Скобелев добился ускорения перевозок. Грузы для строительства участка ширококолейной железной дороги от Моллакары до Кизыл-Арвата начали прибывать в Астрахань с 1 октября. Только в течение месяца поступило 87 000 пудов рельсов с соответствующим количеством скреплений, 15 паровозов, 275 товарных вагонов и 225 платформ. Для доставки этих грузов к месту строительства, как пишет С. О. Макаров, «было нанято до ста шхун, поднимающих от 10 до 30 тысяч пудов грузов». Прибывавшие в Красноводск грузы немедленно перегружались на каботажные баржи и отправлялись в Михайловский пост. Работы велись непрерывно днем и ночью. Для освещения ночных работ из Санкт-Петербурга были доставлены динамо-машины и электрические фонари системы Яблочкова.

Строительство железной дороги шло полным ходом. К 4 октября, за шесть недель, было уложено 22,5 версты пути и железная дорога дошла до Моллакары. В тот же день из Михайловского залива в Моллакару был отправлен «первый интендантский поезд с девятью вагонами, нагруженными провиантом». К 1 ноября узкоколейная дорога дошла до Балла-Ишема, а к 1 января 1881 года туда была проложена ширококолейная дорога. С 30 января ширококолейная дорога эксплуатировалась уже на протяжении 83 верст, от Михайловского залива до колодцев Айдин, а оттуда на 37 верст до станции Ахча-Куйма шла узкоколейная дорога. Далее все грузы перевозились на верблюжьих караванах.

Строительство Закаспийской железной дороги с целью материального обеспечения операции по овладению Ахал-Теке, безусловно, нужно расценивать как большую заслугу М. Д. Скобелева, решившего таким образом одну из сложнейших задач для того времени. Это был принципиально новый подход, который потребовал от Михаила Дмитриевича не только нестандартного мышления, но и постоянной борьбы с различными оппонентами, которые считали, что расходы на строительство железной дороги себя не оправдают. Говоря об этой дороге, даже личный друг и бессменный начальник штаба Скобелева, участник ахалтекинской экспедиции, А. Н. Куропаткин, писал: «По отношению собственно экспедиции эта дорога принесла только вред, ибо оттянула на себя массу перевозочных средств по Каспийскому морю, массу верблюдов, потребовала 1000 лошадей и корм для них…». Тем не менее железная дорога была построена, и операция, проведенная Скобелевым, прошла успешно.

После успешного штурма крепости Геок-Тепе она была отдана М. Д. Скобелевым на четыре дня «в пользование войск», то есть на разграбление. При этом в отношении трофеев им были установлены следующие правила, которые были отражены в особом приказе по Закаспийскому краю, в частности, в приказе № 77 от 3 июня 1888 года. В нем было сказано:

Отбитые у неприятеля верблюды, бараны и рогатый скот составляют военную добычу, которая распределяется приказом по войскам.

Вообще вся добыча, состоящая из кибиток, хлеба, дров и предметов, которые генерал Скобелев признает полезными для службы, считается казенным имуществом.

Лошади составляют собственность отбившего.

Кроме того, в кибитках и землянках, расположенных на территории крепости, было найдено большое количество «всякой домашней рухляди», в числе которой значились ковры, паласы, ткацкие станки, запасы шерсти, наборы посуды, женские украшения из серебра и полудрагоценных камней. Общая стоимость добычи, захваченной русскими войсками, оценивалась в шесть миллионов рублей. Вся она досталась воинам.

Европейцы видели в этом решении Скобелева лишь проявление ненужной жестокости. В частности, врач экспедиции Гейфельдер выразил свое «несогласие» с варварскими решениями Михаила Дмитриевича. Он заявил об этом Скобелеву, на что тот ответил:

«Вы этого не понимаете, любезный доктор. Это особенности азиатской войны. Если бы я не разрешил разграбления Геок-Тепе, то азиаты не считали бы себя побежденными. Разграбление и разрушение Геок-Тепе должны сопровождать победу, иначе они не считали бы это победой…»

Важно отметить, что многие русские офицеры также не считали решение Скобелева правильным. Прежде всего, это исходило от тех, кто уже поступил на службу на волне демократических реформ и называл всякие жесткие меры лишенными челевеколюбия.

Однажды, когда такой поручик начал стыдить своих солдат, грабивших текинские кварталы, Михаил Дмитриевич подошел к нему.

– Сколько людей, поручик, вы потеряли при штурме крепости? – спросил он.

– Девять, ваше высокопревосходительство, – ответил офицер.

– Вот и поедете к матери каждого из них отчитываться за то, что вы не сберегли их сына, – ответил генерал, а затем, выдержав некоторую паузу, добавил: – Но вы скажете, что он был героем. Привезете деньги, ковер, который никогда не видели в деревне, немного серебряной посуды… Я думаю, что вам будет намного легче, и вас уже не спросят о том, каким командиром вы были. Мне же нужно отчитаться о многих…

Мы с вами солдаты, господин поручик. Нам рассуждать не дано. Но весь спрос с нас. Подумайте о том, как нам ответить…

Правда, в последующем и иностранцы поняли правильность решений Скобелева. Они убедились в том, что азиаты не понимают полумер, и только сила может заставить их признать свое поражение. Полковник Н. Н. Гродеков писал: «Эту своеобразную психологию, вынуждавшую среднеазиатских воинов во имя требований Корана и военной чести даже после фактического поражения действовать, считая свой долг выполненным, я считаю анахронизмом. Однако с приобретением опыта местной войны, беседуя с пленными, они поняли эту своеобразную психологию. После поражения они смирялись с ним, считая свой долг выполненным. Не прими Скобелев своего решения, текинцы восприняли бы это как слабость, а его победу как полупобеду. Сопротивление продолжалось бы, приняв, скорее всего, очаговый характер.

В то же время М. Д. Скобелев сделал очень много для налаживания мирной жизни в крае. В этом случае он проявил себя как умный и тонкий политик, умеющий ясно и четко сформулировать свои политические принципы. В одном из своих приказов он писал: «Не сомневаюсь, что наступит время полной равноправности и имущественной обеспеченности для населения, раз и навсегда признавшего наши законы».

13 января по распоряжению М. Д. Скобелева был создан попечительский комитет, который занимался снабжением текинских семейств предметами первой необходимости «из запасов и имущества, оставленного неприятелем». Возвращение в свои дома семей поверженного противника Михаил Дмитриевич рассматривал как одно из самых действенных средств «умиротворения края». Затем, узнав от своих разведчиков и текинских парламентеров, что уцелевшие воины недавнего противника прячутся в песках и ждут своей участи, генерал направил «прокламацию к народам Ахала», в которой сообщалось, что «жизнь, семейства и имущество изъявивших покорность будут в полной безопасности». Признаком покорности считался приход текинца к русскому командиру и сдача им оружия.

Для окончательного умиротворения края было решено периодически во все стороны высылать небольшие «обходящие отряды», которые должны были обнаруживать в пустыне туркменские кочевья, вступать в контакт с их предводителями и всеми средствами «заверить их в прочности нашей власти, успокоить текинцев и пригласить их к сотрудничеству». В то же время Скобелев требовал, чтобы до полного умиротворения края кочевья передвигались только в строго отведенных им районах и периодически через парламентера докладывали о своем местонахождении. При этом войсковые командиры должны были следить за тем, чтобы эти кочевья не собирались в большие массы, появление которых могло свидетельствовать о подготовке текинцев к восстанию.