Вернадский всегда придерживался мнения, что только образование способно изменить жизнь народа к лучшему. В письмах жене он размышлял о том, что грамотность и культура смогут дать народу демократические права. Он считал совершенно неправильной свободу родителей не давать образования своим детям, а особенно девочкам. Вернадский был уверен, что все должны участвовать в государственном управлении, а для этого с детства надо учить человека политическим идеям. «А это участие, несомненно, может быть сознательным только при владении всеми гражданами грамотностью и известным minimum'ом образованности. Иначе демократизм будет лишь на словах, и всегда будет сильная возможность всяких царизмов и т. п. В возможно быстром и полном проведении обязательного обучения я вижу один из краеугольных камней прочности демократического строя».

Летом 1893 года он писал, что есть единственная возможность повсеместно распространить образование – это возвысить массы, сделать для них культуру необходимостью. «Для меня один выход для достижения и развития высших форм сознания – это устройство общества в демократию». Но не социал-демократию, подчеркивал Вернадский.

Вернадский всерьез взялся за просветительскую работу среди крестьян. Крестьяне-гласные обращались к нему с просьбой защитить школы, которые подлежали сокращению. В день очередного собрания земства он писал жене: «Сегодня первый день очень печального собрания. Пишу вечером после двойного заседания – утреннего и вечернего – в комиссии… Я очень рад, что приехал: сейчас в комиссии, где я провалился, я явился единственным говорящим противником против сокращения школ. Ввиду дефицита комиссия большинством 8 против 4 (в том числе я) решила из 72 школ оставить всего 39!».

3 сентября 1892 года была шестая годовщина свадьбы Вернадского и Натальи Егоровны. Он писал жене в этот день: «Который уже год это время приходится жить врозь. Может быть, в будущем не будем врозь в это время. Мое серденько любимое, моя нежная птичка, так я страшно сильно, страстно люблю тебя, моя дорогая, так мне хочется скорее полнее быть с тобой, с моим голубеньким воробышком; хочется мне скорее зажить с тобой нашей общею жизнью – чувствовать и видеть проблеск твоего ума, отзвуки твоего сердца при всех событиях, какими мы вместе с тобой живем. Эти шесть лет – такие хорошие года. Мне хочется лишь одного для большего гармонического житья – это большей производительности той работы мысли, какую мы ведем с тобой, большего внедрения в жизнь во имя дорогих для нас великих идеалов. Этого особенно нет у нас всех и у нас в частности. А это, вероятно, самое важное, чем держится и что значит семья в жизни – не личной, а родовой».

В мае 1893 года Вернадский принимал экзамены у студентов, которые снова жаловались на его строгость. Он возражал в письме Наталье Егоровне, что ставил баллы даже снисходительно. «Отвечали ужасно. Не понимаю, что это такое за государственные экзамены: на них все отвечают мерзко, утверждают (и, кажется, справедливо), что им приходится в короткий срок сдавать массу предметов, почему все путается и тому подобное. Двое у меня срезались, и всего двое или трое получили «весьма удовлетворительно». Неприятная это вещь экзамены».

Вернадскому вообще не до сессии тогда было. Он долго и мучительно искал очередную квартиру в Москве для съема. «Надоели мне все эти поиски и вся эта каждогодняя возня с квартирами. Хотелось бы быть менее требовательным и привередливым».

В начале лета 1893 года на Вернадского, как он писал, напала обычная для мыслящего человека «смесь апатии и планов». «При вопросе о квартире я с печалью несколько раз ловил себя на сожалении, что, поселившись вблизи университета, я лишаю себя того оправдания, что работа идет плохо у меня отчасти от этого. Также обломовщина сказывается и в мысли о Крыме, о поездках на новые в научном и художественном смысле для меня места. И так все время. Иногда же мне как-то кажется, что есть во мне задатки сделать многое, что если бы у меня явилось и вылилось в внутреннюю необходимость стремление созидания, я мог бы сделать что-нибудь и не даром бы прошел на свете». Он приходит к выводу, что предотвратить подобные мысли в зрелом возрасте может воспитание человека в детстве и выработка необходимости творчества и внутренней работы сознания. «Очень может быть, впрочем, это всё является следствием, что мне никогда не приходилось работать для жизни, что я работал из удовольствия: благодаря обеспеченности материальной все время. Но есть и еще объяснение, что у меня «натура» лентяя-дилетанта. Я не говорю, что не интересно так жить, но и является трудным для меня не исповедовать того, что является, в сущности, общим строем моей внутренней личности».

В. И. Вернадский с дочерью, Ниной Владимировной Вернадской-Толль.

Вернадский жаловался жене на недовольство собой, он чувствовал себя дилетантом, замечал в себе неумение мыслить и согласно мысли действовать. Он раздражался из-за несоответствия между жизнью и мыслью. «Так, при том положении, при каком мы находимся в России, – писал он, – я не могу идти в одну науку, да и при теперешнем положении русских университетов это чрезвычайно трудно. С другой стороны, нет никакой возможности настоящей политической борьбы при том строе жизни, при котором мы живем. Заниматься наукой и вести политическую борьбу – возможно более сильным людям, чем я, а у меня нет ни знаний, ни таланта, ни рабочей силы, для этого потребных. Теперь выходит ни то ни сё. Если бы я мог что-нибудь сделать для науки, то только не в России, и, право, я не знаю иногда, к чему проводить здесь бессмысленную жизнь раба, когда можно, ликвидировав дела, жить свободным человеком на Западе. Можно бороться там за права России и не в качестве лукавящего, связанного по рукам и ногам раба, а в качестве раба, ставшего свободным человеком и борющегося свободно за других». Вернадского душило чувство бессилия перед лицом бюрократического государственного аппарата. «Рабьи мысли, рабьи чувства и рабьи удовольствия кругом. Всюду залезли холопы и мелкие людишки московских государей и татарвы, и они с дикой, томящей радостью и самодовольством всюду высоко напоказ несут свои знамена, свои принципы. Я понимаю один ответ на все это – это свободное слово, это критика, протест против всего, что здесь запрещается, но это невозможно и по двум причинам – этого нельзя в России, и на это у меня нет знаний, нет таланта, нет умения». Вернадского тревожило смутное осознание, что он не сможет передать другим ни свое чувство стыда, ни ощущение горя и злобы, которые часто мучили его.

Неподалеку от дома Вернадских (на углу Большого Левшинского) жил Лев Толстой. Он часто заходил в гости к Вернадскому. Иногда взять книгу почитать, иногда просто поговорить. Они разговаривали о бессмертии души, обсуждали разные философские вопросы.

Вернадский продолжал заниматься наукой. В 1893 году он выехал из Вернадовки в Керчь изучать грязевые вулканы. В 1894 году повторил свое большое минералогическое путешествие, но на этот раз больше по Восточной Европе. Варшава, Львов, Краков, Дрезден, конечно же, он не мог не посетить Мюнхен, ставший когда-то ему почти родным. Было очень много минералогических экскурсий на Урал. Продолжал преподавать, занимался общественно полезными делами в Москве, часто ездил по земским делам в Вернадовку. Он заседал в московских комитетах грамотности, стал преподавать на Коллективных уроках – прообразе женских курсов.