Через своего друга Манчини Караваджо познакомился с адвокатом, который надеялся выиграть процесс и в предвкушении скорой победы заказал ему свой портрет. Художник с неохотой принял заказ хвастливого говоруна адвоката и дал согласие лишь бы уважить просьбу Манчини, у которого были какие-то дела с заказчиком. Несмотря на уродующее лицо отсутствие одного глаза, адвокат настоял на том, чтобы быть изображённым анфас, а не в профиль. Храня верность натуре, художник не стал возражать. Во время сеанса позирования Фариначчи не закрывал рта ни на минуту и многое поведал о нашумевшем деле, разделившем римлян на два лагеря.

Подавляющее большинство горожан сочувствовало двум несчастным женщинам, признавая справедливость и законность их мести. Свою защиту Беатриче Ченчи адвокат умело построил на том, что несчастная девушка неоднократно подвергалась изощрённым издевательствам и насилию со стороны родного отца.

По свидетельству Манчини, портрет удался, и заказчик остался им крайне доволен, несмотря на точно воспроизведённый уродливый шрам. Позднее работа оказалась в коллекции маркиза Джустиньяни, но затем её следы затерялись. С помощью своего адвоката Беатриче Ченчи отправила подготовленное письмо крёстному отцу кардиналу Пьетро Альдобрандини, умоляя его повлиять на дядю, чтобы он поверил в её невиновность в смерти отца-душегуба. Узнав о письме, папа Климент разозлился и потребовал от дознавателей ужесточить допрос обвиняемых, хотя к лицам дворянского происхождения пытки по закону не должны применяться. Вскоре опытные костоломы добились своего. Говорят, когда папе доложили, как корчилась и стонала Беатриче на дыбе, пока не призналась, он даже всплакнул. Папа часто пускал слезу, но один из хроникёров печатного листка «Аввизи», освещавший светскую жизнь двора и хорошо изучивший самого понтифика, как-то заметил, что надо смотреть не на лицо слезливого папы, а на его руки — они-то никогда не дрогнут при подписании смертного приговора. А таких приговоров за годы своего правления «сердобольный» Климент VIII подписал немало.

Процесс тянулся не один месяц, и вина подозреваемых в содеянном была доказана. Защита потерпела поражение. Самонадеянный Фариначчи не учёл главного — всё решали деньги, а не его познания в области римского права. После дорогостоящей поездки по городам и весям и в преддверии больших затрат в связи с празднованием Юбилейного года папу Климента меньше всего занимала несчастная судьба юной Беатриче и её братьев. Ему позарез нужны были принадлежавшие их покойному родителю недвижимость и крупные денежные вклады, замороженные в банке. Поэтому каковы бы ни были доказательства невиновности детей барона Ченчи, приводимые крючкотвором Фариначчи, всем наследникам был заранее уготован смертный приговор. На адвоката жалко было смотреть — бедняга чуть не плакал от досады, но признавать своё поражение никак не хотел, пока ему не дали понять, что для него будет лучше, если он успокоится и будет молчать в тряпочку.

День казни был назначен на вторник 14 сентября 1599 года. Рим гудел, как растревоженный улей. С утра улицы и площади были запружены народом несмотря на нестерпимую жару, принесённую сирокко. После дождливого лета природа взяла своё — сентябрь выдался на удивление жарким, и дышать было нечем. Личность убитого барона Ченчи не могла вызвать у римлян сочувствие. Их глубоко задела жестокость приговора его детям, в виновность которых многим не хотелось верить, поскольку в этой запутанной тёмной истории оставалось ещё много неясного и не раскрытого до конца.

