Дипломатическая деятельность Бернадота была короткой. Уже через несколько месяцев за бестактность в проявлении своих республиканских убеждений в монархической Вене он был отозван во Францию и назначен командующим Обсервационной армией на Верхнем Рейне (1798).

В ходе кампании 1799 году Бернадоту удалось не только сдержать натиск превосходящих сил противника, но и нанести ему ряд поражений, в том числе овладеть крепостью Мангейм.

С июля по сентябрь 1799 года Бернадот занимал пост военного министра Французской республики, проявив незаурядные административные способности. Однако его тесные связи с якобинцами, отстраненными от власти летом 1794 года, отдельные группы которых он вместе с генералом Ж. Журданом пытался объединить в партию и возглавить ее, вызвали подозрение Директории. В результате Бернадот был снят с должности и уволен в отставку.

Перевороту 18 брюмера (9 ноября 1799 года) Бернадот не сочувствовал, но и не осмелился открыто выступить против него, да и возможности такой он не имел, находясь не у дел. Тем не менее сторонники Наполеона Бонапарта, пришедшего в результате переворота к власти во Франции, учитывая нелояльность Бернадота, включили его в список лиц, подлежащих изгнанию. Но Бонапарт, несмотря на свое негативное отношение к Бернадоту, все же вычеркнул его из этого списка. Такая странная, на первый взгляд, снисходительность первого консула к своему явному противнику объяснялась, видимо, прежде всего его уважением к корсиканским нравам и обычаям с их патриархально-родовым менталитетом. Поэтому немаловажную роль в судьбе Бернадота сыграла, по всей вероятности, его косвенная принадлежность к клану Бонапартов, заступничество свояка Жозефа Бонапарта и его жены (сестры жены Бернадота), не угасшее чувство Наполеона к когда-то любимой им женщине, ставшей женой Бернадота, а также тайный расчет Наполеона привлечь на свою сторону, хотя и строптивого, но талантливого генерала.

Таким образом, фортуна в очередной раз улыбнулась Бернадоту. Отставной генерал благодаря счастливому для него стечению обстоятельств сумел не только избежать жалкого удела изгнанника, но и вернуться на военную службу, продолжить свою так блистательно начатую военную карьеру.

Первый консул Наполеон Бонапарт назначил Бернадота командующим Западной армией и членом Государственного совета.

В 1800—1801 годах Бернадот подавил последние очаги восстания в Вандее и восстановил мир и спокойствие в этой мятежной провинции, до предела опустошенной за несколько лет ожесточенной гражданской войны.

Заглушив свою былую неприязнь к Бернадоту, Наполеон предпринимает активные усилия для привлечения этого человека в число своих ближайших сподвижников. В 1804 году он назначает Бернадота генерал-губернатором Ганновера, награждает командорским крестом ордена Почетного легиона и производит в маршалы Франции.

В 1805 году Бернадот получает Большой крест ордена Почетного легиона (высшая награда в наполеоновской Франции). В 1806 году Наполеон делает его владетельным князем Понтекорво.

Однако все эти почести и награды не изменили отношения Бернадота к Наполеону. В начале 1805 года до императора доходят слухи о враждебных высказываниях Бернадота в его адрес. Он рассматривает возможность удаления неблагодарного родственника из Франции путем назначения его послом в США. Но начавшаяся вскоре война с Австрией заставила Наполеона отложить реализацию этого замысла. Бернадот назначается командиром 1-го корпуса Великой армии.

В кампанию 1805 года Бернадот ничем особенным себя не проявил. Даже в решающем сражении под Аустерлицем он не участвовал в боевых действиях, возглавляя армейский резерв, который так и не был полностью введен в сражение.

В войне 1806—1807 годов Бернадот снова командовал 1-м корпусом. 14 октября 1806 года, в день, когда французская армия сражалась с пруссаками при Йене и Ауэрштедте, Бернадот умудрился уклониться от участия в обоих этих сражениях, за что подвергся гневу Наполеона, угрожавшего ему даже военным судом. Правда, затем Бернадот приложил немало усилий, чтобы как-то реабилитировать себя. Он организовал стремительное преследование остатков разгромленной прусской армии, в ходе которого взял штурмом город Галле, захватил много пленных и большие трофеи, а под Любеком принудил к капитуляции крупный отряд прусского генерала Г. Блюхера.

В кампанию 1807 года в Восточной Пруссии действия Бернадота также отличались противоречивостью. Он храбро сражался при Морунгене [13 (25) января 1807 года], но снова уклонился от участия в генеральном сражении с русскими войсками при Прейсиш-Эйлау [27 января (8 февраля) 1807 года]. Во время этой кампании Бернадот дважды был ранен (оба ранения пулевые — в голову и шею) и оставил армию еще до завершения боевых действий (в начале июня).

В 1807—1809 годы — генерал-губернатор Ганзейских городов в Германии. В войне с Австрией 1809 года командовал 9-м (саксонским) корпусом Великой армии и снова проявил себя не лучшим образом, а в решающем сражении этой кампании — при Ваграме (5—6 июля 1809 года) — вообще действовал крайне неудачно. Тем не менее это не помешало Бернадоту в целях саморекламы в приказе по корпусу объявить своих саксонцев, которые на одном из этапов сражения позорно бежали с поля боя, а заодно и себя, чуть ли не героями битвы. Узнав об этом, Наполеон пришел в ярость и публично отчитал Бернадота за нескромность и очковтирательство, а его корпус приказал расформировать. Лишенный командования маршал покинул армию и уехал в Париж.

В конце лета 1809 года французское правительство поручило Бернадоту сформировать и возглавить 30-тысячную Северную армию, предназначавшуюся для разгрома высаженного англичанами в Голландию крупного десанта. Однако Бернадоту (вступил в командование 15 августа 1809 года) не довелось проявить себя и здесь: англичане начали эвакуацию еще до подхода возглавляемой им армии. Как только опасность миновала, Наполеон в сентябре 1809 года сместил Бернадота с поста командующего армией и послал его генерал-губернатором в Рим (1810).

Пробыв в Риме несколько месяцев, маршал подал в отставку, которая Наполеоном была сразу же принята. Этому событию предшествовали следующие обстоятельства. В 1806 году войска Бернадота захватили в плен до 1,5 тыс. шведов. Рыцарское отношение к пленникам и их последующее быстрое освобождение Бернадотом очаровали шведов и принесли последнему большую популярность в Швеции. Это сыграло решающую роль в решении шведского парламента об избрании Бернадота наследником шведского престола при бездетном и безнадежно больном шведском короле Карле XIII. Наполеон, хотя и не был доволен таким выбором шведов, тем не менее не стал препятствовать отъезду своего маршала в Швецию, но сначала он приказал ему оставить французскую службу.

Вообще-то это было довольно странное соглашение для обеих сторон. Оно было инициировано шведами, стремившимися таким образом угодить всемогущему Наполеону (истинные отношения между французским императором и его маршалом оказались вне поля зрения шведов) и в благодарность за это рассчитывавших избежать нависшей над Швецией угрозы присоединения к континентальной блокаде, грозившей ей разорением. Наполеон же надеялся, что, отпуская своего маршала в Швецию, он приобретет очередного послушного вассала. Ни одна из этих надежд не оправдалась. Хотя вызванный к императору перед отъездом в Швецию Бернадот и отказался дать ему обязательство никогда не поднимать оружия против Франции, но вынужден был подчиниться категоричному требованию Наполеона сразу же присоединиться к континентальной блокаде и объявить войну Англии, что шло вразрез с национальными интересами его нового отечества.