Еще одним следствием деятельности общества стало развитие веротерпимости. Члены общества и его сторонники видели в униатах, протестантах, монофизитах, квакерах равноправных братьев-христиан. Толерантным становилось отношение и к староверам, что совершенно не устраивало консерваторов в Церкви и российском правительстве.

Растущая популярность общества и покровительство со стороны Александра I заставляли губернских чиновников и провинциальных дворян, многие из которых были очень далеки от искреннего согласия с целями Библейского общества, активно поддерживать его деятельность как дань монаршему увлечению. К началу 1820-х годов деятельность общества приобретает казенно-официозный характер, а в административном отношении оно держится только на благосклонности царя.

После 1812 года Александр I много размышлял о своеобразной концепции политического христианства. Историк Александр Пыпин пишет: «В мыслях императора носилась перспектива нового порядка вещей, который должен был состоять в господстве христианско-патриархального правления народами». Увлечениям императора соответствовали успехи Библейского общества и появление в России ряда влиятельных светских мистиков. Наиболее известными из них были баронесса Варвара Юлия фон Крюденер (1764–1824) и американский квакер французского происхождения Стефан (Этьен) Греллэ-де-Мобилье (1773–1855). Крюденер проповедовала идею мистического единения всех христиан и прославилась своими пророчествами. Особую известность ей принесло удачное предсказание побега Наполеона с острова Эльбы в 1815 году, которое обеспечило ей благосклонное внимание Александра I. Крюденер была вхожа в администрацию Российского Библейского общества, а ее брат барон Борис Фитингоф заседал в комитете общества. Проповеднице даже удалось убедить царя в необходимости предоставить германским пиетистам (религиозным группам, отрицавшим значение догматики и признававшим ключевую роль личного благочестия, постоянного живого общения с Богом) свободные земли в Новороссийском крае и Бессарабии. Немецкие пиетисты действительно организовали несколько колоний в Северном Причерноморье, но массового переселения не случилось.

Стефан Греллэ занимал видное место в столичном обществе и также снискал расположение императора. В 1818 году Греллэ путешествовал по Новороссии, стремясь изучить быт и особенности учения местных духоборов. Ему содействовала местная администрация в лице Андрея Фадеева, занимавшего тогда пост председателя Екатеринославской конторы иностранных переселенцев, который в своих воспоминаниях писал о Греллэ с большим уважением, как о человеке «истинно почтенном и благонамеренном». Вероятно, не последнюю роль в таком лестном отзыве сыграли рекомендательные письма от высоких покровителей квакера, которые опытный чиновник-карьерист Фадеев оценил по достоинству. Греллэ открыто рассуждал о преимуществах учения квакеров, в том числе об идее прямого и постоянного божественного откровения, о священстве каждого человека, что делало возможным женщинам получать чин священника.

В Петербурге ходили слухи, что император молился с квакером Греллэ. Филипп Вигель в «Записках» упоминал, что Александр Голицын «посещал богослужение различных раскольничьих сект, находившихся в Петербурге». Расцвет религиозной свободы при дворе Александра I шокировал некоторых видных сановников и церковных иерархов, которые составили оппозицию религиозному либерализму и его главному штабу — Библейскому обществу.

Смертельный удар обществу нанес один из любимцев императора Алексей Аракчеев. Дела Библейского общества Аракчеева волновали мало, его мотивом стала конкуренция с Александром Голицыным за внимание государя. Аракчеев видел, что у Библейского общества, возглавляемого Голицыным, много противников, а сама деятельность библеистов уязвима для разрушительной критики с консервативных верноподданнических позиций. Этим он и воспользовался, взяв в союзники влиятельного архимандрита Фотия. Последнего ничего не подозревавший Голицын считал сторонником и другом.

23 и 24 апреля 1824 года Голицын встречался с Фотием и во время этих визитов стал жертвой политической провокации. Фотий обратился к Голицыну с такой речью: «Умоляю тебя, Господа ради: останови ты книги, кои в течение твоего министерства изданы против церкви, власти царской и противу всякой святыни и в коих ясно возвещается революция». Голицын отвергнул все обвинения Фотия, который так описал реакцию министра народного просвещения: «С омерзением и злобой отвратился князь, побежал вон без благословения, хлопнув дверями».

