Франциск удостоверился, что его мать снабжена всем необходимым, и 15 августа 1559 года издал указ, повелевающий сделать жилище Екатерины «наиболее богатым и пышным, какое только возможно для вдовствующей королевы». Он положил ей годичный пенсион в 70 тысяч ливров и, среди прочей собственности, передал ей замки Виллеркотрэ и Монсо, а также герцогство Алансонское. Кроме того, король даровал матери право на половину всех платежей за утверждение должностей, феодов и привилегий с начала нового правления. Подчеркивая важность Екатерины, все официальные акты юного короля открывались словами: «К удовольствию королевы, моей госпожи-матери, а также, прислушиваясь к ее мнению, я повелеваю…» Мария комментировала в своем письме к матери в Шотландию: «Пожалуй, если бы король, ее сын, не был столь покорен ее воле, она бы вскоре умерла, что явилось бы ужасным несчастьем для этой бедной страны и для всех нас». Для того чтобы никто не забыл об ее тяжелой утрате, королева-мать выбрала новый девиз, заменив прежнюю радугу. Отныне ее эмблемой станет сломанное копье со словами: «Lacrymae hinc, hinc dolor» («отсюда — слезы мои и моя боль»). До конца жизни она отказывалась заниматься делами по пятницам — в день несчастного случая с Генрихом.

Екатерина оказывала новой королеве почет и уважение. Она передала Марии драгоценности Короны, присовокупив к ним те, что принадлежали лично ей. С невесткой она была безукоризненно вежлива, никогда не обращалась к ней иначе, нежели с добротой. Говорят, Мария в разговорах с людьми любила подчеркнуть, что происхождение свекрови куда ниже ее собственного, она всего лишь дочь купца. Если Екатерина и слышала подобные замечания, она предпочитала не обращать на них внимания. Но и не забывала. Кроме всего прочего, королева-мать выглядела куда более царственной в своих строгих черных нарядах, подчеркивающих вдовье достоинство.

Много говорилось о соперничестве между двумя женщинами, по крайней мере, о ревности со стороны Екатерины. Фантастические истории о том, как она пыталась удалить Марию — например, о попытке королевы-матери отравить собственного сына, чтобы избавиться от невестки, — не более чем романтические выдумки. Пока Екатерине удавалось сдерживать давление Марии на юного короля, она всегда была доброжелательна по отношению к юной королеве — по меньшей мере, при жизни сына. В Блуа, в первую зиму после смерти Генриха, обеих королев часто видели вместе, иногда они слушали проповедь в общей столовой зале или в часовне. Они также принимали вдвоем различных посетителей, вместе отдыхали, когда Франциск уезжал на охоту. Похоже, именно от свекрови Мария переняла любовь к интригам, хотя ее последующая карьера показала, что таланта в этой сфере ей развить не удалось. Материнские чувства Екатерины тоже играли не последнюю роль в отношениях с невесткой: покуда сын был счастлив с женой, королева-мать горячо пеклась о благополучии Марии.

Вынужденная принимать активное участие в делах государства, королева-мать по-прежнему оплакивала свою потерю. Она добросовестно отвечала на бесчисленные письма иностранных монархов, выражавших соболезнования в связи с трагической гибелью ее мужа. В письме к Елизавете I Английской Екатерина называет ее «Высочайшей и сиятельнейшей государыней, нашим добрым другом, сестрой и кузиной, королевой Англии». Благодаря Елизавету за «мудрые и добрые слова утешения», она пишет: «Утрата… короля… была столь недавней и столь ужасной, принесла столько боли, сожаления и отчаяния, что один лишь Господь, давший нам это испытание, может дать силы перенести его». Всего месяц спустя после смерти Генриха один посетитель так описывал горе Екатерины: «Королева иссушена слезами настолько, что это вызывает слезы у всех нас». Мария писала матери в Шотландию: «Она так переживала и столько страдала во время болезни прежнего короля, что, боюсь, как бы это не довело ее до серьезной болезни».

Вскоре после того, как было написано это письмо, появились слухи, которые впоследствии переросли в легенду о связи Екатерины с оккультизмом. Традиция утверждает, будто бы во время последнего приезда в Шомон перед передачей его Диане де Пуатье, королева-мать пожелала узнать судьбу сыновей и всей династии. Призвав Козимо Руджери, астролога и специалиста по черной магии, она попросила его применить свое искусство предсказания будущего. По свидетельству маршала де Реца, сына Екатерины Гонди, ближайшей подруги королевы-матери, Руджери установил в дальней комнате замка зеркало. Подобно волшебному зеркальцу из сказки, оно превратилось в экран, на котором по очереди проявились лица всех сыновей Екатерины, кроме Эркюля. Руджери сказал Екатерине: сколько раз каждое лицо промелькнет на экране, столько лет его обладателю предстоит править. Первым появился король Франциск: его лицо, едва различимое, мелькнуло в зеркале лишь один раз. За ним последовал младший брат, Карл-Максимилиан (впоследствии Карл IX), появившийся в зеркале четырнадцать раз, его сменил Эдуард-Александр (позднее Генрих III), чей призрачный лик проявился в зеркале пятнадцать раз. После Эдуарда-Александра проявилось и тут же исчезло изображение герцога де Гиза, а за ним явился сын Антуана де Бурбона Генрих, принц Наварры. Он действительно становился законным наследником трона, если роду Валуа будет суждено пресечься. Его образ мелькнул двадцать два раза. Екатерина, которая, после точного предсказания часа гибели Генриха, вряд ли сомневалась в способностях астрологов, не могла быть не поражена таким прогнозом.

