Мария надеялась на поддержку брата, и даже хотела назначить его наместником Шотландии. Но затем д’Уазель рассказал ей, что лорд Джеймс сразу же после встречи с ней направился в Париж к Трокмортону, а также о его регулярных отчетах Сесилу в Лондон по пути к Марии и обратно. Когда она узнала об этом, то отбросила идею о регентстве, но оставила в силе все остальные договоренности.

У Марии не было выбора, кроме как договориться со своим братом. В последние дни, проведенные во Франции, она пыталась понять, кто может стать ее главными советниками как правящей королевы Шотландии. Ей пришлось действовать вслепую и доверять только своим инстинктам. В конечном счете найти решение оказалось не так уж трудно. Лорд Джеймс уже возглавлял совет из двадцати четырех аристократов, который согласно Эдинбургскому договору являлся законным правительством Шотландии. Личное обаяние и выдающиеся дипломатические способности делали его именно тем советником, который требовался для достижения широкого согласия.

Мария понимала, что союз с лордом Джеймсом сопряжен с принятием его друзей в качестве советников. Самыми верными его союзниками были Уильям Мейтланд Летингтонский, государственный секретарь при совете аристократов, и Джеймс Дуглас, граф Мортон. Именно они составили ось, которая — благодаря путешествию лорда Джеймса в Сен-Дизье — определила политику первых лет правления Марии в Шотландии.

Самым мудрым из трех был Мейтланд. Он служил секретарем у Марии де Гиз, но в свое время переметнулся к лордам конгрегации, которые отправили его в Лондон в качестве своего представителя. Искренний и глубоко верующий протестант, он внес самый большой вклад в проведении через парламент закона о шотландской Реформации. Он тесно сотрудничал с Сесилом, в доме которого жил в Лондоне. Их дружба возникла отчасти на общих религиозных убеждениях, а отчасти из любви к классической литературе. В Англии Мейтланда называли «шотландским Сесилом», а в Шотландии — «Мак-Уилли», искаженное «Макиавелли». Оба прозвища нельзя назвать лестными, однако они свидетельствовали о его политической ловкости.

Самым опасным, но в то же время наименее изощренным был Мортон. Мстительный, грубый и жестокий, сексуально несдержанный — у него было четыре незаконнорожденных сына и одна дочь, — он отличался чрезвычайной алчностью и возвысился благодаря своим административным способностям и влиянию как главы рода Дугласов. При Эдуарде VI Мортон сидел в тюрьме в Англии, где познакомился с Реформацией и приобрел английский акцент. Он проявлял нерешительность в своей поддержке мятежа против Марии де Гиз, присоединившись к нему только после того, как убедился, что победа будет за лордами конгрегации.

Как только лорд Джеймс отправился домой, в Шотландию, уверенный в своем устойчивом положении, тут же началась борьба за должности. Мортон составил записку, в которой оправдывал свою роль в мятеже лордов и которую вручил Марии лично в руки его кузен Арчибальд Дуглас. Он обвинял других в «неверных сведениях», которые королева получила о нем. К несчастью, он сам же все испортил, попросив подтвердить его претензии на земли графства Ангус, которыми управлял от имени племянника, претендовавшего на оспариваемый графский титул. Мария проигнорировала его просьбу.

Следующим ей написал Мейтланд, предложив «верную службу» и пожаловавшись на «клеветников» и «сплетников». Перед лицом Марии он пытался оправдаться от обвинений в том, что служит Сесилу.

Мария отправила Мейтланду разъяснение, удивительно дальновидное и проницательное для восемнадцатилетней женщины. Она написала, что желает забыть прошлое и будет судить его исключительно по тому, насколько он верен ей сейчас. Мария честно призналась, что видит в нем «главный инструмент» всех «действий», направленных против нее, и советовала оборвать «тайные связи» с Сесилом. «Ничто, — сказала она, — не будет происходить в кругу нашей знати без того, чтобы Вы об этом не узнали или не дали свой совет. Не скрою от Вас, что, если после того, как я облеку Вас своим доверием, что-то пойдет не так, Вы будете первым, кого я обвиню». Ее письмо полностью объясняет, почему Мейтланд в течение следующих двух лет стал верным слугой Марии. Он трудился на ее благо гораздо усерднее, но все равно подстраховывался, отправляя копии писем Марии с нарочным напрямую Сесилу.

Лорд Джеймс и его союзники понимали, что Эдинбургское соглашение вскоре станет главным камнем преткновения в их взаимоотношениях с Марией. Последняя статья, об исполнении договора, требовала от нее ратифицировать и соблюдать все условия, и если этого не произойдет, то Англия имеет право в любой момент вторгнуться в Шотландию — и эта угроза была очень серьезной причиной для тревог. Чтобы устранить эту проблему, Мейтланд предложил новое соглашение с Елизаветой и Сесилом, согласно которому Мария откажется от немедленных претензий на английский престол и признает Елизавету Английскую законной королевой до конца ее дней. Это была более или менее откровенная сделка: в обмен на отказ от немедленных претензий на трон Марию признают «вторым человеком в королевстве». Она станет вероятной наследницей английского престола и унаследует трон в том случае, если Елизавета умрет, не оставив детей.

Мейтланд пытался добиться компромисса, несмотря на то что Трокмортон по-прежнему добивался от Марии ратификации договора в его первоначальной форме. Он утверждал, что результат будет таким же, как если бы она ратифицировала договор и признала бы Елизавету законной королевой Англии. Его идея состояла в том, что после соглашения с Сесилом Мария поедет домой, в Шотландию, через Англию. Она переправится морем из Кале в Дувр, где ее встретит шотландская делегация, откуда отправится дальше в Лондон, где сможет лично встретиться с Елизаветой и договориться об окончательных условиях. По мнению Мейтланда, такой разговор между королевами «принес бы нам спокойствие при их жизни».

После посещения родственников в Нанси Мария вернулась в Жуанвиль и Реймс, а затем в Париж, куда прибыла 10 июня 1561 г. Ее встретили с почестями и поселили в Лувре. И уже 18 июня к ней с визитом отправляется Трокмортон, чтобы снова попытать счастья. Но Мария отложила «окончательный ответ» до тех пор, пока не получит совета от своих лордов, что возможно только после прибытия в Шотландию. Она заверила посла, что это случится очень скоро и уже решено не тянуть с отъездом. К Елизавете же будет отправлен д’Уазель с сообщением и просьбой об охранной грамоте на тот случай, если шторм или болезнь заставят корабль Марии искать убежище в Англии. Других обязательств она на себя брать не желала.

Трокмортон оказался в затруднительном положении. Инструкции требовали от него убедить Марию ратифицировать договор — это было условием его возвращения в Лондон. Поэтому он решился на рискованный шаг, пойдя на открытый разговор с королевой. Отговорка Марии, что она должна получить одобрение лордов, прежде чем ратифицировать договор, сказал он, просто смешна. Ведь те самые лорды и составляли договор. На что Мария, увидев смену вектора в диалоге, тут же возразила, заметив, что в этом мире все меняется: «Когда я окажусь среди них, тогда и выясню, придерживаются ли они своего прежнего мнения».

Такой ответ не устраивал Трокмортона. Ситуация ухудшилась, когда в Лондон прибыл д’Уазель с просьбой об охранной грамоте. Подобные документы безо всяких препятствий выдавались дипломатам, но Елизавета наотрез отказалась гарантировать Марии и ее спутникам безопасный проезд по территории страны, пока шотландская королева не ратифицирует договор. На прямой вопрос, когда это произойдет, д’Уазель отвечать отказался, и это вызвало скандал.