Скобелев считал, что для замирения края необходимо, в первую очередь, лишить влияния на кочевников руководителя сопротивления Тыкма-Сердара и его ближайших помощников, которые также постоянно разъезжали по пустыне, призывая текинцев к сопротивлению русским. Гнездом сопротивления стал город Мерв, откуда то и дело появлялись конные отряды, наносившие внезапные удары по русским войскам и коммуникациям. Узнав в очередной раз о выходе из Мерва таких отрядов, М. Д. Скобелев с войсками пришел в город Атек и, не скрывая этого, начал подготовку к походу на Мерв, что грозило разорением этого края. Среди мервцев начались разногласия: одни требовали оказать сопротивление русским, другие – начать мирные переговоры. Победили последние, и 27 марта Тыкма-Сердар сдался М. Д. Скобелеву.

Русский командующий делал все возможное для того, чтобы привлечь на свою сторону текинских старшин и простой люд. Особое значение он уделял привлечению на сторону Российской империи феодальной знати. Некоторые представители племенной верхушки из числа текинцев получили звания офицеров местной милиции. Пятеро из них прибыли в Петербург в качестве делегации туркменских старшин и были приняты царем и военным министром.

Работа среди старшин велась постоянно, так как по законам Азии их влияние на простых людей было огромным. В то же время эти люди, находившиеся под впечатлением недавней войны, на русскую службу шли крайне неохотно. Тем не менее прорыв в этом деле был осуществлен, и несколько старшин получили незначительные административные должности, а вместе с этим и видимые атрибуты власти – право носить холодное оружие. Вскоре после этого желающих поступить на русскую службу стало намного больше. Подобные действия Скобелева, направленные на формирование пророссийски настроенной национальной элиты, вскоре дали положительные результаты. Туземная знать также почувствовала результативность от этого дела; те, кто доказал свою лояльность к русским, принимались на службу правительством или им назначались пожизненные пенсии.

Важной составной частью военно-административной деятельности М. Д. Скобелева стала организация военно-народного управления Закаспийской областью. В состав местной администрации были назначены наиболее организованные, грамотные офицеры, склонные к административной работе, которые для ее выполнения получали самые широкие полномочия. Скобелев каждого из них подбирал лично. При этом он говорил: «В Азии нужно иметь как можно меньше русских чиновников, но те, что существуют, должны быть для местных жителей как полубоги».

При этом Михаил Дмитриевич делал все возможное для того, чтобы ослабить власть местного духовенства, которое традиционно относилось к русским недоброжелательно. Но делать это нужно было так, чтобы не обидеть религиозные чувства мусульман. Он начал издалека. Все земли, принадлежавшие духовенству, к которым широкие народные массы не имели никого отношения, были приписаны временно в казну до разъяснения права собственности. Постепенно эти земли возвращались духовенству, но только тем из них, кто на деле доказывал свою преданность России.

Прекрасно сознавая значение воды в пустынной местности, Скобелев приказал взять под контроль все имевшиеся источники (колодцы), которые затем постепенно передавались в ведение специально назначенных администраций мирабов – заведующих водой. Для руководства населением одного кочевья (кишлака) из числа наиболее лояльных стариков назначались аксакалы. Аксакалы и мирабы стали ключевыми фигурами российской власти на местах. Им назначалось государственное содержание в размере от 300 до 600 рублей в год. Но при всем этом Михаил Дмитриевич указывал, что «отношения между аксакалами общин и мирабами не должны быть определяемыми. Такое положение возбудит между ними борьбу, которая может послужить нам на пользу». Одним словом – разделяй и властвуй!!!

Несмотря на проведение откровенно пророссийской политики, М. Д. Скобелев также заботился и о местном населении. Им было разработано Временное положение о военном управлении в Закаспийском крае. С целью поддержания порядка среди туркмен часть спорных дел должна была разбираться аульскими (народными) судами. Но было определено, что «во всех решениях народного суда должны быть исключены наказания жестокие и бесчеловечные», как, например, забивание женщины камнями за неверность, отсечение руки за мелкое воровство и т. п.

Скобелев также много делал для того, чтобы хоть как-то уравнять в правах туркмен и русских. В одном из своих приказов он писал: «Со дня вступления моего в командование войсками, действующими в Закаспийском крае, я поставил себе в основание не только удовлетворять находящихся на службе туземцев всем положенным, но и совершенно сравнять их положение с нашим собственным, ибо в этом сила России в Средней Азии. Из рабов мы стремимся сделать людей, это важнее всех наших побед».

В то же время русскими властями текинцы были обложены налогом, размер которого М. Д. Скобелев определил исходя из привычных для туркмен законов шариата – одна пятая часть дохода. Все прочие налоги, которые ранее платило население в пользу местных старшин и мулл, были отменены.

Для улучшения продовольственных поставок М. Д. Скобелев решил воспользоваться улучшением российско-иранских отношений. На территории Ирана в городе Гермамбе был создан специальный магазин (склад), где оптом закупались продукты в Иране, и уже оттуда они поставлялись в Туркмению. При этом была исключена целая цепь перекупщиков и цены, естественно, упали.

Следующим шагом в административной деятельности М. Д. Скобелева стало медицинское обеспечение подконтрольного ему региона. Санитарное состояние войск и населения после штурма Геок-Тепе было плохим. Одна за другой в населенных пунктах и в гарнизонах вспыхивали эпидемии различных инфекционных болезней – тифа, цинги, дизентерии. Михаил Дмитревич приказал максимально ограничить общение с людьми, оказавшимися в районе очага инфекции. По всей территории были выставлены санитарные кордоны. В случае инфекции в ее очаг направлялись лучшие силы. Благодаря этому удалось в сравнительно короткий срок справиться и с болезнями.

Таким образом, М. Д. Скобелев показал себя грамотным и рачительным военным администратором на территории только что завоеванной им области. Предпринимаемые им меры в комплексе дали положительный результат. Закаспийская область вскоре перестала быть кровоточащей раной на теле Российской империи.

Правда, Ахалтекинская экспедиция для Скобелева, по утверждению некоторых, была только трамплином в «большой мир». Так, художник Верещагин вспоминал, как однажды перед началом Туркменской экспедиции он застал раз Михаила Дмитриевича в беседе с полковником Гродековым, которого он прочил для себе тогда в начальники штаба. Они были заняты тем, что «обсуждали права, которые им следовало выговорить для себя у Министерства иностранных дел на случай возможных переговоров с индийским правительством.

– О каких таких ненужных переговорах с индийским правительством толкуете вы? – удивился Верещагин.

– Как не нужно? А если мы дойдем до Индии! – ответил Скобелев.

Но, вполне возможно, это только слова. Столь значимые решения принимались не генералами, а о том, что в Петербурге строились планы похода в Индию, ничего не известно.