Существует множество различных мнений о Екатерине и эпизоде с зеркалом, но насколько они справедливы, вряд ли можно судить. Когда Диана вступила во владение замком, то обнаружила множество оккультных предметов, включая начертанные на полу пентакли и другие зловещие указания на то, что королева-мать упражнялась в искусстве черной магии. Бывшая фаворитка, и раньше не любившая Шомон, никогда туда больше не возвращалась.

С первых дней правления старшего сына Екатерина мудро позволила всем политическим проблемам лечь на плечи братьев Гизов, оставив за собой драматический образ потрясенной горем женщины с детьми-сиротами — матери для всего королевства. Она знала, что в стране, раздираемой кризисами после гибели Генриха, строгие меры, необходимые, чтобы справиться с хаосом, сделают Гизов непопулярными. Не желая в глазах окружающих быть причастной к их методам и взглядам, Екатерина держалась в стороне, и всем оставалось только гадать: какова же ее истинная позиция. Даже если Гизы добьются успеха, они оттолкнут от себя определенные слои общества — ввиду своих радикальных религиозных взглядов, неудержимого честолюбия и растущего количества врагов. Екатерине казалось, что Гизам успеха не видать. Если бы Генрих продолжал править, наиболее насущными проблемами для него стали бы финансовый кризис королевской казны и религиозная реформа, угрожающая расколоть Францию. Останься он в живых, присутствие сильного монарха оказало бы сдерживающее влияние на враждующие группировки дворян и сохранило бы основы социальной иерархии нетронутыми. С его кончиной, однако, исчезла окруженная мистическим ореолом фигура сильного короля, помазанного на царство, под чьей властной рукой разрешаются все противоречия.

Екатерина могла только наблюдать, как кардинал Лотарингский борется за укрепление расшатанной экономики Франции. К началу правления Франциска II государственный долг составлял 40 миллионов ливров, в основном из-за войны в Италии и Северной Франции. Королевское содержание, составляемое налогами, упало до 10 тысяч ливров в год. Хуже всего, что большую часть долга требовалось выплатить немедленно. Гизы, начавшие новое правление с пышных даров многочисленным вассалам и выплаты собственных долгов, что не осталось незамеченным и не могло не сказаться на их репутации, теперь должны были найти выход. Кардинал решил вместо увеличения налогов резко сократить расходы, что и сделал в весьма жесткой форме. Королевские проценты с кредитов были сильно урезаны, пенсии — заморожены, магистраты и другие службы перестали получать жалованье. Французские солдаты, многие из которых еще возвращались из Италии, были демобилизованы без выплаты жалованья. У них были весьма существенные причины почувствовать, что их предали политиканы, отдавшие врагу завоеванные территории. Эти потерявшие иллюзии люди ныне были особо восприимчивы к идеям восстания. Впоследствии они вольются в ряды тех, кто будет убивать друг друга во время религиозных войн. Режим не терпел критики; любые протесты вызывали немедленные карательные меры. Кардинал Лотарингский, до той поры привыкший лишь к миру церковной, «шелковой» дипломатии, вскоре заявит: «Я знаю, что меня ненавидят». Обострялось религиозное противостояние, в то время как режим ужесточал меры против протестантов. Считается, что Екатерина обладала умеренными взглядами в отношении религии; на нее сильно влияли воззрения невестки, Маргариты, новой герцогини Савойской, а также других приближенных, симпатизировавших протестантам, но не являвшихся активными участниками Реформации. Многие поддерживали мягкую линию в отношении еретиков. Королева-мать получала жалобы и просьбы о помощи от главных деятелей протестантизма. Она сказала протестантскому пастору Франсуа Морелю, что постарается умерить преследование реформатов в обмен на обещание «не созывать собраний, жить скрытно и без скандалов». Однако она была не в состоянии спасти Анн дю Бурга, приговоренного к смерти перед кончиной Генриха. Дю Бург произнес пламенную речь в свою защиту, которая, как он знал, не могла изменить его участи, но позволяла выставить учение Кальвина в выгодном свете и придать ему самому ореол мученика. 23 декабря 1559 года его повесили, а затем сожгли на Гревской площади. Морель необдуманно прислал Екатерине гневное письмо, где говорилось: «Бог не оставит подобной несправедливости безнаказанной… и, раз Бог уже наказал последнего короля, понятно, что теперь Его карающая длань коснется королевы и ее детей». Не стоило пытаться таким способом добиться поддержки от Екатерины! Подобные выпады она воспринимала как вероломные оскорбления. Кроме того, она всегда подчеркивала, что ее предложение помочь вызвано лишь желанием избежать кровопролития и никак не связано «с истинностью или ложностью их доктрины».