Слово взял Жан де Монлюк, сторонник королевы-матери. Он выразил взгляды Екатерины, когда спросил, как можно оправдать жестокость, с коей обрушились на реформатов, испытывающих «страх перед Господом и почтение к королю». Он продолжил, предположив, что при более мягких мерах страна скорее бы успокоилась и не нужны были бы радикальные перемены в правительстве. После нескольких дней жарких прений решили созвать Генеральные штаты в Фонтенбло 10 декабря 1560 года, а вслед за ними, через месяц — Собор духовенства, дабы решить проблемы религии во Франции и французской церкви. Папу Пия IV встревожила идея такого собора вне его контроля: он боялся, как бы это не стало шагом к созданию схизматической «галльской церкви». В целом члены совета просили Екатерину о снисхождении в отношении реформатов. Они надеялись, что смогут получить разрешение свободно исповедовать свою веру, по крайней мере не подвергаясь гонениям. Совет в Фонтенбло можно рассматривать как политическую победу Екатерины: ее позиции укрепились, что свидетельствовало о политической зрелости королевы.

Однако были и такие, кто смотрел на это заседание без особых надежд, все еще предполагая, что справиться с Гизами можно лишь путем активного действия, поставив Бурбонов во главе совета. Отсутствие некоторых лиц ясно дало понять: существуют люди, рассматривающие правление Гизов как незаконное. Параллельно с заседанием совета в Фонтенбло Антуан де Бурбон собрал встречу в Нераке, где велись разговоры, подогревающие определенные настроения среди поддерживавших его дворян. Монморанси, как считалось, поддерживал Бурбона, хотя сам был чрезвычайно осторожен, избегая обвинения в измене. В ноябре 1560 года приготовления гугенотов к военному противостоянию уже шли полным ходом, и Екатерина вынуждена была признать, что на оппозиционную партию не произвели ни малейшего влияния принятые решения о переменах и последующих встречах. Они верили: только военная сила поможет им избавиться от чужеземных принцев и освободить законного короля Франции от назойливого влияния ненасытных Гизов. Беда разразилась поздней осенью 1560 года, когда войска гугенотов атаковали главные города на юге и юго-западе Франции. Екатерина обратилась за помощью к Филиппу Испанскому и герцогу Савойскому. Гражданская война казалась неизбежной.

В тщетной попытке добиться расположения Бурбона, королева-мать послала ему от лица короля приказ присоединиться ко двору в Орлеане. Ему было велено привезти с собой брата, Конде, дабы последний мог объяснить свою деятельность, особенно в отношении организации незаконной армии. Екатерина распорядилась, чтобы отправленный к братьям Бурбонам посланец тонко намекнул им: о военных приготовлениях рассказал сам коннетабль. Фактически это было ложью, но возымело действие, разрушив доверие между Бурбонами и «коннетаблистами». Это также поставило принца перед необходимостью выбора. Занервничав, он рассудил: лучше не поднимать сейчас войска, а отправиться с братом ко двору. Как только пара появилась в Орлеане, Конде немедленно арестовали.

Арест принца крови был рискованным мероприятием, и Екатерина, конечно же, не желала видеть Конде приговоренным к смерти. Ей также было известно, что Гизы, игнорируя право Конде на суд высшей знати, желали видеть своего заклятого врага перед особым трибуналом, дабы поскорее избавиться от злополучного принца, что заставило бы его последователей перейти к открытому мятежу. Смерть Конде, таким образом, похоронила бы все надежды на мирное урегулирование вражды. Заседание суда открылось 13 ноября 1560 года, а 26-го Конде уже был обвинен и приговорен к казни, которая назначалась на 10 декабря. Двое поддерживавших Екатерину членов трибунала, Л'Опиталь и дю Мортье, отказались поставить свои подписи под документом, тем самым откладывая казнь, но ненадолго.

