Гизы продолжали сурово преследовать протестантов, что, как полагала Екатерина, не могло не разжечь пламени. Даже кардинал, зачинщик новых драконовских законов против еретиков, заявил Трокмортону: «Никто не испытывает такой ненависти к крайним мерам, как я». Несмотря на невозможность спасти Анн дю Бурга или облегчить участь реформатов, Екатерина поддерживала контакт с явными кальвинистами через своих друзей — умеренных протестантов. Правда, на тот момент ее руки оставались связанными. Хотя Екатерина не могла оказывать поддержку открыто, крайние кальвинисты получали помощь и защиту от других влиятельных лиц. Антуан де Бурбон был, несомненно, жалким типом, однако его брат Луи Конде являлся вдохновенной личностью, привлекавшей внимание. Конде разочаровался в брате и, движимый личными амбициями, фамильной гордостью, религиозными убеждениями и бедностью — ведь он был вторым сыном в семье — обнаружил, что новая религия предоставляет ему отличное поле для деятельности. Главное, от чего страдал Конде, было то, что, будучи потенциальным лидером оппозиции, он не обладал той легитимностью, которая была у его брат — первого принца крови, имевшего право претендовать на звание главы регентского совета.

Французское военное вмешательство против Англии в Шотландии обеспечило еще большую непопулярность Гизов. Когда Франциск стал королем Франции, он уже был королем Шотландии, благодаря женитьбе на Марии Стюарт, и вместе с женой претендовал на английский трон. К ярости королевы Елизаветы I царственная чета, подчеркивая свои притязания, выбрала для себя герб, объединяющий эмблемы Шотландии, Франции и Англии. В сентябре 1550 года Мария де Гиз, регентша Шотландии, столкнулась с восстаниями в своей стране, вызванными религиозной распрей и политической нестабильностью. Елизавета сделала все, что могла, дабы поддержать восстания на севере. Марию спасло от катастрофы лишь прибытие французских войск. Вся эта ситуация получила название «войны эмблем» с намеком на стремление Марии и Франциска присвоить себе английский герб. Екатерина, чьи намерения в отношении Шотландии были прямо противоположны намерениям Гизов, справедливо боялась, что французы пресытятся заграничными авантюрами, поэтому предпочитала вернуть войска домой. Эта кампания, по мнению королевы-матери, представляла угрозу интересам Франции.

Тем временем здоровье Франциска продолжало вызывать серьезные опасения. К осени 1559 года тяжелые приступы головокружения стали учащаться. Чувствуя, что вот-вот потеряет сознание, он пытался отогнать слабость, резко взмахивая руками и ногами. Кожа его покрылась фурункулами, лицо же, распухшее еще сильнее, чем прежде, было все в прыщах и нарывах. Хотя он заметно подрос со дня, когда стал королем, казалось, силы покидают его. В попытках хоть как-то справиться со слабостью он весь отдался охоте. И, в конце концов, слег с гнойным нарывом в ухе. Мучительная боль временами доводила его до помешательства. Екатерина призвала лекарей, которые посоветовали ей отправить короля в долину Луары, где в мирной обстановке он сможет поправиться. Она решила на зиму и весну забрать его в Блуа. Королева Мария тоже не отличалась крепким здоровьем, ее мучили головокружения. Периодически с ней случалась дурнота. Неудивительно, что семейство Гизов было весьма озадачено будущим династии Валуа-Гизов, ибо перспектива рождения здорового младенца — в особенности из-за деформации «секретных органов» Франциска — казалась маловероятной.

В начале осени 1559 года Мария ошибочно приняла очередные приступы дурноты за беременность. Она оптимистично облачилась в широкое платье — традиционное одеяние женщин, ждущих ребенка, но быстро сняла его, когда поняла, что беременность оказалась фантомной. Чахлость королевской четы не могла оставаться тайной. Кроме явных признаков телесной немощи, против них работало также типичное для XVI века отсутствие приватности: все процессы совершались на виду, и слухи об интимных проблемах широко циркулировали при дворе. Чем выше была ступенька на социальной лестнице, которую занимало то или иное лицо, тем меньше оно могло рассчитывать на уединение. Монарх почти никогда не оставался один. Совершенно нормальным считалось совершать элементарные акты гигиены в присутствии слуг и привилегированных придворных. Слугам часто платили за подглядывание за царственными господами; о состоянии постельного белья и других интимных моментах сообщалось послам или придворным, готовым платить за эту секретную информацию.

Помимо беспокойства о хвором сыне, Екатерину мучила разлука с дочерьми, Елизаветой и Клаудией (Клод), а также с невесткой Маргаритой, герцогиней Савойской, ибо все трое вышли замуж и покинули двор. Клаудия, герцогиня Лотарингская, уехала из Франции первой. Во время правления Генриха II ее муж, Карл III Лотарингский, воспитывался при французском дворе, где его держали в качестве гаранта лояльности старшего герцога. Брак Карла и Клод оказался счастливым и, так как их владения находились у восточной границы между Францией и Империей, пара часто наносила визиты Екатерине, впоследствии привозя к ней внуков. Екатерина, в свою очередь, часто ездила в Лотарингию, где прошли немногие из счастливых моментов ее нелегкой жизни. Герцог Карл был добрым, внимательным и очень любил свою тещу.

18 ноября 1559 года Маргарита Савойская с тяжестью на сердце покинула Блуа. Екатерине было грустно провожать сестру мужа. Ей будет не хватать не только близкой дружбы, но и разумных советов Маргариты. Она немало утешала Екатерину после смерти Генриха, много говорила о протестантах, настаивала на милосердии и понимании в отношении их веры. Маргарита, видимо, оказывала немалое влияние на религиозную политику Екатерины через Мишеля де Л'Опиталя, образованного юриста и гуманиста. Подобно Екатерине, он твердо верил: урегулирование отношений между государством и реформаторами религии возможно только мирным путем. Став канцлером в мае 1560 года, Л'Опиталь помогал королеве-матери выработать отношение к протестантам в дни грядущих религиозных волнений.

В тот же день, когда Маргарита Савойская отправилась в Ниццу к мужу, Екатерина со свитой покинули Блуа, чтобы сопровождать принцессу Елизавету до середины пути к ее мужу, Филиппу II. Екатерина всячески оттягивала отъезд дочери, затевая великие приготовления и медля со сборами, но наконец 18 ноября 1559 года королевский кортеж и последний обоз с вещами Елизаветы выехали из Блуа. Неделю спустя они достигли Шательро, где королева-мать и младшие дети провели мучительные часы прощания с сестрой, тринадцатилетней королевой Испании. Рыдания Екатерины были столь душераздирающими, что даже самые жестокосердые зрители не могли остаться равнодушными. Но вот последние «прости» были сказаны, и Елизавета, тоненькая, темноглазая, еще не достигшая брачного возраста, но не по годам рассудительная, в полном самообладании и без всякого волнения отправилась на встречу с мужем, дважды вдовцом, на двадцать лет старше ее. Екатерина поддерживала с Елизаветой самую энергичную переписку. Эти письма, полные советов, инструкций и придворных сплетен, дают некоторое представление о том, что творилось в уме и на сердце королевы-матери. Неспособная выразить свою привязанность физически, она, как могла, делала это в письмах. Многие из них, написанные ее собственным, почти неразборчивым, почерком, полны слухов и новостей. Письменный французский Екатерины оставался очень плохим, она писала, как слышала, часто совершенно неправильно, но зато в письмах сохранялся эффект живой речи королевы.