Едва показались первые повозки с осуждёнными, как толпа пришла в неистовство и началась страшная давка, в результате которой оказались задавленными насмерть несколько человек, в основном дети и старики. А на одной из узких улиц под тяжестью сгрудившихся людей рухнули два балкона, чуть не придавив повозку, в которой везли закованных в кандалы братьев Ченчи. Они уцелели, но железной балкой перешибло хребет лошади. Дико заржав, она тут же издохла на мостовой, где остались лежать несколько раздавленных балконами в лепёшку бедолаг. Поднялся невообразимый переполох и началась паника. Подбежавшие гвардейцы, ухватившись за оглобли, оттащили повозку с двумя смертниками подальше от кровавого месива. Пришлось подождать, пока не привели и не впрягли в телегу новую лошадь, и двух братьев повезли дальше через людской коридор к месту казни.

Группа художников, среди них Караваджо, вернувшийся из Милана Онорио Лонги и недавно объявившийся в Риме болонский живописец Гвидо Рени, собралась на мосту перед замком Сант-Анджело, откуда хорошо был виден сооружённый из досок эшафот с подвешенным на раме тяжёлым топором mannaia. Позднее эту конструкцию страшного орудия казни позаимствовал и усовершенствовал французский врач Гильотен. Пришлось ждать более двух часов под палящим солнцем, пока папская гвардия на лошадях с трудом прокладывала путь для повозок с приговорёнными к смерти, преодолевая напор наседающей толпы. Когда эскорт добрался до места казни, то один из приговорённых, Джакомо Ченчи, уже был мёртв, не выдержав пыток калёным железом по дороге.

Первой на помосте появилась в чёрном одеянии жена покойного барона, дородная Лукреция — вернее, её силком втащили двое подручных палача, поскольку она лишилась чувств. Толпа не успела ахнуть, как голова женщины покатилась на помост, оросив кровью доски. Все в нетерпении ждали появления на эшафоте юной Беатриче. В глазах простого люда она выглядела героиней, осуждённой на смерть погрязшей в роскоши и разврате аристократической верхушкой, взрастившей и воспитавшей её. Простоволосая и босая, одетая в голубую тунику, подпоясанную грубой верёвкой вместо пояса, она медленно взошла по ступеням на эшафот и огляделась, бросив сверху взгляд на примолкшую толпу. Всем своим видом девушка выражала спокойствие, и ни один мускул не дрогнул на её лице. В толпе ближе к помосту многие стали на колени и принялись читать вслух молитвы. Отстранив рукой палача, Беатриче подошла к плахе. В этот момент она была незабываемо прекрасна и величественна. Склонившись, она положила голову на плаху, и, прежде чем с грохотом опустился топор, все стоявшие поблизости услышали её проклятие папе. Голубая туника окрасилась кровью, и палач высоко поднял отрубленную голову, держа за длинные волосы и показывая толпе.

В это время, перекрывая гул толпы, раздались звуки фанфар и появился гонец. Спешившись, он вбежал на помост и огласил высочайший папский указ о замене пятнадцатилетнему подростку Бернардино Ченчи смертной казни каторжными работами на галерах. Но этой нежданной милости Бернардино не услышал, поскольку при виде казни сестры впал в истерику и потерял сознание. Как потом рассказывали знающие люди, в момент казни неподалёку от эшафота в пустой церкви Климент VIII с несколькими приближёнными вёл поминальную службу по казнённым грешникам. Он жалобно причитал и всхлипывал, утирая слёзы, а покинул церковь в закрытой карете лишь после того, как толпа окончательно рассеялась.

Рим долго не мог прийти в себя после расправы над Ченчи. Но не прошло и месяца после казни, как был объявлен аукцион выставленных на продажу конфискованных земель и поместий казнённых. Как и ожидалось, победу на торгах по бросовым ценам одержали родственники папы. Вскрылись некоторые детали странного поведения Марцио Колонна в этом щекотливом деле. Непонятно, кем и за что был убит подчинённый семейства Колонна, работавший в те дни в злополучном замке. Но вскоре кардинал-викарий получил новое назначение в Неаполь, и пересуды о нём сами собой прекратились — внимание въедливых римлян переключилось на состоявшийся аукцион. Уже на следующий день после торгов у подножия статуи Паскуино появилось несколько разоблачительных пасквилей, в которых многим досталось, а особенно папе Клименту: