Герцог Йоркский взошел на трон под именем Иакова II. Для Анны, как и для всех ревностных протестантов, тот факт, что он являлся католиком, не давал ни минуты покоя. Монарх открыто ходил к мессе, а во дворце Уайтхолл была построена новая роскошная католическая часовня, освященная на Рождество 1686 года. Однако волнение протестантов было до некоторой степени приглушено тем уважением, которое король проявлял по отношению к англиканской церкви. В частности, он приказал, чтобы англиканская часовня в Уайтхолле, которую посещала принцесса Датская, содержалась в том же самом порядке, как и ранее. Правда, часть подданных Иакова находила утешение в том, что ему наследует протестантка, его старшая дочь Мария Оранская. Однако они испытывали некоторые опасения, что, если Анна перейдет в католическую веру, отец вознаградит ее, лишив Марию наследства.

Эти опасения не оправдались. Когда Иаков получил послание от папы римского с требованием приложить все усилия к обращению Анны в католическую веру, он дал понять, что достичь этого будет нелегко, ибо принцесса была «воспитана людьми, внушившими ей сильное отвращение к католической церкви, к тому же она по нраву весьма упряма». Тем не менее Иаков совершенно не стеснял жизнь дочери и даже увеличил ее годовое содержание на 10 тысяч фунтов. Анну и Георга окружал довольно большой придворный штат, расходы на питание, одежду и конюшни, а также на игру в карты, неотъемлемую часть светского времяпрепровождения, были высоки. Поэтому Анна не могла иметь никаких претензий к отцу. Для друзей принцессы, супругов Черчилль, будущее также сулило самые радужные надежды, ибо Джону Черчиллю был пожалован титул барона и он явно пребывал в фаворе у своего повелителя.

Уже летом, в июне, правление Иакова II подверглось первому испытанию. Пребывавший в изгнании в Нидерландах старший и любимый побочный сын Карла II, Джеймс-Скотт, герцог Монмутский и Бэклю (1649–1685), решил, что, как истинный протестант, имеет право претендовать на трон, захваченный католиком Иаковом. Герцог был личностью незаурядной: красавец, храбрый офицер, отлично проявивший себя во время командования английским экспедиционным корпусом в Нидерландах. 11 июня он высадился в Лайм-Риджиз, где к нему примкнуло некоторое количество сторонников, поддержанных восстанием в Шотландии. Но им не удалось сломить сопротивление королевских вооруженных сил под командованием Джона Черчилля и взять Бристоль. После поражения при Седжмуре герцог Монмутский был схвачен, предан суду и казнен в Лондоне.

Постепенно король стал занимать более воинственную позицию по отношению к англиканской церкви, но Анна считала, что виной тому был фанатический католицизм ее мачехи Марии-Беатрисы. Современники замечали, что Мария-Беатриса стала «такой слепо преданной и неукротимой в вопросах религии, что ее столь же сильно ненавидели как королеву, сколь преданно любили, когда она была герцогиней». Неприязнь Анны к мачехе постепенно переросла в антипатию. Французский посол Бонрепо сообщил в донесении на родину, что принцесса Датская «ненавидит английскую королеву и уничижительно говорит о ней, когда беседует со своими доверенными лицами». Следует учесть, что, как Иаков, так и его супруга при всех несчастьях, которые постигали Анну в связи с гибелью ее детей, обращались с ней «с огромной нежностью».

По мере того, как Анна все больше отдалялась от Марии-Беатрисы, она все теснее сближалась с Сарой. В сентябре 1685 года леди Кларендон покинула службу у нее, и принцесса предоставила Саре должности гардеробмейстера и первой фрейлины с жалованьем в 400 фунтов. В мае 1686 года она пригласила ее в крестные матери своей дочери Анны-Софии, что дало повод для оживленных толков при дворе. Уже в марте 1687 году о Саре заговорили как о фаворитке Анны, а посол Бонрепо писал о «необычном пристрастии принцессы к леди Черчилль, каковая обладает большим влиянием на нее, чем кто-либо еще».

