В начале девяностых Аслан Масхадов решил оставить службу в Литве и вернуться в Чечню. «Это было вызвано тревожной обстановкой в республиках Северного Кавказа: осетино-ингушский конфликт, конфликты в Чечне. В то время в Союзе был полный бардак: кто не хотел, тот не шел в армию, солдаты дезертировали. Но отец все сделал в соответствии с уставом: он направил письмо московскому командованию, где просил об отставке. Сначала был отказ, но отец настаивал, и ему разрешили. Друзья очень болезненно отнеслись к решению отца оставить службу. Я до сих пор поддерживаю отношения с некоторыми из них».

Масхадов был не аппаратчиком, но боевым командиром. С конца 1992 по 1993 год он возглавлял оборону так называемой Чеченской Республики Ичкерия, участвовал в рейдах против антидудаевской оппозиции в Урус-Мартановском, Надтеречном и Гудермесском районах. В декабре 1994 — январе 1995 года полковник Масхадов возглавлял оборону президентского дворца в Грозном, будучи первым заместителем председателя самозваного Государственного совета обороны ЧРИ и продолжая занимать пост начальника главного штаба. За проявленную доблесть получил из рук Дудаева звание дивизионного генерала и несколько орденов. Вполне солидный послужной список сделает из Масхадова первого претендента на пост президента мятежной Ичкерии. В книге «Мой отец — чеченский президент» Анзор Масхадов указывает, что у отца был большой авторитет, как среди военных, так и у гражданского населения. «Накануне 1997 года его товарищи пришли к нему со словами: «Мы хотим видеть тебя президентом нашей республики». Отец отказался по трем причинам: во-первых, он не хотел лезть в политику, во-вторых, он прекрасно осознавал, насколько будет тяжело восстанавливать республику после войны. И в-третьих, он знал, что начнется дележка власти, и не хотел в этом участвовать».

Семья была не против, и даже поддержала. «Думаю, что он изменил свое решение лишь после того, как осознал, что никто другой с ичкерийской стороны не готов взять на себя этот тяжелый груз. После того как в январе 1997 года его избрали президентом, он стал еще более требовательным, еще более строгим. Нам часто угрожали, меня хотели взять в заложники, отец говорил тогда: «Если тебя возьмут в заложники, я ни на какие уступки не пойду. Ты должен знать это. Поэтому постарайся быть осторожным». Таким он был человеком. Я его принципиальную позицию уважал и ценил», — рассказывает Анзор Масхадов.

Итак, 26 января 1997 года Масхадов побеждает на самостийных выборах президента Ичкерии, набрав 59,1 процента голосов, и сразу же устанавливает полудиктаторскую форму управления. Он занимает пост председателя кабмина и, оставаясь главнокомандующим всеми вооруженными силами республики, упраздняет пост министра обороны. Следующим шагом по укреплению власти Халида Масхадова (имя Аслан он сменит на более благозвучное для мусульман имя Халид) станет обращение к чеченскому парламенту с требованием наделить его особыми полномочиями — приостанавливать или отменять действующие на территории ЧРИ «нормативно-правовые акты, назначать и освобождать должностных лиц органов госвласти и управления», издавать «указы и распоряжения, не противоречащие суверенитету и независимости Чеченской Республики Ичкерии». Оторопевший было парламент скажет свое твердое «нет». Неспособность надавить на парламент еще аукнется ичкерскому президенту — полевые командиры посчитают это признаком слабости.

Под давлением исламской оппозиции во главе с Басаевым и Яндарбиевым в начале 1999 года Масхадов своим указом ввел «полное шариатское правление» в Ичкерии, приостановил законотворческую деятельность парламента и упразднил пост вице-президента. Член Академии наук Чеченской Республики, философ Вахит Акаев вспоминает, что указ о шариате Масхадов зачитал лично. В телеэфире он объявил, что высшим органом власти отныне является шура во главе с ним, Масхадовым. Сразу же после выступления по телевидению Масхадова в эфир вышел Басаев, заявивший, что «наконец-то Масхадов принял ислам, и он отныне не является президентом». Интересное по своей сути заявление, если учитывать, что он и до оглашения указа был мусульманином. Вероятно, Басаев хотел подчеркнуть, что неисправимый коммунист Масхадов имеет к исламу косвенное отношение, в отличие от того же Басаева, Удугова и остальных.

