Мало что известно и о пребывании Кирхера в Падерборне. Новициат предполагал углублённые занятия и созерцательную молитву, дабы отречься от мира. Молодой учёный продолжал занятия античными языками, древнееврейским, а также физикой и естественными науками. В трактате о подземном мире он приводил автобиографический пассаж: во время новициата он общался с местным учёным Боллербрюнном на тему пружинных механизмов и пытался отыскать истинный исток реки Падер. Спокойное развитие Кирхера было прервано начавшейся Тридцатилетней войной. Иезуиты и их ученики подвергались особой угрозе со стороны протестантов и были вынуждены разъехаться в разные стороны. 16-летний Кирхер и трое его товарищей пустились в путь пешком, не имея денег и зимней одежды; по собственным воспоминаниям, им пришлось два дня голодать. Небольшая группа новициев достигла Мюнстера, где их приютили иезуиты и через неделю отправили в Кёльн. Пересекая Рейн по льду, студенты попали на изломанное ледовое поле, и Кирхера стало уносить вниз по течению. Он смог выплыть, но вынужден был три часа добираться в мокрой одежде до Нойса, однако не заболел, что приписывал тому, что чудо свершилось на Сретение (2 февраля 1619 года). Падерборнские студенты смогли дойти до Кёльна, где были радушно приняты ректором семинарии Иеронимом Шёреном. Перенесённые испытания только добавили Кирхеру религиозного пыла. Завершив трёхлетний курс философии, он был направлен начальством в Кобленц. К тому времени его экстраординарные способности были очевидны для окружающих, хотя в автобиографии он писал, что демонстрировал их только ради славы своего ордена. В Кобленце он углублённо занимался греческой филологией и трудами Евклида, а также продолжил развивать способности к музыке. Он также построил для семинарии солнечные часы, которые сохранились и по сей день. Именно в Кобленце он заинтересовался магией и читал труды Марсилио Фичино и Герметический корпус. В 1623 году, продолжая традицию академических странствий, Кирхера отрядили в Хайлигенштадт, по пути он смог посетить Фульду и родную Гайзу, опустошённые за год до того враждующими армиями. В Фульде ему предложили снять иезуитское облачение, но он с негодованием отказался, заявив, что готов даже принять мученическую кончину. В результате по пути в Эйзенах 6 августа 1623 года его ограбили дезертиры, отобрав даже книги, которые он нёс с собой; однако их главарь пожалел молодого человека и не стал его убивать. Спустя два дня Афанасий прибыл в Хайлигенштадт, где занял место учителя, продолжая аскетические и научные занятия самостоятельно. Для местной церкви Богородицы он, как и в Кобленце, построил солнечные часы, которые самостоятельно и установил. Во время визита в город курфюрста Майнца – Иоганна Швайкхарда – Кирхера назначили ответственным за встречу, он написал приветственный адрес и сценарий театрального представления. Приветственные речи звучали на восьми языках, а для постановки были сконструированы сценические механизмы и эффекты, из-за которых собратья по ордену даже заподозрили Афанасия Кирхера в колдовстве. На курфюрста молодой иезуит произвёл такое впечатление, что его немедленно перевели в резиденцию в Ашаффенбург, но о его пребывании при дворе почти ничего не известно. После кончины курфюрста, в 1624 году Кирхера перевели в иезуитский коллегиум Майнца, где четыре года он изучал восточные языки и готовился к принятию сана. Из других источников известно, что именно в Майнце Кирхер впервые обратился к астрономии и 25 апреля 1625 года изучал солнечные пятна, зафиксировав 12 больших и 38 второстепенных деталей на диске Солнца. В 1628 году Кирхер обосновался в Шпайере библиотекарем местного коллегиума. Здесь он нашёл книгу, описывающую египетские обелиски, воздвигнутые в Риме в понтификат Сикста V. В предисловии ко всем своим египтологическим трудам Кирхер писал, что именно в