Казаки-староверы боролись за Дон, свободный от Москвы и в политическом, и в церковно-религиозном смысле. Кирей Чурносов предлагал план по формированию независимой церковной организации на Дону, которую должен был возглавить выборный патриарх. Но промосковская партия Фрола Минаева, заручившись военной поддержкой правительства, начала полномасштабную войну со старообрядцами, которая продолжалась на протяжении 1688–1689 годов. По словам историка Николая Мининкова, это противостояние стало «первой в истории донского казачества братоубийственной войной, когда дело доходило до поголовного истребления казачьих поселений самими же казаками». Казаки-старообрядцы проиграли, частью примирились, но остались на подозрении у победителей, а частью ушли на Кубань и Северный Кавказ.

Воронежский епископ Митрофан должен был вести духовную борьбу с расколом на Дону, именно этого от него ожидали в Москве. Но какую тактику выбрать? Вступать в публичные диспуты-поединки с духовными лидерами старообрядцев? Митрофан был свидетелем знаменитого спора о вере между старовером Никитой Добрыниным (Пустосвятом) и патриархом Иоакимом в Грановитой палате Кремля 5 июля 1682 года. Старообрядцы объявили о полной победе своего полемиста, и это сильно встревожило население столицы.

Публичные дискуссии были столь же опасны, сколь и эффектны. Митрофан решил действовать осторожно, но системно. Воронежский епископ руководил масштабной кампанией по дискредитации учения староверов. С этой целью он направлял на Дон своих лучших священников, которые снабжались специальной литературой — уветами на раскольников. Одним из наиболее известных произведений такого рода стал «Увет духовный» архиепископа Холмогорского и Важеского Афанасия, который также участвовал в споре о вере. «Увет духовный» содержал критику старообрядцев, которые, как сказано в заглавии произведения, «восташа на святую церковь и зле падоша». Митрофан перестроил повседневную жизнь донских монастырей, которые формально относились к Рязанской епархии или напрямую к Московскому патриархату, однако на деле подчинялись решениям казачьего Войскового круга. Воронежский епископ постепенно ликвидировал эту практику и уже спустя несколько лет после приезда в епархию полностью контролировал местные монастырские обители. В своих действиях Митрофан опирался на помощь и поддержку Москвы, подчеркивая в общении со столицей сложность условий, в которых он служил: «У нас место украинское и всякого чину люди обвыкли жить неподвластно, по своей воле». Это касалось не только донских староверов, но и остальной паствы епископа, среди которой находились любители пограбить церковь или пьянствовать в пост. Митрофан не стеснялся крутых мер: заковывал в кандалы, отправлял в тюрьму, отлучал от церкви.

Вкупе с военно-политическим давлением на донских староверов, такая тактика в конце XVII столетия позволила правительству и Церкви свести к минимуму влияние старообрядческих общин и укрепить позиции православия на южных рубежах Российского государства.

Воронежский епископ Митрофан был человеком переходной эпохи в церковной жизни. Он активно участвовал в преобразовательной деятельности Петра I: жертвовал на постройку кораблей, которые сходили с воронежских верфей, препятствовал бегству работников-корабелов. О значении усилий воронежского епископа говорит то, что после взятия Азова в 1696 году Петр I одному из первых повелел сообщить радостную новость Митрофану. Весь административный опыт Митрофана свидетельствовал о том, что в одиночку, без помощи государства, Церкви не справиться с многочисленными вызовами. Это вело епископа к идее тесного союза царской власти и церковной организации, которая подразумевала включение Церкви в систему государственных институтов. Такая модель была реализована в ходе церковной реформы Петра I, которая привела к коренному изменению структуры церковного управления и учреждению Святейшего синода как высшего института управления Русской церкви.

Воронежский епископ продолжал свое служение до 1703 года, когда 23 ноября на восемьдесят первом году жизни умер. На похороны приехал царь, который остановил священников, собравшихся нести тело Митрофана к могиле, и обратился к своей свите: «Стыдно нам будет, если мы не засвидетельствуем нашей благодарности благодетельному сему пастырю отданием ему последней чести, вынесем тело его сами».

25 июня 1832 года епископ Воронежский Митрофан был причислен к лику святых Русской православной церкви.

6 декабря 1812 года, Санкт-Петербург. Император Александр I утвердил доклад близкого к монарху вельможи главноуправляющего духовными делами иностранных вероисповеданий Александра Голицына. Доклад этот был посвящен вопросу об учреждении в Санкт-Петербурге Библейского общества, которое создавалось по образцу Британского и иностранного Библейского общества, начавшего свою активную деятельность еще в 1804 году. Цель Библейского общества была ясна — печатание и распространение Библии на различных языках. При этом библейский текст не сопровождался какими-либо комментариями с конфессиональным уклоном. Это был проект масштабного распространения «чистого» библейского текста. Александр Голицын убедил царя в благотворности учреждения Библейского общества, которое было способно принести Библию в каждый крестьянский дом, больницу, тюрьму, в каждый медвежий угол бескрайней державы Александра I.

Вскоре общество приступило к печатанию Библии на различных языках. Первыми стали тексты на финском, немецком и армянском, затем последовали издания «французской» и «русской» Библии. Издание Священного Писания на русском языке стало громадным культурным событием. Переводу способствовало покровительство Александра I. В заявлении Библейского общества 1816 года с восторгом говорилось о том, что император «сам снимает печать невразумительного наречия, заграждавшую до ныне от многих из россиян евангелие Иисусово, и открывает сию книгу для самых младенцев народа, от которых не ея назначение, но единственно мрак времен закрыл оную».

В первые годы существования деятельность общества пользовалась большой популярностью. Капитал Российского Библейского общества быстро пополнялся за счет благотворительности и добровольных пожертвований. Тиражи издаваемых книг быстро продавались по весьма умеренным ценам. Как отметил историк Александр Пыпин, «запасы, назначаемые для продажи, расходились иногда в несколько часов». Кроме Библии, общество со временем стало печатать религиозно-философские сочинения, которые принято относить к мистической литературе: «Тоска по отчизне» Иоганна Юнга-Штиллинга (1740–1817), «Блаженство верующего, в сердце которого обитает Иисус Христос» Иоганна Госснера (1773–1858) и другие подобные.

Общество распространяло влияние по всей территории империи Романовых и являло собой редкий на российской почве пример общественного интереса, гражданской инициативы. Распространение Священного Писания на русском языке сделало его доступным для понимания, а главное — самостоятельного толкования в крестьянской массе, среди мещанства, в кругу казачества. Близость божественного откровения провоцировала духовные искания, которые фокусировались уже не на особенностях обрядовой стороны какого-либо христианского исповедания, а вели к рефлексии о высшей религиозности, первоначальной необходимости «внутренней» церкви и, в конце концов, о личном слиянии с божественным духом.