«Действительно, — продолжает Акаев, — в конституции Ичкерии такой политический институт, как шура, не был отражен. Встав во главе шуры, Масхадов сам лишил себя должности президента, фактически совершил государственный переворот, изменив форму государственного правления. Вместо светского правления, зафиксированного в конституции Ичкерии, он ввел шариатское правление, не предусмотренное в главном законе Ичкерии. Находясь в политическом конфликте с Масхадовым, Басаев создает собственную шуру — высший орган духовной власти. Тем самым переход к религиозному правлению в Чечне фактически привел к двоевластию. Басаев не скрывал своих притязаний на власть, во всяком случае, шариатское правление, объявленное Масхадовым, давало политическим экстремистам и религиозным радикалам в Чечне возможность установить религиозные порядки в расколотом чеченском обществе».

Тогда против указа полковника Масхадова выступил спикер парламента ЧРИ Руслан Алихаджиев, признавший несоответствие указа конституции Ичкерии. В свою очередь, верховный шариатский суд во главе с кади Батукаевым издал фетву, приостанавливающую деятельность парламента. Али-хаджиев поплатится за свой демарш: он был похищен бандформированиями и убит.

По словам пресс-секретаря Масхадова Майрбека Вачага-ева — и это очень похоже на правду, — шариатское правление было введено, чтобы «выбить «религиозную карту» у ваххабитов, обвинявших Масхадова противником создания исламского государства». Иными словами, получалось, что введенное им шариатское правление делало президента духовным лидером чеченской нации, а одиозные полевые командиры больше не могли выражать неудовольствие своим амиром. Но это если бы все прошло гладко — в действительности получалось иначе.

«С нашей точки зрения, — рассуждает Вахит Акаев, — Масхадов осознанно шел на замену светского социально-политического устройства в Чечне на исламско-шариатское правление. Совершив такой шаг, Масхадов не смог успешно вести игру на поле оппозиции, так как ни он, ни общество не были готовы для этого. Он толком не знал ни правил этой игры, ни ее сути. Масхадов не сумел перехватить инициативу у исламистской оппозиции во главе с Басаевым, которая ставила цель создания объединенного исламского государства Ичкерии и Дагестана. Летом 1999 года религиозно-политическая оппозиция во главе с Басаевым предприняла попытку устранения с должности Масхадова. Басаев и Хаттаб, разоружив охрану Масхадова, ворвались в его кабинет с целью принуждения его добровольно отказаться от должности президента. Решительное противодействие Руслана Гелаева предотвратило переворот в Ичкерии. В связи с попыткой переворота в Грозном возник антибасаевский митинг, на котором присутствовало более 15 тысяч человек.

Митингующие демонстрировали поддержку Масхадова и предлагали ему начать решительную борьбу против ваххабитов. Однако, даже имея поддержку от населения, он не решился принять меры против оппозиции, а Басаев и Хаттаб не рискнули на переворот в Чечне. Впрочем, оппозиция не желала отказаться от плана переворота в Дагестане. Для его реализации в начале августа 1999 года Хаттаб, Басаев и подконтрольные им военные группировки под предлогом оказания помощи окруженным ваххабитам Кебедова вошли в Ботлихский и Цумадинский районы Дагестана. Некоторые эксперты считают, что эта акция была якобы поддержана Масхадовым. С нашей точки зрения, она была проведена вопреки мнению руководства Ичкерии. Это подтвердил и Гелаев, выразивший резкое недовольство провокационным походом Басаева и Хаттаба в горный Дагестан. Отвечая Гелаеву на осуждение своих действий, Басаев заявил, что его дагестанские «братья-мусульмане» заверили в том, что в случае прибытия боевиков из Чечни их поддержат дагестанские джамааты».