Так, в период войн ордена с поляками и прусскими мятежниками в 30-е гг. XV в. в тевтонских арсеналах наряду с 830 единицами огнестрельного оружия все еще насчитывалось около 4380 легких ручных и тяжелых станковых арбалетов (аркубалист). И лишь в конце XV в., по мере исчезновения с полей сражения тяжелой рыцарской конницы с ее длинными копьями в качестве основной ударной силы орденского войска, пальма первенства окончательно перешла к огнестрельному оружию. Именно искусное владение орденской артиллерией разных калибров, аркебузами и мушкетами помогло прусским тевтонам и их ливонским собратьям по ордену выстоять до самой Ливонской войны.

Тяжесть войн тевтонов с взбунтовавшимися подданными и Польско-Литовским государством усугублялась вторжениями на орденские земли войск еретиков-гуситов – «страха и ужаса» всей тогдашней Центральной и Западной Европы.

Как это ни странно, но «благочестивейший» польский король-католик Владислав Ягайло заключил с многократно проклятыми папами римскими еретиками-гуситами союз и пропустил через свои земли их отряды, в июле 1430 г. огнем и мечом опустошившие при поддержке польских войск орденские владения Неймарк (Новую Марку) и Помереллию, взяв штурмом города Фридеберг, Вольденберг, Ландсберг, Сольдин, Кониц, Тухель, Диршау. Взбунтовавшиеся подданные Тевтонского ордена из Союза городов и Прусского союза также не гнушались нанимать на службу еретиков-гуситов.

Хронический денежный голод не позволял гохмейстеру ордена не только навербовать необходимое число наемников, но и выплатить жалованье тем 6000 наемных воинов, которые доверились его честному рыцарскому слову и теперь во весь голос требовали причитавшихся им денег.

Приведенный в отчаяние их все более настоятельными требованиями, гохмейстер Пауль фон Русдорф столкнулся с отказом многих городов и замков, формально сохранивших ему верность, выставить отряды ополченцев и предоставить средства, необходимые для продолжения войны. Данцигские «отцы города» согласились вывести в поле ополчение лишь в том случае, если его возглавит сам гохмейстер. Между тем гуситы и поляки не заставили себя долго ждать и осадили Данциг. Город им, однако, взять не удалось. Спалив Оливский монастырь, они опустошили орденские владения огнем и мечом до самого устья Вислы и вышли на берег Балтийского моря. Там главарь гуситов Чапко поздравил своих ратников с тем, что привел их, наконец, «на край земли». В память об этом знаменательном событии более 200 знатных поляков и чехов были прямо под открытым небом посвящены на Балтийском побережье в рыцари.

Мало того, в рыцари был посвящен и сам предводитель еретиков, отлученный папой римским от церкви гусит Чапко! После чего гуситы, испустив победный клич, наполнили свои походные фляжки водой из Балтийского моря, чтобы доставить домой сей зримый знак победоносного завершения своего великого похода. Все это весьма напоминает историю о Чингисхане и Батые, тоже мечтавших привести свои орды к «последнему морю». Несколько странным выглядит лишь не в меру активное участие «христианского рыцарства» польского короля-католика, верного сына Римской церкви, и недавно «окрещенной» Литвы в великом походе отлученных от церкви гуситов, чьи ересиархи Ян Гус и Иероним Пражский были осуждены и сожжены на Констанцском соборе Римско-католической церкви в 1415 г.

В результате долгой, изнурительной и кровопролитной гражданской войны прусское государство Тевтонского ордена было разделено, его западная часть со столичным городом Мариенбургом попала под власть Польши, гохмейстер перебрался в Кенигсберг. Насколько мало тогдашние войны между польско-литовским феодальным государством и Немецким орденом походило на межнациональные конфликты Нового времени, явствует из следующего обстоятельства. Одно из главных условий, поставленных поляками перед тевтонами при заключении Второго Торнского (Торунского) мира в 1456 г., заключалось в предоставлении польским магнатам (крупным феодалам-вельможам) и шляхте (мелкому дворянству) права вступать в Тевтонский орден Пресвятой Девы Марии, которого они давно упорно добивались!

Вскоре после переезда гохмейстера тевтонов в город Кенигсберг произошла упоминавшаяся выше секуляризации прусских владений ордена последним верховным магистром Альбрехтом Гогенцоллерном в 1525 г. В результате секуляризации и уклонения бывшего гохмейстера Альбрехта Бранденбургского в лютеранскую ересь пост главы ордена Марии оказался вакантным. Руководство взял на себя дейчмейстер, или магистр Германии («магистр Тевтонии»), брат Вальтер фон Кронберг. Он перенес резиденцию ордена в город Мергентгейм (Мергентхайм) и принял титул «администратора (исполняющего обязанности) должности верховного магистра в Пруссии и магистра в германских и романских землях», а позднее – титул «гох-унд-дейчмейстер» (верховный и германский магистр).

XVI в. принес ордену новые ощутимые потери. Кроме утраты орденских земель в Пруссии, тевтонам пришлось уйти и из многих других провинций. В Чехии владения Тевтонского ордена были по большей части опустошены еще в ходе Гуситских войн XV в. и большинство членов ордена перебито (как и большинство членов ордена иоаннитов). Орденские владения тевтонов в Греции были завоеваны турками. В результате орден смог сохранить только свои владения на территории Священной Римской империи германской нации. В эпоху Реформации многие орденские владения попали под власть князей-протестантов. Некоторые рыцари и даже магистры ордена приняли новую веру, вскоре появилось уже немало членов ордена лютеранского и даже кальвинистского вероисповедания.

Принцип Аугсбургского вероисповедания «Чья власть, того и вера» не пощадил и Тевтонский орден. Однако вследствие сохранившегося высокого авторитета ордена как института многие переменившие веру братья-рыцари и братья-священники пожелали остаться членами ордена, не рассматривали свою новую веру как препятствие к этому. Сложилась уникальная в своей парадоксальности ситуация, когда под руководством католического верховного и германского магистра продолжали нести служение братья-рыцари и братья-священники (число братьев-сариантов к описываемому времени резко сократилось и сошло почти на нет) трех различных вероисповеданий (римско-католического, евангельски-лютеранского и кальвинистско-реформатского), одни из которых хранили, а другие, напротив, нарушали обет целомудрия, то есть безбрачия (сходные процессы происходили, кстати, и в среде рыцарей другого – иоаннитского – ордена на территории Священной Римской империи). В германских землях Саксонии, Тюрингии и Гессене члены ордена поголовно перешли в лютеранство, и тем не менее некоторые тамошние комтурии по-прежнему возглавлялись комтурами-католиками, по-прежнему назначаемыми верховным магистром. Эта фаза в истории ордена вошла в его анналы как эпоха троеверия или триконфессионализма).

В соответствии с уставом Тевтонского ордена братьям-рыцарям запрещались всякая личная переписка и использование личных (родовых) печатей. Однако должностные печати в ордене существовали. Они являлись символом полноты власти члена Тевтонского ордена, вступившего в должность. При получении подобной печати орденский рыцарь наделялся полномочиями в полном объеме, безо всяких ограничений. Если же комтур, фогт или иной орденский чиновник не получал соответствующей печати (как знака отличия его должности), это означало, что он был ограничен в своих правах должностного лица (например, не мог самочинно продавать или отдавать в залог орденскую собственность и т. п.).