Шпайере на всю жизнь заинтересовался смыслом и дешифровкой египетских иероглифов. В 1630 году Кирхера перевели в коллегиум Вюрцбурга, где он преподавал моральную философию, математику и древнееврейский язык. По-видимому, в это время Кирхер заинтересовался Китаем и подал в Рим прошение назначить его в миссию в эту страну, но получил отказ. В Вюрцбурге имелся уникальный для Германии того времени кабинет редкостей, пожертвованный коллегиуму здешним князем-епископом, что также очень сильно повлияло на интересы молодого преподавателя. В Вюрцбурге было высоко развито преподавание медицины, что привлекало множество студентов, особенно из Польши, Кирхер также отдал дань медицинским исследованиям. Однако Вюрцбург был известен и как город, где весьма активно велась «охота на ведьм», в ходе которой страдали даже студенты коллегиума и братья ордена иезуитов. В одном только 1627 году пыткам в ходе ведовских процессов подверглись 219 человек. В Вюрцбурге увидела свет первая печатная работа Кирхера – Ars magnesia, посвящённая свойствам магнита. Изначально это была магистерская работа его студента Иоганна Якоба Швайхарта, но после внимательного приёма её учёным сообществом, в 1631 году Кирхер переработал её в цельную книгу. Некоторое время Кирхер общался со своим однокашником Каспаром Шоттом, но в 1631 году тот уехал из Вюрцбурга. Кирхер-физик в тот год объявил о создании универсального угломерного инструмента, пригодного как для земных, так и небесных объектов, – Pantometrum – и посвятил его Фердинанду III, эрцгерцогу Австрийскому, будущему императору. Этот инструмент активно пропагандировал и К. Шотт. Для здания университета Кирхер построил двое солнечных часов. Мистические настроения не оставляли его: летом 1631 года ему было видение вооружённых бородатых воинов во дворе университета; ректор тогда много смеялся над своим профессором, но 17 сентября Густав Адольф Шведский разгромил католические войска под Лейпцигом, и вся Франкония открылась для протестантов. Иезуитам вновь грозила смертельная опасность, и князь-епископ повелел эвакуировать членов ордена. 14 октября 1631 года Кирхер вместе с орденскими братьями покинул город, на следующий день он был занят войсками Густава-Адольфа.

Кирхер перебрался во Францию и больше никогда в жизни не ступал на землю Германии. Кирхер и его коллега Андреас Виганд сначала обосновались в Лионе, но в городе началась эпидемия чумы, и брат Афанасий отправился в папские владения – в Авиньон, где прожил следующие два года. В Авиньоне сильно ощущалось иезуитское влияние, их коллегиум во дворце Де Ла Мотт получал папскую стипендию в 500 скуди в год, что делало его одним из богатейших во Франции, учитывая владения ордена и пожертвования местных влиятельных персон. Кирхер немедленно построил для иезуитской церкви солнечные часы и спроектировал планетарий, который произвёл большое впечатление. Он интенсивно занимался астрономией и в 1632 году познакомился в Авиньоне с Яном Гевелием. С астрономией связана и трагикомическая история: во время деловой поездки в приорат Монфаве Кирхер поздно ночью настолько увлёкся созерцанием звёзд, что второй раз в жизни попал в мельничное колесо, хотя вновь не пострадал. Во Франции Кирхер преподавал в коллегиуме, видимо, обязанности не были обременительными, он много ездил по местным достопримечательностям. В результате он составил большую карту местности. Картографические интересы привели к важному для Кирхера знакомству: в 1632 году он был представлен аббату Фабри де Пейреску – «князю Республики учёных», а также раввину Соломону Азуби. Это было наднациональное объединение учёных, существовавшее в эпоху Ренессанса и Просвещения. Коммуникация осуществлялась, преимущественно, по переписке (как на интернациональной латыни, так и живых языках, преимущественно, – итальянском и французском), реже – лично во время путешествий.