Легко предположить, что книга Кательникова была воспринята православным духовенством как вызов и вместе с тем как еще одно свидетельство зловредности Библейского общества. «Рассмотрев дело о секте духоносцев, важной по обширным своим замыслам и приманчивой по свободе действовать согласно с желаниями и страстями, я с неизъяснимой горестью и удивлением заметил, до какой степени распространяется, даже между простым народом, не говорю, неуважение, но явное противление церкви, и какие ложные мнения рассеиваются, государь, о твоих намерениях! Нет сомнения, что зловредный раскол сей, как новая отрасль масонства, одолжен началом своим не России, но привезен к нам совсем обдуманный и принаровленный во всех отношениях к свойствам, обычаям и понятиям народа русского», — писал санкт-петербургский митрополит Серафим императору Александру I в послании от 11 декабря 1824 года. Ответственность за появление общины духоносцев митрополит Серафим возлагал на Библейское общество и просил императора прекратить его деятельность.

В конце 1824 года есаула Кательникова под конвоем доставили в Петербург. Здесь он содержался под арестом, но добиться от него признания вины не удалось. Согласно запискам адмирала Александра Шишкова, сменившего Голицына на посту министра народного просвещения, Кательников нисколько не испугался обвинительного синклита в составе Аракчеева, митрополита Серафима и архимандрита Фотия: «Вместо признания себя виновным, укорял их в незнании настоящей веры, презирал всякие угрозы, и, напротив, угрожая сам, говорил, что он рад погибнуть, ибо знает, что погибелью своей умножит ревность и число последователей». Аракчеев и митрополит Серафим предлагали оставить Кательникова в заточении до его смерти. Но архимандрит Фотий выступил против такого решения, которое могло привести к росту популярности узника совести, а следовательно, и дальнейшему распространению его учения. Фотий предпринял несколько бесед с есаулом, в которых показал пример любви к ближнему: если верить запискам Шишкова, архимандрит снимал вшей с грязной рубахи Кательникова и всякий раз, когда тот начинал браниться, обнимал казака со словами: «Вот ты сердишься, а я нет, ты на меня досадуешь, а мне тебя только жаль». Усилия Фотия возымели действие — Кательников смягчился, а затем признал свои убеждения ложными. Вот такие его слова Фотию сообщают записки Шишкова: «Я муж и отец. Предавшись пагубным внушениям и чтению злочестивых книг, я заразился ими, бросил жену и детей, не думал больше ни об них, ни о себе. Теперь возбудил ты во мне снова жалость к ним. Я отступил от веры, от добродетели, и достоин всякого наказания, но они бедные невинны и за меня страдают».

Хитроумный архимандрит Фотий торжествовал очередную победу. Раскаявшегося Кательникова отпустили обратно на Дон. Между тем учение духоносцев не исчезло и продолжало существовать без духовного лидера. Есаул, вероятно, тяжело переживал свое положение пророка-отступника. Сильным моральным ударом для Кательникова стало публичное объявление его отречения от прежних духовных идеалов, которое сделал атаман Алексей Иловайский 26 февраля 1825 года.

Донские власти продолжали преследовать духоносцев, вскоре арестовали дочь Кательникова Марью Кустову, которая была замужем за урядником Павлом Кустовым. В этих отчаянных обстоятельствах есаул вернулся к прежним религиозно-философским идеям, о чем заявил в письме атаману Иловайскому. Кательников угрожал начальству, что в случае, если не вернут свободу его дочери, он поднимет большое народное восстание: «Дело загорится в двадцати пяти городах, и не потушите». Кроме того, есаул возвратился к духовно-публицистической деятельности и, по словам Шишкова, «сочинил еще злейшую прежней книгу, в которой насмешливым и ругательным образом описывал простоту тех, кои поверили притворному его обращению в православную веру и отречению от своей».

Повторный арест Кательникова не заставил себя ждать, имперская власть всегда сильно беспокоилась, когда речь заходила о новой пугачевщине или хотя бы ее призраке. Осенью 1825 года Евлампия Кательникова доставили в Шлиссельбург, а спустя год отправили в Соловецкий монастырь. Здесь сломленный Кательников, лишенный есаульского чина и исключенный из списков Войска Донского, вновь раскаялся в своих убеждениях. Но это уже никак не сказалось на его жизни, которая завершилась 3 марта 1854 года. Донские духоносцы под давлением властей заявили об ошибочности учения Кательникова и полностью порвали с ним.

Историк Александр Пыпин с оттенком пренебрежения назвал донских духоносцев «деревенской интеллигенцией», полагая, что движение Кательникова являлось порождением своего времени, а значит, мистических увлечений императора Александра I и противоречивой просветительской деятельности Российского Библейского общества. Но не только это стало причиной появления донских духоносцев. Едва ли не большее значение имел отталкивающий образ православного духовенства, нравы которого были неприемлемы для глубоко религиозных людей, какими были Кательников и его сподвижники. Выдвинутые Кательниковым обвинения против священников станицы Верхне-Курмоярской, как показало следствие, были не напрасны: они признались в обирании прихожан и самовольных разъездах «по ярмонкам». Разрушение старой церкви являлось, по мысли Кательникова, единственным способом обрести свободу от подобных пастырей.

После религиозной войны 1688–1689 годов донские старообрядцы жили под присмотром властей, причем как духовных, так и светских. Опыт воронежского епископа Митрофана научил донское православное духовенство сотрудничать с государством. Постепенно различия между властью Войска Донского и российского правительства стирались, и со второй половины XIX столетия наказные атаманы стали надежными исполнителями царской воли и распоряжений военного министра.

Старообрядцы не считались представителями отдельной конфессии, власти воспринимали их как православных, которые отступили от истины и ушли в раскол. Староверческие общины на большей части территории Российской империи находились под контролем духовного ведомства, но в казачьих областях их управление было поручено войсковым властям. Так было на Урале (Уральское казачье войско), так было на Дону.

Считать, контролировать и обращать старообрядцев в православие или хотя бы в единоверие (старообрядцы, признававшие себя частью Русской православной церкви) поручалось донскому наказному атаману, с которого требовал отчеты военный министр. 11 июля 1867 года войсковой наказной атаман Александр Потапов получил предписание Военного министерства с пометкой «Весьма спешное». Потапов должен был как можно скорее доставить военному министру Дмитрию Милютину сведения за 1856–1867 годы «о числе раскольников мужского и женского пола, о числе различных сект, об ежегодном обращении в православие и единоверие, о числе совратившихся в раскол, о числе уголовных дел и преступлений, возникавших по раскольничьим делам». Потапов также должен был отдельно и подробно написать «о мерах, принимавшихся местною гражданскою и духовною властью против расколов».

Отчет был отослан в военное министерство 29 февраля 1868 года. Судя по его данным, численность донских раскольников мало изменилась за десятилетие с 1856 по 1866 год. В 1856 году старообрядцев-поповцев (то есть староверов, признававших необходимость священников для спасения души) на Дону было 61 387, а старообрядцев-беспоповцев, отрицавших необходимость священников («каждый христианин есть священник»), здесь постоянно проживало 5221. Спустя десятилетие донская община старообрядцев-поповцев несколько увеличилась и составила 66 875 человек. Примерно тем же осталось число старообрядцев-беспоповцев — 5815. Несмотря на усилия официальной церкви и массированную административную поддержку, случаи перехода староверов в православие были единичными. То же касается и обратного — перехода православных в староверие.