Уже 25 апреля Фотий, при посредничестве Аракчеева, получил продолжительную аудиенцию у императора. Монаршее впечатление от фотиевского разоблачения «революционных» замыслов Голицына было сильным. Александр I не мог не поверить Фотию, ведь тот был преданным другом главы Библейского общества, к тому же архимандрит говорил царю, что якобы на протяжении двух лет пытался доказать Голицыну ошибочность его действий и призывал к исправлению содеянного, но безуспешно.

15 мая 1824 года князь Александр Голицын был отставлен с должности министра духовных дел и народного просвещения. После падения предводителя и потери покровительства императора деятельность Российского Библейского общества стала сворачиваться. Окончательно оно было ликвидировано при Николае I в 1826 году.

Летом 1824 года Алексей Аракчеев получил послание из Новочеркасска, в котором сообщалось о мистическом учении, получившем некоторое распространение на Дону. Адепты учения проповедовали пришествие трех «апокалипсических ангелов», возвестивших новую религию. Первый ангел — Библейское общество; второй — император Александр I; третий — князь Голицын. Согласно духовным произведениям этой религиозной группы, Александр I должен был «древнюю Христову церковь яко любодейцу истребить».

Во главе этого религиозного течения, получившего название духоносцев, стоял донской казак есаул Евлампий Кательников. Он был уроженцем Верхне-Курмоярской станицы. Его отец Никифор исправлял должность станичного писаря и владел грамотой. Во многом поэтому Евлампий Кательников получил хорошее домашнее образование и впоследствии стал известным донским интеллектуалом, автором исторического сочинения об истории и повседневности родной станицы. Кательников принял участие и в войнах, которые вела Российская империя в конце XVIII — первой четверти XIX века, в том числе в заграничном походе русской армии 1813–1814 годов.

Как отметил биограф Кательникова историк Николай Мининков, «перед есаулом открывались определенные карьерные перспективы». Евлампий Никифорович стал казаком известным: при штабе легендарного атамана Матвея Платова он исполнял обязанности письмоводителя. Казака знали и в штабе фельдмаршала Михаила Барклая де Толли. Но Кательников не стал продвигаться по службе и вернулся в родную Верхне-Курмоярскую станицу.

Будучи казаком-активистом, он периодически вступал в конфликты с местным светским и церковным начальством. В начале 1817 года Кательников стал настойчиво критиковать поведение детей священника Вонифатьева, которых есаул заметил в воровстве. Досталось и самому Вонифатьеву: его Кательников упрекнул в частых отлучках из станицы по торговым делам. 10 февраля 1817 года случилось прямое столкновение есаула и священника в станичной церкви, после чего на Кательникова были написаны жалобы и началось следствие. Кательников обвинял священников в корысти и лености: «Они не исполняют всех церковных правил, а молитвы в чтении разделяют на части для одних только грошов (денег. — А. У.)». Священники настаивали на неподобающем поведении есаула: «Вмешивался самопроизвольно в чтение и пение на крылосе (клирос. — А. У.) начал читать среди церкви без позволения и прежде времени молитвы на сон грядущих». Поначалу разбирательство складывалось в пользу Кательникова. Большое значение имело то, что есаула полностью поддерживали земляки — казаки Верхне-Курмоярской. Жалобу священников признали неосновательной, а Кательникова — человеком достойным и невиновным. Однако на этом дело не кончилось. За расследование конфликта взялась войсковая канцелярия, и ее приговор был уже совершенно не в пользу неспокойного есаула. Кательникова ожидал полугодичный арест и штраф в размере годового есаульского жалованья. Однако на деле Кательникова арестовали и отправили в Новочеркасск под надзор полиции только в 1821 году. Николай Мининков считает, что отсрочка исполнения приговора связана с покровительством Матвея Платова, который ценил эрудицию и ум Кательникова.