Вернадский, получив это признание, помчался на дачу Старицких. Они гуляли, разговаривали несколько часов. 20 июня 1886 года Вернадский получил согласие на брак, и уже 3 сентября 1886 года они поженились.

Хотя Вернадский с друзьями в своем «Братстве» и не одобряли ношения фраков на увеселительные мероприятия и прочих расточительств, на свою свадьбу Владимир фрак надел. Теперь Вернадский уже не думал о продаже имения. Он поехал в Тамбов и продлил аренду.

Несмотря на то что все мысли Вернадского были поглощены Натальей Егоровной, он принимал участие в общественной жизни. Часто Вернадский устраивал у себя на квартире заседания Совета объединенных землячеств, председателем которого был. На этих заседаниях присутствовал Александр Ульянов, старший брат Владимира Ильича Ульянова, в будущем известного как Ленин. В 1886 году он не только организовал «Террористическую фракцию» партии «Народная воля», но также активно занимался научной деятельностью, а именно получил золотую медаль за научную работу по зоологии беспозвоночных, вступил в студенческое Научно-литературное общество и был единогласно избран его главным секретарем.

Однако все заседания, происходившие в квартире Вернадского, интересовали молодого Ульянова отнюдь не в научных целях. Он использовал эти встречи, чтобы под видом землячества собрать единомышленников и обсуждать свои радикальные способы расправы с царем.

Однако Ульянов все же беспокоился о репутации и безопасности своей научной компании. На какое-то время, чтобы отвести от Вернадского и остальных малейшие подозрения в том, что студенты – члены НЛО или Совета объединенных землячеств могли быть причастными к его революционным делам, Ульянов оставил должность секретаря НЛО. Но тем не менее скандала не удалось избежать.

1 марта 1887 года охрана царя задержала Ульянова с его компанией революционеров и обнаружила у них бомбы. Министр народного просвещения приказал ректору закрыть Научно-литературное общество как «рассадник вольномыслия». Но на этом все не закончилось. Перед арестом Ульянов оставил у Сергея Ольденбурга ящик сырья для взрывчатки. Не дожидаясь обыска, Ольденбург с Вернадским вывезли ящик на лодке по Неве и утопили.

Вдруг на имя Вернадского поступил донос, и, хотя полицейские ничего не нашли, их подозрения относительно Владимира только усилились.

Министр народного просвещения И. Д. Делянов неофициально предложил Вернадскому подать в отставку, что могло означать конец университетской карьеры, если бы не влиятельный тесть-сенатор. Он поехал домой к министру и все уладил.

Карьера была спасена, но все же Вернадскому стоило на какое-то время уехать из столицы. Докучаев предложил Вернадскому летом поехать на средства Вольного экономического общества исследовать фосфориты Смоленской губернии.

10 июня 1887 года в письме Наталья Егоровна интересовалась у мужа, как он относится к тому, чтобы зажить совместно с Гревсами, их товарищами по «Братству». Владимир был настроен вполне положительно: «Не то, чтобы я видел в этом что-нибудь особенное, нечто в виде следствия идеи братства и т. п. – вовсе нет, а потому что это будет во многом лучше и удобнее. Я думаю, что люди должны в конце концов жить по-братски, более близко друг к другу, чем теперь живут, но я не могу совсем заметить подобных последствий братства в жизни Гревсов с Ольденбургами. Это просто две семьи, более дружные между собой, которые зажили вместе; в семьях родных или близких мы встречали подобное сожительство всегда, и мне кажется неверным, что Сергей выставлял подобную жизнь как нечто совсем особенное, страшно важное, исполнение идеи братства на деле. Такое увлечение кажется мне крайне вредным, так как оно суживает идею братства и прививает ему все дурные стороны секты или семьи. Не в соединении одного, другого, очень близких друг к другу семей, а в отсутствии семейного эгоизма, в отсутствии противопоставлений интересов чужих семей, чужих лиц – интересам своей семьи состоит настоящее братское чувство. Братство должно охватывать возможно больше людей, оно должно развивать чувство терпимости к другим людям, должно развивать стремление находить в них хорошие стороны и не отталкивать, не бросать комком в человека, с которым приходится встречаться и с которым не вполне соглашаешься».

Однако он был против того, чтобы Наталья Егоровна ухаживала сразу за несколькими детьми – за своими будущими и за Машей Гревс, которой скоро предстояло идти в школу. Владимир опасался за здоровье жены. Еще его мучили сомнения по поводу воспитания детей. Он не верил в педагогические способности Гревсов. «Итак, я боюсь, следовательно, главным образом непосильной для тебя работы, вредной для твоего здоровья или, если для здоровья не вредной, то такой, которая тебя будет утомлять до такой степени, что больше ты ничем, никаким делом заниматься не будешь в состоянии – а это для меня тоже очень и очень будет тяжело и вообще очень нехорошо». Он ставил условие, что квартира должна была располагаться не очень высоко, чтобы его уже престарелой матери было возможно навещать внука или внучку, когда Анне Петровне захочется. Он считал жестоким лишать будущую бабушку такого права. «Относительно совместной жизни я не знаю, как на это посмотрят мать и сестры, да, правду сказавши, это мне все равно – это наше личное дело, и я думаю, что никаких особых разговоров об этом не будет, а если и будут, ни к чему они не приведут, и я ни в каком случае не считаю себя вправе допустить их вмешательство в нашу чисто внутреннюю жизнь», – писал он жене. Он понимал, что в такой большой семье придется содержать как минимум несколько слуг, и это казалось ему гадким. «Я вполне сознаю массу хороших сторон такой жизни и искренне хочу ее; я думаю, что все дурные стороны прежней жизни Гревсов с Ольденбургами можно побороть, и одно из них прямо в нашей воле – это излишняя трата времени на болтовню, но это, надеюсь, удастся устроить лучше».

В 1888 году в письме из Мюнхена он снова размышлял над идеей «Братства» и пришел к выводу, что нельзя разочаровываться в ней, нельзя сомневаться в Приютине – потому что это идеал, к которому надо стремиться. «Теперь каждая семья живет только личной жизнью, но братство есть соединение семейной жизни целого ряда семей с сохранением индивидуальной семейной формы». Он был убежден в успехе этого великого Дела: «Мы все тесно связаны, для нас ясно, что мы такими и останемся, и в этом наша сила – пусть отпадут иные, но все-таки многие останутся, и провести хоть часть, чего хотели, мы сможем, если у нас останется искренность, найдется достаточно смелости и широты мысли и чувства, а я уверен, что найдется».

Вернадский подумывал о том, чтобы создать в Вернадовке новое Приютино, но этому не суждено было случиться. Вместо этого он примерил на себя роль самостоятельного помещика. В июне 1886 года он писал жене: «Еще недавно я почти был уверен, что буду земским деятелем, и я только мечтал о том, чтобы продать землю здесь и купить себе что-нибудь поюжнее, в Малороссии, – обстоятельства сложились иначе, хотя, может быть, и можно будет через несколько лет устроить что-нибудь подобное, получив кафедру в одном из южных университетов». Говоря о продаже земли, Вернадский имел в виду продажу целому крестьянскому обществу. Аренда отдельному лицу представлялась для него промежуточной мерой. В деревне крестьяне нуждались в земле. Вернадский начал сдавать 146 десятин паровой земли крестьянам по небольшим участкам – их разобрали у него всего за один день. Он предложил очень невысокую цену – 10 рублей против 15 стандартных, но земли не хватало настолько, что крестьяне умоляли Вернадского найти им еще участки на продажу, даже по максимальному ценнику.