Республика учёных послужила основой современного научного сообщества, к середине XVII века организационная форма неофициальных кружков перестала удовлетворять научное сообщество. В 1666 году была основана Парижская академия наук и, параллельно с ней, Королевское общество в Лондоне, членом которого и являлся И. Ньютон. Именно «князь Республики учёных» аббат Пейреск способствовал дальнейшему переводу Кирхера в Рим. И тут вновь с нашим героям начинают происходить самые невероятные события. Афанасий Кирхер, истинное дитя эпохи барокко, мало чем отличается от героев «плутовского романа». В нём есть черты Симплициссимуса из знаменитого романа немецкого писателям Гриммельсгаузена, современника Кирхера. Приказ о переводе в Италию пришёл уже после того, как иезуит морем отбыл в Геную – это было в сентябре. Кирхер хотел на пути в Австрию побывать в Милане и Венеции. Однако судно, на котором он отправился, уже в трёх милях от Марселя село на песчаную отмель. Когда он пересел на фелюгу, разразился сильнейший шторм, и судно выбросило на берег в Кассисе (это было в день Рождества Богородицы). Чтобы добраться до Генуи, потребовалось 8 дней. Две недели Кирхер и его товарищи по несчастью приходили в себя в Генуе и совершили благодарственное паломничество в Лорето. Далее предстояло добраться морем до Ливорно, однако судно было штормом унесено на Корсику. Повреждённый корабль с трудом добрался до Чивитавеккьи, откуда было удобнее ехать в Рим, а не в Ливорно. Вновь лишившийся всего имущества Кирхер в начале 1634 года добрался до Вечного Города (впрочем, в одном из писем Пейреску упоминалась дата 22 декабря 1633 года), где и узнал о своём новом назначении.

И здесь в связи с республикой учёных, членом которой и стал Афанасий Кирхер, нельзя не упомянуть орден розенкрейцеров. Это было одно из многих тайных сообществ, в которое входили известные интеллектуалы тогдашней Европы и которое, как и «республика», послужило основанием будущих академий наук, в частности, Королевского общества в Лондоне. Это ещё раз подтверждает ту мысль, что наука эпохи барокко непосредственно вырастала из так называемых герметических штудий, куда входили алхимия, каббала, астрология и прочие магические практики. В своё время Н. Бердяев утверждал, что именно из магии и произошла современная наука, потому что магия, как и наука, всецело ориентировалась лишь на материальный мир. И если наука – это царство рационализма, то не может быть, считает Н.А. Бердяев, рациональной свободы, рациональной реальности и рациональной личности – они всегда должны носить иррациональный, религиозный или магический характер. Таким воплощением, на первый взгляд, дикого сочетания рационального и иррационального в эпоху барокко, научного и, как сейчас принято говорить, антинаучного, и стало тайное общество розенкрейцеров. В эпоху барокко предпринимаются многочисленные попытки объединить рациональное и метафизическое – опыт и божественную природу всего сущего, первопричину всех явлений.

Так, розенкрейцеры, пытаясь преодолеть противоречия между экспериментальной наукой и теологией, призывают создать новое искусство, новую этику и новую науку как синтез древних знаний: алхимии, магии, каббалы – и «посвятить жизнь истинной философии во имя служения миру». В науке Ньютон и Кеплер свои гениальные открытия совершают, отталкиваясь от философских представлений о природе. И уже в математических расчетах и опытах находят им подтверждение.

Сочетание розы и креста исторически возникло из имени собственного Христиана Розенкрейца (его фамилия означает «роза-крест»), которого называли «Отец Х.Р.К.», главного героя «алхимического романа», опубликованного в 1616 г. под названием «Химическая свадьба Христиана Розенкрейца». Приведём краткое содержание этого весьма примечательного и характерного для всей эпохи текста, из которого могли потом произойти и научные академии. Это своеобразный манифест или устав общества.

Рассказываемая история, разделенная на семь дней, как в «Книге Бытия», описывает видения героя в некоем великолепном замке. Первым видением, посетившим героя ещё дома, была Слава (Fama), которая у древних римлян изображалась в виде крылатой девушки с многочисленными глазами и ушами. Здесь у неё в правой руке труба, на которой неразборчиво написано какое-то имя, а в левой – письма на разных языках. На письме, которое получает Розенкрейц, рядом со стихотворением, где две первые строки звучат как «Сегодня, сегодня, сегодня / празднуется королевская свадьба». Пробудившись ото сна, полного добрых предзнаменований, он, готовясь принять участие в королевской свадьбе, облачается в белоснежное льняное одеяние, надевает красную перевязь, перекрещенную на спине, и шляпу с четырьмя красными розами. Придя на свадьбу, герой представляется стражу как «Брат Розового Креста». Затем он входит, минует грозного льва, удерживаемого на цепи стражем, идёт следом за Девой, зажигающей светильники, и, пройдя через роскошные комнаты и залы, приближается к толпе приглашенных. Звучит прекрасная музыка, прерываемая сигналом трубы, и Дева возвещает о скором выходе супругов. Дева снова появляется на третий день, когда всех гостей взвешивают на весах. Розенкрейц, на которого, произнеся таинственное: «Это он!», указал один из пажей, дарит ей розы со своей шляпы. На пиру пажи вручают гостям золотое руно и летающего льва – дар супруга. Оставшуюся часть дня гости любуются чудесами замка, среди которых – львиный фонтан в саду, часы, имитирующие движение небесных сфер, огромный глобус с изображениями всех стран света. Ближе к вечеру все та же Дева ведет всех в комнату с простым и строгим убранством, где ничего драгоценного нет, только несколько диковинных маленьких молитвенников. Там гости видят Королеву и преклоняют колена, чтобы «соборно вознести молитву о Бракосочетании сием, прося, чтобы свершилось оно во славу Божию и к их общему благу». На четвертый день главный герой обнаруживает, что лев в фонтане держит камень с надписью «Hermes Princeps» («Гермес – глава»), затем он присутствует на театральном представлении, сюжет которого – королевская свадьба. Этот день, так весело начавшийся, завершается мрачно: гости видят, как привозят шесть гробов, в которых лежат шесть обезглавленных тел. Однако на следующий день мертвецы воскресают. На пятый день Розенкрейц находит в подземельях замка таинственную могилу, а шестой посвящает алхимическим опытам: он стремится создать Алхимическую птицу. В последний день гости отплывают на 12 кораблях под знаменами, изображающими знаки зодиака. Прощаясь, Дева сообщает им, что все они посвящены в Рыцари золотого камня. Этот полный отсылок к алхимической и каббалистической практике текст во многом и вдохновлял как членов республики учёных, так и розенкрейцеров на создание будущих академий наук.

Роза и крест в дальнейшем будут трактоваться членами этого общества как сложная символика, воплощающая гармонию рационального и иррационального начала, материального и духовного. Термин «Rosaio» или «Rosario» (розарий) появляется в названиях многочисленных алхимических трактатов, самый известный из которых – «Розарий философов» неизвестного автора, составленный, вероятно, в первой половине XIV в. В рамках этой традиции роза называется «Цветком Мудреца». В алхимическом трактате «Розарий философов» говорится: «Опиши круг вокруг мужчины и женщины и получи из него квадрат, а из квадрата – треугольник; впиши его в круг и получишь философский камень».