Приехав в Воронеж, Митрофан увидел печальную картину. Сердцем его епархии оказался обветшалый деревянный Благовещенский собор, по соседству с которым располагались кружечный двор, где торговали водкой навынос, и тюрьма. Временную резиденцию епископ назначил на постоялом дворе, но тут же разработал план постройки полноценного архиерейского подворья и достойного кафедрального собора. Однако главным делом епископа Митрофана стало, конечно же, не бытовое обустройство, а укрепление позиций официальной церкви на Дону. Биограф воронежского епископа священник Тихон Донецкий сформулировал такой список задач: «Положить твердое начало церковному чину там, где привыкли жить самочинно, выяснить в сознании пастырей и пасомых высокие истины веры и любви евангельской, показав их живой пример на себе самом, ограничить произвол донских казаков в делах церковного и монастырского управления и широкий разлив по всему краю раскольнических мыслей и движений, приобщить, одним словом, донскую окраину к церковно-гражданскому строю Московской Руси».

Действовал епископ Митрофан решительно: строил церкви, увеличивал численность клира в новой епархии, преследовал староверов и священников, замеченных им в недостойном поведении или образе мыслей. Последних Митрофан передавал в гражданский суд наравне со старообрядцами, чем вызвал недовольство патриарха Иоакима. Вскоре епископу удалось поднять нравственный и умственный уровень своего клира настолько, что с 1686 года из Воронежской епархии ежегодно два священника отправлялись в столицу донского казачества Черкасск, чтобы возвращать местных староверов в лоно официальной церкви.

2 августа 1683 года, Черкасск. Рано поутру в донскую столицу пришли три незнакомца странного вида: «Неведома какой человек, слепой, ростом средний, волосом черен, борода светлоруса продолговата, платья на нем кожан лосиный, рудо-желтый. Да с ним же пришли два человека, один ростом высок, волосом светлорус, бородка не велика, руса ж; другой ростом не велик, нос вскорос, волосом черен, борода кругленька, не велика, платья на них, кафтаны суконные, серые с белью» — так описывали пришельцев очевидцы.

Незнакомцы заявили, что являются посланниками царя Ивана Алексеевича (брата и соправителя Петра I) и прибыли с грамотой донским казакам от государя. Донцы созвали круг, и священник Василий прочел присланную грамоту. Ее содержание сильно взволновало казаков. В тексте, от имени царя Ивана Алексеевича, говорилось, что бояре открыто фрондируют против царской власти и отказываются подчиняться. Царь сожалел о казни Ивана Хованского — предводителя Стрелецкого бунта 1682 года и политического союзника старообрядцев. Завершалась грамота ругательствами в адрес патриарха Иоакима, решений Поместного собора 1681–1682 годов и исправленных по греческим образцам духовных книг. Государь призывал казаков идти на Москву для защиты истинной веры и династии.

Часть казаков была готова откликнуться на царский призыв и идти на Москву бить бояр. Но другая группа во главе с атаманом Фролом Минаевым отказывалась верить в подлинность грамоты и предлагала отправить в Москву посольство для подтверждения полученных известий. Речь атамана, в которой он объявил о сложении с себя полномочий в случае, если казаки решат идти на Москву, несколько успокоила страсти. Фрол Минаев разъяснял казакам, что своими действиями они не помогут, а навредят государям-соправителям: «Хотят де идти на государей своих, кто де их поит и кормит, и кто де их казаков, впредь станет жаловать таким многим жалованьем за их войсковую службу». По мнению историка Василия Дружинина, эти слова произвели сильное действие, казаки последовали совету Фрола Минаева и порешили отправить в Москву посольство (станицу).

Черкасск атаману Минаеву удалось удержать, но на Верхнем Дону казаки заволновались сильнее: открыто высказывали намерение идти на Москву, ругали бояр и патриарха. Ситуация изменилась после того, как на Дон прибыли представители российского правительства, которые объявили казакам, что грамота, вызвавшая так много споров, подделка. Фрол Минаев с группой именитых казаков предложили выдать на расправу троицу, которая принесла на Дон ложную царскую грамоту. Но другая часть казаков решительно этому воспротивилась. Здесь важно, что атаман Фрол Минаев и его промосковская партия выступали не только как противники старообрядцев, но и как отступники от традиционного казачьего права, выраженного в знаменитом «С Дону выдачи нет». Защитники же староверия одновременно стояли и за старинные казачьи заветы. Конфликт развивался в двух измерениях: старообрядцы против никониан и традиционалисты против лоялистов. Подателей грамоты-подделки круг решил не выдавать.

Такой расклад позволял старообрядцам по-прежнему рассчитывать на Дон как на укрытие от правительственных репрессий. Как заметил Василий Дружинин, «многократные царские грамоты о разорении раскольничьих пустынь оставались на Дону без исполнения». Не стоит думать, что старообрядцы были заняты лишь поиском безопасного пристанища. Получив относительную свободу на Дону, их проповедники стали вести активную деятельность в казачьих поселениях. Борьба продолжалась, и сторонникам старой веры нужны были неофиты-заступники. Старообрядцами из числа влиятельных донских казаков были Самойла Лаврентьев, Кирей Чурносов, Павел Чекунов, Лев Белгородец, Пахом Сергеев.