После 1665 года Кирхер стал больше стремиться к уединению, хотя и продолжал принимать гостей. Летом того же года на Марсовом поле перед дворцом Аквавива был найден египетский обелиск, и Кирхер смог зарисовать его с трёх сторон, доступных на раскопках. Полностью раскопанный обелиск был воздвигнут на мраморном слоне и установлен на площади Минервы; посвятительную надпись сочинил также Кирхер. Переводу и толкованию надписей на обелиске был посвящён отдельный трактат. Из учёных трудов этого периода выделялись «Описание Китая» (1667) и «Великое искусство познания» (1669). Примечательно, что большинство своих трудов Кирхер печатал в протестантском Амстердаме – главном центре книгоиздания и книжной торговли того времени.

Жизнь Кирхера последних десятилетий достаточно подробно документирована его перепиской с друзьями. Даже достигнув восьмого десятка, отец Афанасий был активен, живо интересовался новыми сведениями о Китае и Японии и с гордостью сообщал, что опубликовал 43 учёных труда. В 1679 году вышел последний из них – «Вавилонская башня», посвящённый архитектуре и лингвистике, основанной на библейской истории о смешении языков. Последние письма января 1680 года полны понимания неминуемого конца, но монах был готов ко встрече со Всевышним. В последнем послании Лангенмантелю в Германию 20 января 1680 года Афанасий Кирхер писал: «Бог есть Альфа и Омега всех вещей; служить Тому, Кто должен править, и любить Его – вот вершина всех наук».

Кирхер страдал от мочекаменной болезни; когда после смерти было совершено вскрытие, из тела монаха извлекли более тридцати камней. В марте он «впал во второе детство» и провёл в этом состоянии около полугода, по словам современников, активно исследуя собственные экскременты. Отец Афанасий Кирхер скончался 27 ноября 1680 года; однако существует легенда, что он успел получить известие о кончине Бернини 28 ноября, а сам умер 30-го. Есть также версия о совпадении смертей Кирхера и Бернини, она была запечатлена в анонимной эпитафии. Учёный был погребён в главной церкви Иезуитского ордена, располагавшейся неподалёку от Collegio Romano. Кирхер завещал похоронить своё сердце у подножья алтаря в Менторелле в Тиволи, останки его были положены рядом с захоронением Игнатия Лойолы.

Пола Финдлен утверждала, что в естествознании XVII века Кирхер и Ньютон представляли два принципиально разных мира несмотря на то, что их многое роднило в личностном и интеллектуальном плане. И Кирхер, и Ньютон были глубоко и искренне верующими людьми, считавшими познание природы средством Богопознания, оба они начинали свою академическую карьеру, занимаясь преподаванием математики. Кирхер и Ньютон изучали древности, усматривая в языческих верованиях предвосхищение христианства, и в этом смысле оба отдали дань оккультизму. Их мировоззрение восходило к гуманистическим доктринам, и оба они были в плане подхода к мирозданию христианскими энциклопедистами. В этом плане из современников в одном ряду с ними мог быть поставлен только Лейбниц.

Учёные общества Европы XVII века очень высоко ставили авторитет Кирхера. Так, Марин Марсенн был потрясён представленным иезуитом решением задачи квадратура круга, однако, прочитав его труды, выразил надежду, что учёный перестанет метать бисер перед свиньями. В «Полигисторе» Даниэля Морхофа (1688) – обзоре научной мысли современной ему Европы – имя Кирхера («Геркулеса… среди писателей») стоит в одном ряду с Бэконом и Бойлем, в то время как Ньютон отсутствует в этом ряду. В первой половине своей жизни Ньютон был известен как талантливый математик, но уступающий Гуку и Лейбницу, общеевропейская его слава наступила значительно позднее.

В этой картине Ньютон оказывался творцом новой физики, а Кирхер – догматиком, цеплявшимся за давно отжившие представления. Такой взгляд был основан на некоторых ранних работах Ньютона и полностью игнорировал его зрелое творчество. В эпоху Просвещения немалую роль в формировании подобной картины сыграло и то, что Ньютон был представителем прогрессивной науки протестантских стран, тогда как иезуит Кирхер, находясь в центре католической «Республики учёных», олицетворял упадок науки после Галилея и в этом качестве был представлен в работах Фрэнсис Йейтс и эссе и романах Умберто Эко. Между тем прогресс ньютоновских исследований в XX веке показал, что сэра Исаака можно называть «последним магом» (выражение Джона Кейнса), однако он был значительно более осторожен в своей оккультной деятельности, чем великие гуманисты эпохи Ренессанса. Интересы Кирхера оказывались аналогичными. При этом в одну плоскость Кирхера и Ньютона поставил ещё Вольтер, написав в 1738 году один из анекдотов о ньютоновской «Оптике» и «Великом искусстве света и тени» иезуита. В этом контексте примечательно, что Пристли и Гёте в том же XVIII веке живо интересовались «барочным лабиринтом» книг Кирхера и даже одобряли его. Готфрид Вильгельм Лейбниц признавал, что труды Кирхера оказали колоссальное влияние на формирование его как учёного и философа, а 16 мая 1670 года отправил в Рим восторженное письмо, в котором обыгрывал греческое значение имени Афанасий – «бессмертный». В зрелые годы Лейбниц очень сурово оценивал наследие иезуита. В 1716 году он писал, что Кирхер «был не способен к анализу человеческой мысли», а в области расшифровки иероглифики монах «ничего не понимал». Тем не менее, именно труд Кирхера о Китае заставил Лейбница заинтересоваться этой страной; в дальнейшем философ, переписываясь с другими миссионерами (в первую очередь, Буве), разработал на основе «Книги перемен» двоичную арифметику. Влияние Кирхера в конечном счёте оказалось очень велико: по мнению Лейбница, «И-цзин» (его текст он получил в 1701 году) был древнейшим математико-метафизическим памятником, созданным Гермесом Трисмегистом. Именно основываясь на этом, а также ещё одном кирхеровском тезисе, что древнекитайская культура происходила от древнеегипетской, Лейбниц опубликовал в 1703 году описание двоичной логики. Заметим, что двоичная логика или двоичный код лежит в основе всей современной цифровой технологии. Дж. Глэсси писал, что мистические интересы Кирхера обрели второе дыхание в XVIII—XIX веках по мере появления и развития спиритизма и теософии. Его труды по Каббале стали писанием для Герметического ордена Золотой Зари. Кирхер занимал заметное место в «Тайной доктрине» Блаватской; этот трактат до известной степени повторял его собственные труды. Блаватская цитировала даже сочинение раввина Нефи, которое так и не смогли перевести Пейреск и Кирхер. Ранее философия магнетизма Кирхера явно вдохновляла Франца Месмера. Месмер учился у иезуитов, и, по-видимому, труды Кирхера входили в круг его чтения.

В течение последних трех столетий, по мнению Станислава Грофа, в западной науке господствовала ньютоно-картезианская парадигма – система мышления, основанная на трудах британского естествоиспытателя Исаака Ньютона и французского философа Рене Декарта. Используя эту модель, физика добилась удивительного прогресса и завоевала себе солидную репутацию среди всех прочих дисциплин. Ее уверенная опора на математику, эффективность в решении проблем и успешные практические приложения в различных областях повседневной жизни сделались тогда стандартом для всей науки. Умение увязывать базисные концепции и открытия с механистической моделью Вселенной, разработанной в физике Ньютона, стало важным критерием научной узаконенности в более сложных и менее разработанных областях – таких как биология, медицина, психология, психиатрия, антропология и социология.