко выраженными племенными различиями было достаточно сложно. Царь Филипп однажды был ранен в стычке македонских солдат с греческими наемниками и едва остался в живых.

Высшее командование армией осуществляли «царские соматофилаки» и военачальники — стратеги (strategoi). Армия была разделена на мойры (moirai — части), в особенности это разделение было выражено во время последних кампаний; во главе каждой мойры стоял свой стратег. Эти военачальники нередко отдавали приказы непосредственно отдельным отрядам, так что многими пехотными таксисами (laxeis) командовали не таксиархи (taxiarchoi), а стратеги. Среди высших военачальников выделялась группа гегемонов (hegemones) — выходцев из македонской аристократии. Офицеры использовали для перевозки своих вешей животных и рабов; судя по всему, у многих был собственный «обоз». Командование подразделениями было семейным делом. Многие подразделения возглавлялись представителями местной знати, правившей территориями, из которых были набраны воины. Возглавлявший таксис из Орестиды Пердикка, сын Оронта, происходил из царского рода, видимо из князей Орестиды. Когда Аминта, сын Аидромсна, находился в Македонии, его таксисом командовал брат Симмий. Другой его брат, Аттал, возглавил таксис после смерти Аминты. Солдатами, набранными из македонских крестьян, командовали уважаемые ими люди. «Новые люди», которых Филипп вводил в число личных гетайров, были не менее знатными, но отличались немакедонским происхождением. Их назначали на менее престижные командные посты. Так, два сына Лариха из Митилены, Эригий и Лаомедонт, фавориты Александра, руководили подразделением союзной конницы и комиссией по делам пленных варваров соответственно.

Руководство армией было централизовано. Царь лично определял распорядок жизни солдат, включая такие детали, как завтрак. Одним из основных сигналов был звук трубы. Труба звучала перед атакой и при отступлении, сигнал трубы был призывом к оружию, свертыванию лагеря, началу передвижения войск, он же сообщал о тревоге. Первым сигнал подавал трубач Александра, затем его повторяли трубачи подразделений. Представляется, что трубачи подразделений добавляли к общему сигналу особый опознавательный сигнал, как это происходит в современных армиях. Стража неоднократно сменялась в течение дня и ночи; существует свидетельство, что смена стражи также производилась по сигналу трубы. С другой стороны, это могла быть деталь римской военной практики, добавленная в повествование Курцием Руфом.

Империя Александра управлялась с помощью канцелярии, разделенной на отделения (среди которых было, например, казначейство). Ими, по-видимому, руководили царские грамматеи ( grammateus basilikos). Слово «царский» в обозначении чина вызывает ассоциации с царскими соматофилаками — и те и другие были начальниками высшего ранга в администрации и в армии соответственно. Военной канцелярией управлял Евмен из Кардии, который после смерти Александра стал одним из виднейших диадохов, боровшихся за наследие великого македонца. В источниках Евмен один раз называется «архиграмматеем», однако этот чин существовал в эллинистическое время и по отношению к Евмену вполне может являться анахронизмом.

Люди, служившие в канцелярии, хотя и могли быть также «личными гетайрами», имели, как правило, причины, мешавшие им занять командные посты в войсках — обыкновенно это было низкое происхождение или физические недостатки. Офицеры остальной части армии презирали канцеляристов. После смерти Апександра командир гипаспистов Неолтолем заявил, что он сопровождал царя с копьем и щитом, а Евмен — только с чернильницей.

Военная канцелярия располагалась в палатке «царского грамматея», который хранил копии всей военной корреспонденции и всю военную документацию. Основной армейской документацией были силлогисмы (syllogismous) — списки личного состава — и синтелеи (synteleas) — тетради с приказами. В них для каждого из множества разнообразных подразделений фиксировались численность, снаряжение, финансирование, подкрепления, а также нормы снабжения и производство по службе. Канцеляристами учитывались вооружение, доспехи, одежда, утварь и обозные животные, и военачальник всегда мог справиться о текущем состоянии дел для планирования своих действий. Стоит добавить, что отдельные подразделения не имели собственных складов, а все хранилось в централизованном обозе.

В случае надобности запасы делались в пехоте на уровне лоха, а в коннице — на уровне илы, которые с 331 г. до н. э. были переформированы в гекатостии (hekatostuas — сотни). На этом уровне запасами распоряжались гипереты (hyperetai), упомянутые только один раз у Диодора (XVII.109.2); в их руки были переданы для наказания заводилы мятежа. В эллинистическое время чин гиперета стал примерно соответствовать современному старшине. Для поддержания дисциплины и лучшего управления гиперет вел списки личного состава и тетради приказов и в целом помогал лохагам (bchagas) и илархам (ilarchos) управлять своими соединениями. Поднимаясь по инстанциям, собранные гипере-тами сведения в конце концов стекались в военной канцелярии царя.

Военная канцелярия была разделена на отделения; каждое из них управлялось грамматеем, который руководил несколькими эпископами (episkopoi — надзиратели). Нам известны грамматей конницы и грамматей египетских наемников, имевший в подчинении двух эпископов. Известно, что эпископов командировали из армии управлять войсками в сатрапиях. У грамматея конницы была самая тяжелая работа, поскольку в его обязанности входили поставка и восполнение потерь лошадей. Много лошадей гибло в битвах, кроме того, поскольку подковы не применялись, много животных терялось во время маршей. После битвы при Гавгамелах насчитывавшая 7000 всадников конница недосчиталась 1000 лошадей; примерно треть потеряли гетайры. Для восполнения потерь проводились реквизиции. Многие города и области платили подать натурой, в эту подать входила и поставка верховых лошадей для армии. Нам известен спор между могущественным аристократом Аминтой, сыном Андромена, и грамматеем конницы Антифаном. Аминта заявлял, что Антифан, «худший из людей», забрал у него 8 из Юлошадей, привезенных из Македонии.