Супруги Черчилль были протестантами, но единственная черта, которая огорчала Анну в ее любимице, было то равнодушие, с которым она исповедовала англиканскую веру. Нерегулярное посещение Сарой богослужений временами приводило Анну в смятение. Однако когда ее сестра Мария высказала мысль о беспокоящей ее нерелигиозности Сары и невозможности доверять ее мужу, который состоит в столь большом фаворе у короля, она с жаром принялась защищать свою подругу. По ее мнению, леди Черчилль не только «обладала безупречными нравственными принципами, но и истинным осознанием учения нашей церкви и полным отвращением ко всем основам римской церкви. Что же касается ее мужа, то он, безусловно, является чрезвычайно верным слугой короля». После такой неистовой защиты Мария больше не затрагивала эту тему, но и не разделяла восторгов Анны в отношении супругов Черчилль.

В начале марта 1687 года Анна испросила у отца разрешение на поездку летом к сестре в Голландию. Поначалу Иаков не возражал, но советники внушили ему, что встреча Анны и Марии «может только сильнее сблизить и укрепить их в приверженности к протестантской вере», и разрешение было отозвано. Отказ вывел принцессу Датскую из себя, и с тех пор переписка между двумя сестрами стала носить все более крамольный и несдержанный характер. Для отвода глаз нейтральные послания на пустяковые темы доверялись официальной почтовой службе, все же прочие переправлялись через тайные каналы.

Анна взяла за правило демонстративно присутствовать на тех проповедях, в которых англиканское духовенство подчеркивало опасность наступления папизма. Хотя под предлогом выздоровления переболевшего оспой мужа принцесса удалилась во дворец в Ричмонде и вела там уединенный образ жизни, она не порывала связи с противоборствующим движением, постепенно создававшимся против короля. Это движение через своих дипломатов поддерживал штатгальтер Вильгельм Оранский, являвшийся членом голландской кальвинистской реформированной церкви.

1687 год выдался для Анны исключительно тяжелым. В начале января у нее случился выкидыш, в феврале умерли от оспы две маленькие дочери, а в октябре на восьмом месяце беременности начались преждевременные роды, завершившиеся появлением на свет мертвого сына. Естественно, что такая череда несчастий привела ее к полному нравственному опустошению, но последний удар нанесла ей новость, что ее мачеха Мария-Беатриса беременна. Зачатие ребенка, возможного наследника престола, который оттеснит от заветного престола обеих сестер, явилось результатом курса лечения в Бате.

Несмотря на застенчивость, у Анны было чрезвычайно развито чувство ее права на царствование, от которого она не собиралась отказываться. Амбиции ее старшей сестры и ее супруга Вильгельма Оранского были еще более далеко идущими. Анна с самого начала усомнилась в беременности мачехи, считая ее ложной, и была твердо уверена в том, что Мария-Беатриса намерена навязать королевству самозванца. Ее поддержала Мария, находя присылаемые сестрой сведения «хорошим основанием подозревать мошенничество». Это означало, что, если Вильгельм Оранский примет решение завоевать Англию, его жена может со спокойной совестью благословить эту затею.

В начале апреля у Анны случился очередной выкидыш, что еще больше распалило ее злобу по отношению к мачехе. Она решила ехать на лечение в Бат. Курс составлял шесть недель, и окружение принцессы было весьма удивлено, что Анна не будет присутствовать при родах королевы, дабы воочию убедиться в том, что «повитуха выполняет свою обязанность с тем тщанием, которое должно выказываться в случае, исполненном такого великого значения». Впоследствии это обстоятельство породило миф, что Иаков преднамеренно устроил так, чтобы его дочь во время родов Марии-Беатрисы находилась за пределами Лондона. Отсюда вытекало наличие заранее составленного заговора по навязыванию королевству самозванного наследника. 10 июня 1688 года, когда Анна все еще пребывала в Бате, королева родила здорового сына.