Последние иллюзии романтиков среди чекистов в этом вопросе пришлось развеивать директивами с самых верхов ВЧК. С 1921 года в ЧК появляются установленные планы по количеству осведомителей в рядах последних оппозиционных групп и партий. План строить работу ВЧК на совершенно новых принципах просуществовал очень недолго. Еще в июне 1918 года на конференции чекистов в Москве член коллегии ВЧК Евсеев предложил активно начать изучать оперативный опыт царских Департамента полиции и охранки, проштудировать их служебные инструкции и взять на вооружение их методы только в техническом плане. Тогда на Евсеева еще ополчились многие революционно-романтичные чекисты разного уровня: «Мы превратимся в охранку, от нас отвернется народ, к нам не пойдут прошедшие царские застенки большевики и рабочие и так далее». Но жизненная проза оказалась на стороне прагматичного чекиста Евсеева, в 1921 году директива на количество завербованных агентов уже мало кого возмущала в повзрослевшей и закаленной в крови ВЧК.

К тем же временам относится и знаменитая директива всем губернским ЧК из Москвы за подписью главы Особого отдела ВЧК Менжинского и начальника Секретно-оперативного отдела этой спецслужбы Самсонова о том, как важно опираться именно на секретных осведомителей, отбросив последние революционные сомнения в моральности такой работы или схожести ее с методами царской охранки. Менжинский с Самсоновым в этом циркуляре от подчиненных чекистов на местах требовали прекратить заниматься «мелочной оперативной работой, случайными ликвидациями контрреволюционеров», а сосредоточиться именно на внедрении секретной агентуры, важности которой в некоторых губернских ЧК все еще не понимают. Местным ЧК было приказано сосредоточиться на вербовке и внедрении тайной агентуры, на качестве осведомления, и все руководители губернских ЧК были обязаны в три дня составить план секретно-осведомительной работы в своей области. Гражданская война шла к концу, и на смену энтузиазму любителей щеголять в кожанке и расстреливать заложников должна была прийти сильная и профессиональная спецслужба, немыслимая без той же тайной агентуры и тонких оперативных комбинаций.

Уж на что я шутник, но и мне не до шуток,

Жутко в Питере, воздух в нем жуток.

Напряженность глухая на каждом шагу,

Всем нутром своим чувствуешь близость к врагу.

Д. Бедный, большевистский поэт

На фронте в остановке особого накала борьбы этого гражданского катаклизма, где, по словам их кумира Демьяна Бедного, большевики «всем нутром чувствовали близость врага», у ЧК часто были развязаны руки для действий любыми методами. Действуя так в своем тылу на подконтрольной советской власти территориях, ЧК не смущалась в средствах и на непосредственном фронте борьбы с белыми или иными антисоветскими формированиями. Здесь «красный террор», особенно в самую активную фазу Гражданской войны в 1918–1920 годах, свирепствовал вовсю.

«Красным террором» на фронтах Гражданской, помимо собственно ЧК, занимались и сами красноармейские части, и присланные сюда большевистские комиссары, и революционные трибуналы. Но в целом за ЧК оставалась главная координирующая роль в этом процессе. Все особые отделы в армиях (военная контрразведка) с 1919 года выведены из ведения «Военконтроля» армии и подчинены Особому отделу ВЧК, который в годы Гражданской войны возглавлял известный соратник Дзержинского Михаил Кедров, бывший военный врач и большевик-эмигрант. Кедров лично в 1919–1920 годах не раз выезжал на Западный, Южный и Северный фронты Гражданской, руководя действиями чекистских особых отделов красных частей. Как полагают, именно за увиденные им бесчисленные ужасы гражданской бойни и творимого под его руководством «красного террора» ЧК на фронте Кедрова затем настигла расплата сумасшествия, некоторое время он жил в состоянии совершенно померкнувшего рассудка. Да и в терроре обычных красных командиров и комиссаров решающее слово оставалось часто за особистами из ЧК. А так называемые войсковые части ВЧК, отряды ВОХР, специальные отряды ЧОН (Части особого назначения) при Красной армии и вовсе напрямую подчинялись чекистскому руководству. Отряды ЧОН были наиболее задействованы на фронте в операциях в духе «красного террора», действуя непосредственно в координации с ЧК, к тому же кадрово они тоже часто состояли из тех же бойцов чекистского фронта. Именно в таком отряде ЧОН, например, на Украине сражался писатель Николай Островский, литературный отец одержимого революцией героя Павки Корчагина.

Такой отряд ЧОН на Алтае возглавлял и будущий детский писатель Аркадий Гайдар. Именно им он командовал в свои юные шестнадцать лет, а не полком, как любили говорить в свое время советским школьникам, упрекая их в изнеженности и инфантильности. Причем Гайдар, гонявшийся по алтайским лесам за бандой атамана Соловьева, за излишнюю жестокость и бессудные расстрелы нескольких арестованных по подозрению в связях с соловьевцами позднее даже отстранен от командования отрядом, и по поводу его деятельности на Алтае сами чекисты некоторое время вели следствие. Эти походы Алтайского ЧОНа позднее вспоминал сам классик детской литературы Советского Союза, когда писал в своем дневнике: «Снились люди, убитые мной в юности». И именно эти всплывшие в перестроечные годы в архивах факты позднее позволили развенчать глянцевый культ «отца Тимура и его команды» в книгах, подобных «Соленому озеру» Владимира Солоухина.

Поняв в конце 1918 года опасность со стороны усилившихся белых армий и их накатывающих фронтов (а знаменитая карта «Советская республика в кольце фронтов» от 1919 года действительно впечатляет), советская власть на фронт бросила все лучшие кадры своей спецслужбы. В марте 1919 года ленинский ВЦИК даже приказал повсеместно вернуть на службу в ЧК тех членов партии, кто начал там работать, но был переведен на другие участки советской службы. С этого же времени начальниками губернских ЧК и особых отделов ЧК в красных войсках разрешено было ставить только лиц, имевших не менее двух лет партийного стажа в РКП(б).

В эти годы Дзержинский направил на фронты для руководства чекистской работой почти всех своих самых приближенных сотрудников из первого состава руководства ВЧК. Да и сам Дзержинский весной 1920 года был без отрыва от руководства всей ВЧК командирован на Украину для руководства действиями чекистов на Юго-Западном фронте по окончательному разгрому белых и повстанцев Махно, а также для создания сильной и полноценной ЧК на Украине. Здесь же, в Харькове, на Дзержинского белыми было организовано неудачное покушение в 1920 году. А еще до того в 1919 году у Дзержинского была командировка на фронт в Пермь, когда на Урале Красная армия быстро сдавала позиции наступавшему белому войску Колчака, когда колчаковцы гнали красные войска 300 километров и те смогли остановиться только уже в Удмуртии под Глазовом.

Яков Петерс долгое время был главой Туркестанской ЧК, где местный колорит и исламская религия еще долго затрудняли полное установление советской власти. Василий Манцев, бывший начальник следственного отдела ВЧК, возглавил ЧК на Украине, где прославился особенной жестокостью при «наведении порядка» на отбитых у Деникина, Петлюры и Махно территориях. На Южном фронте операциями ЧК заведовал Георгий Атарбеков, руководивший и партизанской борьбой союзных красным кавказских горцев в тылу белой армии Деникина. На Кавказском фронте – член коллегии ВЧК Карл Ландер, на Западном фронте против поляков – член коллегии ВЧК Филипп Медведь. Сюда же в качестве комиссара Западного (польского) фронта направлен Иосиф Уншлихт, вскоре возвращенный в Москву и вместо Петерса назначенный первым заместителем Дзержинского в ВЧК.