Как раз когда события зашли в тупик, король тяжело заболел. Уже 9 ноября с ним случился припадок и он потерял сознание, а спустя неделю — после охоты в особенно холодный день — он снова слег с жалобой на боль в левом ухе. На следующий день, однако, Франциск посетил торжественную службу в соборе Сент-Эньян в Орлеане, где, согласно обычаю, прикасался к золотушным. Бедный мальчик и сам-то выглядел настолько больным, что недужным было попросту невозможно поверить в его «исцеляющую» силу. Скорее всего они, наоборот, боялись заразиться еще сильнее. Слухи о заболевании короля проказой только усиливались, когда видели пятна на его коже и синюшно-багровый цвет лица. Во время вечерни того же дня с ним снова случился обморок, второй за последние два дня. После осмотра врачи обнаружили свищ в его левом ухе, который вызывал чудовищную боль. Они были бессильны облегчить муки короля, лицо его побагровело, нарывы проступили еще ярче. Тело отказывалось служить Франциску; зловонное дыхание свидетельствовало о внутреннем разложении.

Екатерина и Гизы находились при юном страдальце, закрыв остальным доступ к нему. Некоторое время его состояние удавалось держать в тайне. Вдобавок ко всему участники Генеральных штатов, созываемых 10 декабря — в тот же день, на который назначили казнь Конде, — уже начали прибывать в Фонтенбло, готовясь к открытой сессии. Их нужно было любой ценой держать в неведении относительно болезни короля. А тем временем больное ухо распухло, начался сепсис. Зловонные выделения из раны лишь раздражали и без того болезненную кожу. Юноша лежал в агонии, доктора предупредили королеву-мать — необходимо готовиться к худшему. Она всегда знала, что сын ее слаб: и врачи, и предсказатели пророчили ему смерть в молодом возрасте (Нострадамус утверждал, что старший сын Екатерины не достигнет восемнадцати лет). И теперь королева-мать беспомощно смотрела на то, как страдает Франциск, утративший даже дар речи. Она писала невестке Маргарите, герцогине Савойской:

«Я не знаю, как начать письмо к вам, когда подумаю об ужасной беде и несчастье, которое Господь соблаговолил ниспослать нам, после столь многих прежних лишений и несчастий, видя, как ужасно страдает от чудовищной боли король и мой сын. Я все же надеюсь, что Отец наш небесный избавит меня от этой муки и оставит его со мной… Ничто не спасет это королевство, если Господь не пожелает этого».

Встревоженные взгляды Гизов и их сторонников не могли долее укрываться от остальных, начали разноситься слухи, что король опасно болен. Сторонники Конде вздохнули в надежде на то, что в случае кончины короля их лидера, возможно, помилуют. Екатерина, между тем, должна была продумать, как поступать, если Франциск не выживет. Так как Карлу-Максимилиану исполнилось всего десять лет, его объявят малолетним и назначат регента до достижения им пятнадцатилетнего возраста. Генеральные штаты, скорее всего, захотят поставить регентом Бурбона, при этом у Екатерины останется еще меньше власти, нежели при Гизах. Она знала, что действовать нужно быстро, дабы предотвратить голосование. И тут Екатерина продемонстрировала свои способности к политическому манипулированию. Как только королю стало чуть легче (абсцесс прорвался, причем гной хлынул через рот и ноздри), королева-мать решила сделать неожиданный ход.

Она вызвала брата Конде, Антуана де Бурбона, к себе. Там, в присутствии Гизов, Екатерина с горечью обвинила его в подготовке восстания и распекала за изменническое поведение. Боясь быть приговоренным к смерти, подобно брату, Бурбон совершенно потерял голову и, отчаянно защищаясь, пообещал, в знак доброй воли, передать свое право регентства королеве-матери. Она заставила его подписать документ, подтверждающий это, и взамен пообещала сделать его королевским наместником, когда Карл взойдет на трон. Гизы — ныне боявшиеся за собственную безопасность, ибо расправились с Конде без надлежащего суда, — были подкуплены Екатериной, которая заставила умирающего короля подтвердить, что якобы это он, а вовсе не Гизы, велел арестовать Конде и приговорить к смерти. Екатерина затем попросила Гизов и Бурбона обнять друг друга в знак примирения. Этот ничего не значивший жест послужил символом «примирения» врагов и увенчал ее триумф. Взаимно уничтожив две враждебные ей партии, Екатерина вышла победительницей.