Первые военные антибольшевистские акции Духонина не увенчались успехом. 2-я Кубанская дивизия, на которую возлагался захват Оршанского железнодорожного узла, придя в город, установила связь с местным военно-революционным комитетом и отказалась повиноваться Ставке. Ее командиру и практически всем офицерам во избежание солдатского самосуда пришлось срочно покинуть Оршу, в которой установилась власть большевиков.

1 ноября Духонин получил послание от Корнилова из Быхова. «Вас судьба поставила в такое положение, что от Вас зависит изменить ход событий, принявших гибельное для страны и армии направление, – писал Лавр Георгиевич. – Для Вас наступает минута, когда люди должны или дерзать, или уходить, иначе на них ляжет ответственность за гибель страны и позор за окончательный развал армии… Положение тяжелое, но не безвыходное. Но оно станет таковым, если Вы допустите, что Ставка будет захвачена большевиками, или же добровольно признаете их власть… Предвидя дальнейший ход событий, я думаю, что Вам необходимо безотлагательно принять такие меры, которые, прочно обеспечивая Ставку, создали бы благоприятную обстановку для организации дальнейшей борьбы с надвигающейся анархией».

На следующий день, 2 ноября, Духонин объявил приказом по войскам о своем вступлении в должность Верховного главнокомандующего. В своем первом приказе он писал: «В настоящее время между различными политическими партиями происходят переговоры для формирования нового Временного правительства… В ожидании разрешения кризиса призываю войска фронта спокойно исполнять на позициях свой долг перед Родиной, дабы не дать противнику возможности воспользоваться смутой, разразившейся внутри страны, и еще более углубиться в пределы родной земли».

Николай Николаевич понимал, что главную опасность для страны следует ожидать не столько со стороны фронта, сколько с тыла. Он считал себя обязанным поддержать Временное правительство, как единственный законный орган государственной власти. Для этого требовалось, прежде всего, прекратить беспорядки (так характеризовались революционные выступления) в Петрограде. 3 ноября Духонин приказал командующему армиями Северного фронта В. А. Черемисову сосредоточить в районе Луги части 3-й Финляндской дивизии и 17-го армейского корпуса для последующей их переброски в Петроград. Однако Черемисов проявил свойственную ему осторожность. Прежде чем выполнить приказ Верховного, он запросил по телеграфу начальника псковского гарнизона генерала Триковского о возможности движения эшелонов через Псков на север. Ему ответили, что псковский «гарнизон стоит на непримиримой позиции по вопросу передвижения эшелонов севернее линии станции Псков, усматривая в том развитие контрреволюции… Дальнейшие передвижения, хотя бы только в ближайшие дни, поведут к тяжелым последствиям… В настоящее время даже чисто стратегическое передвижение в районе Петрограда и его окрестностей невозможно».

Тем не менее попытки главкома сосредоточить войска вблизи Петрограда не остались не замеченными в Смольном. 4 ноября в Ставку пришла телеграмма из Петрограда, в которой указывалось, что единственной законной властью, перед которой несет ответственность Верховный главнокомандующий, является Совет народных комиссаров. Телеграмма требовала, «ограничившись вопросами по военной обороне, приостановить все продвижение войск внутри страны, непосредственно не связанное со стратегическими соображениями», и не производить никаких перебросок войск без санкции на то народных комиссаров. 5 ноября народный комиссар по военным делам Н. В. Крыленко потребовал от Духонина немедленно приостановить сосредоточение войск в районе Луги, не санкционированное новым правительством. «Не могу не указать, – предупреждал он главковерха, – что непризнание Вами органов созданной Советской власти и непринятие мер к остановке эшелонов возложит на Вас ответственность за печальные возможные результаты». Это была уже угроза личной ответственности Духонина за антибольшевистскую деятельность. Но осуществить ее, не дискредитировав предварительно генерала перед солдатскими массами, было сложно. Поэтому большевики предприняли очередной провокационный шаг, призванный ослабить власть Верховного главнокомандующего в войсках.

7 ноября Совет народных комиссаров приказал Духонину «обратиться к военным властям неприятельских армий с предложением немедленного приостановления военных действий в целях открытия мирных переговоров». При этом его обязывали непрерывно докладывать в Смольный по прямому проводу о ходе переговоров. Правда, акты о перемирии он имел право подписывать только с предварительного согласия советского правительства. Отдавая этот приказ, большевики понимали, что он идет вразрез с мнениями Верховного главнокомандующего и подавляющего большинства офицеров по вопросу завершения войны, которое было радикально противоположно настроениям солдатских масс. Отказ от переговоров должен был четко определить позицию Верховного главнокомандующего как антибольшевистскую, а, следовательно и «антинародную». После этого его без труда можно было бы объявить врагом солдатских масс и всего трудового народа.

Николай Николаевич осознавал сложность своего положения, и весь день 8 ноября провел в размышлениях. Поздно ночью в Ставке снова зазвонил правительственный телефон. Верховный был приглашен к аппарату. На другом конце провода от имени нового правительства Ленин, Сталин и Крыленко требовали доложить причины задержки переговоров о перемирии с германским командованием. Николай Николаевич повторил свои прежние доводы, добавив, что развалить фронт легко, но воссоздать его в короткие сроки будет невозможно. Он рекомендовал не торопиться с решением столь важного вопроса с тем, чтобы новое правительство лучше разобралось с ситуацией.

На другом конце провода не захотели прислушаться к доводам Верховного. Там судьбы фронта, Ставки и ее руководителя были уже предрешены. В конце разговора Духонин услышал, что он освобождается от должности «за неповиновение предписаниям правительства и за поведение, несущее неслыханные бедствия трудящимся массам всех стран». При этом его обязывали под страхом ответственности по законам военного времени продолжать ведение дел до прибытия в Ставку нового советского главковерха. «Когда мы шли на переговоры с Духониным, мы знали, что мы идем на переговоры с врагом, – писал Ленин, – а когда имеешь дело с врагом, то нельзя откладывать своих действий. Результатов переговоров мы не знали. Но у нас была решимость. Необходимо было принять решение тут же, у прямого провода. В отношении к неповинующемуся генералу меры должны быть приняты немедленно. В войне не дожидаются исхода, а это была война против контрреволюционного генералитета…»

Ночной разговор с лидерами советской власти Духонин расценил по-своему. Через несколько часов после его окончания он телеграфировал бывшему военному министру: «Из поставленных мной ребром вопросов и из полученных ответов я совершенно ясно увидел, что народные комиссары на свой Декрет о мире не получили абсолютно никаких ответов, их, очевидно, не признают. При этом условии они сделали другую попытку к открытию мирных переговоров через посредство главнокомандующего, надеясь на то, что со мной, как законной военной властью, будут разговаривать и противники, и союзники…»

О своей отставке он также имел вполне определенное мнение. В той же телеграмме он писал: «Я считаю, что во временное исполнение должности главковерха я вступил на основании закона, ввиду отсутствия главковерха. Могу сдать эту должность также в том случае, если от нее буду отстранен, новому лицу, на нее назначенному в законном порядке, то есть указом Сената… являющегося высшим блюстителем законности в стране, досель не упраздненным». Из данной переписки видно, что действия Духонина в тот период были вполне осознаны и опирались на нормативные акты, которые новая власть еще не успела официально отменить. При этом Верховного главнокомандующего трудно было доказательно обвинить в контрреволюции, особенно пока его власть еще распространялась на некоторую часть армии. Требовалось, прежде всего, лишить его этой власти, отняв ее руками самих же солдат.